隨後，九鬼嘉隆率船隊主動推進，接連擊沉數十艘毛利戰船。毛利水軍毫無應敵之策，隻能眼睜睜的看著自己的戰船一艘接一艘的被打掉。村上武吉和兒玉就英隻得下令撤軍。
至此，第二次木津川口之戰以織田水軍取得壓倒性勝利而告終。
這一戰使得大阪灣的製海權歸於織田信長，淡路島以西仍歸於毛利輝元。同時石山本願寺方麵對毛利氏方麵支援的希望徹底斷絕，本願寺士氣低落。
第二次木津川口之戰的勝利使得織田信長再次控製了大阪灣的製海權並確立了在石山合戰中的優勢，直接推動了織田家統一近畿。
九鬼嘉隆則從織田信長那裏獲得了攝津野田、福島一帶共七千石的領地的獎賞，使得總石數高達三萬五千石，被稱為海賊大名。
同時，此戰是世界史上最早出現鐵甲船的戰鬥，具有劃時代意義。
這一年的正月，織田信長向攝津國的石山本願寺發出了攻擊的布告，三月十五日下達了全軍出動的命令。
四月四日，織田信忠向石山本願寺發動了攻擊。雜賀眾在起初協助本願寺方參加防守，形勢開始逐漸出現不利的局麵。
如今毛利水軍被擊敗，石山本願寺陷入孤立無援的形式。
到了正七年正月攝津有岡城的鈴木孫一出城進入了攝津花熊城。
而在關東，二月一號，上杉景勝集結兵力，對禦館城發動總攻。
此時的禦館城實力最弱，盡管有猛將北條景廣英勇奮戰，但也是杯水車薪。
上杉景勝看得出隻要北條景廣死了，再想拿下禦館城就容易許多了，於是便讓手下荻田主馬出擊，北條景廣奮戰多時，與荻田主馬一騎討時，被長槍刺落下馬，當即戰死。
上杉景虎的軍隊因為北條景廣的戰死，隨即崩潰，逃回禦館城，禦館城被上杉景勝這方團團包圍。
在這個時刻，上杉景虎召見了武田正信的使者，岡本秀夫。
岡本秀夫已經知道北條景廣戰死，禦館城被圍困的事情。他出言道：“景虎大人，您可是有了決斷？”
上杉景虎出言道：“我可以投靠武田將軍殿下，但是直接拿去拿去越後一半，是不是太多了？”
岡本秀夫搖頭道：“景虎大人還沒有看清楚現狀嗎？您已經被景勝大人的大軍擊敗了，北條家的援軍到來之前，景虎大人唯一的希望就是本家啊。
一旦禦館城被攻破，景虎大人就落入景勝大人手中，之後景勝大人也不會放任大人活著吧？景虎大人，到時候你就連另一半越後都沒了。”
岡本秀夫看著上杉景虎頗為糾結的表情，繼續道：：“景勝大人可比景虎大人果斷多了，為了讓武田勝賴出兵，景勝大人可是毫不猶豫割地了啊。”
上杉景虎聽到這裏，眼睛一睜，瞪著岡本秀夫：“上杉景勝哪裏比得上我！是他太卑鄙了！哼，隻要將軍殿下幫助我坐上上杉家家主之位，西越後就是將軍殿下的！”