三曲翼大樓事件中，被抓獲的九頭蛇臥底都被福瑞關在了同一個地方。科爾森曾經的隊員沃德突然反叛打死了押送九頭蛇頭目之一的全隊人員，兩個人串通起來攻破了關押九頭蛇臥底的監獄。更糟糕的是，那裏同樣是福瑞多年來收集到的各種危險武器的倉庫，雖然那些武器後期追回了很多，但是仍然有一些武器不知所蹤，其中就包括洛基將神盾局攪的翻地覆的權杖。
紐約大戰後宇宙魔方被托爾送回了阿斯加德保存到了眾神之父奧丁的寶庫中，後來托爾又返回地球就是要找回流落在地球的權杖，那上麵是六大無限元石之一的心靈寶石，若是被有心人利用則會危害無窮。
一直以來托爾都搜索無果，近期福瑞根據權杖釋放出的伽馬射線定位到了權杖的位置，它現在位於九頭蛇在東歐國家索科威亞的一個基地，基地的負責人是被稱為九頭蛇頭號惡棍的西崔克爾男爵。
西崔克爾男爵利用權杖在索科維亞的基地外設置了一層比其他九頭蛇基地更加先進的屏障，同時還利用權杖做了一係列的人體實驗，從權杖上獲的了很多地球上無法趕造的先進技術讓西崔克爾男爵做了很多很多無法讓人原諒的事情。
這是一次終極行動，紐約大戰的夥伴再次重聚，戰無不勝的浩克和托爾很快就衝破了敵人的防線，隻是這次戰鬥出了一些意外。
西崔克爾男爵的人體實驗死亡率極高，隻有一對雙胞胎兄妹通過了一係列的實驗改造活了下來成為了超能人，擁有了與眾不同的超能力。
哥哥皮特洛具有很快的代謝能力和極佳的碰平衡能力速度極快，妹妹旺達具備神經元空間轉換以及神經感應和控製能力，可以隔空移物以及其他未知能力。
雙胞胎的出現為複仇者們帶來了一些麻煩，巴頓射出去攻擊地堡的箭被皮特洛接住後巴頓被地堡壘裏射出的子彈打傷需要緊急救治，托爾帶著巴頓脫離了戰場進入了戰鬥機。
太空之上，賈維斯通過太空衛星對基地的能量屏障進行了監測，發現了能量來源後通知了托尼，托尼使用遠程導彈摧毀了能量屏障進入了基地內部。
沒有了能量屏障，九頭蛇的基地就變的不堪一擊。托尼進入基地內後很快就找到了洛基的權杖，史蒂夫也抓到了西崔克爾男爵。
在飛往紐約的戰鬥機上，巴頓被班納博士做了應急處理，隻要趕到複仇者大廈那裏的先進醫療設備能讓巴頓完全恢複健康。
戰鬥機外陽光明媚，駕駛戰鬥機的托尼心裏卻有著陽光都暖不透的寒冷。
九頭蛇基地的地下室內，除了洛基的權杖，還有一批已經被銷毀的技術超前的機器人以及一隻紐約大戰時奇瑞塔人用來入侵地球的巨大鋼鐵遊魚。
鋼鐵遊魚勾起了托尼的回憶，也勾起了他內心最深處的恐懼。
他看到源源不斷的奇瑞塔大軍通過蟲洞進入了地球，而他的夥伴們全都滿身是傷的躺在地上。隊長的盾牌碎了，托爾的錘子毀了，就連戰無不勝的浩克也倒下了。