下麵殺聲震，片刻後，齋藤軍一把火把周圍的房子全部點燃，連帶著那滿是傷員的屋敷也陷入了一片火海。最後那麵代表著足利家的旗幟在最後時刻被燒掉。
荒川崎大喊道：“打起精神來！敵人就要進攻了！”
明智左馬介撿起朱槍，大聲道：“報仇！”
“報仇！”
這兩個字是在場所有人的心聲。
但是，本圀寺隻剩下中心的寺廟了，也就是本丸。三好軍和齋藤軍如潮水般的衝向本圀寺寺廟的大門，十幾名身強力壯的足輕用繩子套住一根大樹幹，背著它撞擊寺門。
其餘的足輕攀爬石垣，翻入寺內殺敵。
明智左馬介和荒川崎帶領著殘兵五百多人拚死抵抗，但是麵對數千敵軍，力有不逮。
很快城牆失守，寺門也被攻破，這個時候足利義昭也被迫穿上甲具，在一幫重臣的幫助下停留在大殿。
明智光秀穿著甲具，身上背著一把鐵炮，還有一把長弓，他站在高處利用長弓和鐵炮射殺敵軍三十人。
就在大家以為堅持不住的時候，三好軍和齋藤軍慌忙撤退了，原來是三好長逸帶著兩千多敗軍回來了，三好政康無奈，宣布撤軍。
敵軍一撤走，還在奮戰的將士瞬間力疲，坐在地上休息。
大殿內的足利義昭聽到消息，喜極而泣：“吾以為今日要效仿吾哥哥了！”
大家劫後餘生，心情都很好。
不過荒川崎杵著片鐮槍一步一拐的走出寺門，前去那個還在燃燒的地方走去，一百多名還能動的武田軍也跟著前去。
明智光秀正在照看明智左馬介，問道：“他要去幹嘛？”
明智左馬介回道：“他手下的足輕，有八十多名，在二之丸落城的時候，豎起將軍大人的旗幟，在那裏死戰，最後被敵軍放火燒死了，還有幾名奉公眾在裏麵。”
明智光秀點點頭：“嗯，都是勇士！主公大人會有獎賞的。”
三好軍敗走片刻後，荒木村重和伊丹親興率領的援軍趕到了本圀寺。
明智光秀前去迎接，請他們進入大殿參見足利義昭。荒木村重等人看到足利義昭沒事才放下心來。隨後他們請求追擊三好軍。
足利義昭剛剛差點就掛了，這個時候他怎麼可能讓荒木村重他們去追擊，立馬就拒絕，荒木村重他們也沒強求，畢竟之前在桂川一戰，他們也沒占到便宜。
至於明智光秀派出去使番早就到了岐阜城，而從岐阜城到本圀寺應該三的路程，不過兩就被織田信長走完了。
本圀寺曆經大戰，已經殘破，不適合足利義昭居住，足利義昭沒有等待織田信長的大軍，讓荒木村重他們護送到了京都。
而三好三人眾和齋藤龍興沒有攻破本圀寺，殺死足利義昭，隻能帶領兵馬退往攝津。
織田信長到達京都後，參見了足利義昭，送上了一些禮金之類的東西安撫足利義昭的情緒，隨後斥責了留守京都的羽柴秀吉。