三後，自由貿易聯盟獲得消息，遠星城自毀，封住了血林走廊的出口，與感染者同歸於盡。遴選城對遠星704進行了盛大的全城追悼，並將704的商會成員與傭兵部隊追封為英雄，以紀念他們為了自由貿易聯盟安全所作出的貢獻。然而有許多流言在私下裏流傳，稱遠星704的覆滅遠非表麵上這麼簡單。感染潮爆發的那晚上，還有不為人知的真相存在……
在拉紮羅夫融合母體細胞複生時，方舟科技會同步監測到母體病毒複蘇的波段。為了進一步追蹤這個母體波段，科技會的部分成員離開方舟重返舊大陸，並聯係上西陸的“自由貿易自由貿易聯盟”。麵對科技會同步的情報，自由貿易聯盟也意識到其中潛藏的巨大危機，雙方迅速達成協議：遴選城幫助科技會在大陸進行探索，作為交換，科技會為自由貿易聯盟提供科技防禦支持。
進駐遴選城的科技會，第一件事就是指派泰勒斯對聖托帕尼感染事件展開正式調查，被委托的商隊幸存者在海島實驗室帶回鱗國的樣本。
經過方舟科技會與自由自由貿易自由貿易聯媚一番調查，雙方鎖定了波動新的定位——多貝雪山的實驗室。為了不驚動帝國，雙方以尋找植物耐寒性研究資料的名義進入多貝雪山，搜尋被帝國帶走的拉紮羅夫。
然而帝國已先行一步，在多貝雪山上建立了軍工廠和駐軍營地，還在山道上布設了大量防禦設施與關卡。科技會與商隊成員正麵遭遇帝國的軍隊，
雙方發生武力衝突。交火中，拉紮羅夫意外蘇醒，母體與感染者的共鳴引發了雪山恐怖的感染潮爆發。
此後，三方勢力均失去了雪山現場的消息。自由貿易聯泌一時間派遣了搜救隊伍，卻隻在野外找到一個古怪的幸存者。他自稱叫梅西耶，並且失去了此前的所有記憶。
搜救隊將他送回了101駐地，並由科技會成員接手。他們試圖以梅西耶為突破口，弄清楚多貝雪山的災變，以及母體病毒的去向。
由於這個期間帝國與自由貿易自由貿易聯媚不斷衝突，以及實驗室的多次實驗失敗，使得帝國內部產生矛盾。當初支持秋山真之的戈德曼家族，對災後新世界的安全與生活更為關注，
並不同意秋山真之耗費資源對母體的剿滅行動。而自由貿易自由貿易聯盟提供的“安全”“富足”的許諾，也造成鱗國內部間隙的加深。帝國內部出現了越來越多反對秋山真之的情緒和聲音。
在帝國內部不穩之際，遴選城下達了一個日常護送任務，讓101駐地接應一個貨物車隊。
然而車隊在途中被不明來曆的武裝人士伏擊，101駐地的商隊與傭兵得知消息後立即組織出城搜尋。商隊在科技會的協助下很快發現了劫匪蹤跡。搜尋隊伍一路循著蹤跡來到沙石堡。
就在商隊準備奪取貨物的時候，遭到了一群感染者的襲擊。商隊消滅威脅後，卻發現大量貨物已被轉移，隻在沙石堡的據點內找到一屋子被注射鎮定劑的俘虜。
搜尋隊把俘虜帶回了101駐地，然而在對俘虜信息進行核對後發現，這群俘虜皆為帝國轄區居民，其中還有帝國元首秋山真之的妹妹：秋山光！
101駐地的市長賈斯汀嗅到陰謀的味道，預感101駐地將遭受滅頂之災。為此，他特意安排商隊幸存者前去安撫秋山光，避免不必要的爭端與誤解，