從三代火影辦公室離開後，新樹回到了暗部基地中。
而與此同時，試驗基地那邊，他的影分身也正在進行著一係列研究。因為手頭還沒有寫輪眼，所以新樹暫時就隻是研究柱間細胞。
不過，在經過一番研究之後，新樹發現白絕細胞的來曆並不是那麼簡單。
在劇情中，白絕是由那些被神樹包裹後的人類逐漸變化而成，但後來宇智波斑又用柱間細胞和外道魔像的查克拉培養出了白絕，兩者之間其實是完全不相幹的來曆。
但為什麼用柱間細胞也能培養出白絕呢？
這就說明，柱間細胞和神樹之間是有著很大聯係的。
而新樹目前在研究的，便是柱間細胞之中的陽之力的奧秘。
另一邊，新樹本體在木葉則是想盡辦法獲取寫輪眼，但寫輪眼可沒那麼容易弄到手，宇智波一族對自家成員掌控的十分嚴格，他們掌管著木葉村警備隊，擁有著一股不可忽視的力量，任何一個宇智波家的忍者，活要見人，死要見屍。
所以沒有長年累月的謀劃，還是很難去從宇智波一族手中弄到幾顆寫輪眼來研究的。
團藏的根紮根於木葉這麼久，收集到的寫輪眼也是有限的，最後還是在滅族之夜才算是肥了一波。
新樹在木葉的根基還是不如團藏的，他的那些手下並不會像根的忍者一樣無腦效忠，而且也不允許他將這些暗部忍者變成無腦效忠者，否則三代火影那關就過不去。
所以要想在日常任務中去謀取寫輪眼，費時費力不說，還很可能會引來很多的麻煩。
這也是新樹不想插手宇智波滅族的原因。
像是宇智波一族這樣的家族，本身有著很強的排外性，族長又是一個反叛分子，就算是以新樹的能耐，也沒那麼容易去控製他們。
況且，宇智波止水的存在，也讓他心有忌憚，畢竟止水的萬花筒，能夠徹底改變一個人的思維，這種能力實在是太BUG了。
像新樹這樣的人，是不可能完全去信任別人的，從這點來看，和團藏也有點像，所以他也不會把命運交給止水這樣一根筋的人。
雖然新樹不至於會和團藏一樣去謀奪止水的寫輪眼，但至少他還是不想去接近他的，萬一自己抵擋不住別天神，被他不知不覺的改變了思維，那可就麻煩了。
所以一直以來新樹都盡量避免和止水見麵，每次見麵也都不會去看他的眼睛，這樣一來，至少可以保證自己不會中別天神。
而團藏這個出頭鳥，就隨他去折騰，隻有團藏折騰起來，新樹才能從中漁翁得利。
為了盡量配合團藏暗中搞事，新樹甚至放任團藏，讓他的手伸到自己的暗部之中。
有幾次，他明知道團藏找止水談話，他也沒去理會。
新樹現在隻想暗暗隱藏在幕後，做一個真正的獵人。
還有宇智波鼬，從小早熟的他，思想深受止水的影響，從來也是把村子利益放在第一位的，這種人新樹也不會去想著控製他。
妄想控製這兩人，弄不好會反受其製。