受災的災民被逼無奈造反之後依舊沒有糧食，在別有用心的人帶領下便逐漸彙聚成大股的亂軍，浩浩蕩蕩如同蝗蟲一般穿州過縣，掃過一個又一個的村鎮，搶掠其他農民的口糧。將原本隻是一地的天災擴大到了全省甚至周邊多省的人禍。在這時候，那些原來就活躍於各地的山賊土匪粉墨登場，振臂一呼號召災民跟隨他們一起殺官造反劫富濟貧，人原本在饑餓的時候就不太能夠正常思考，現在旁邊人都加入的情況下更是盲目跟風，因此這些義軍便如同滾雪球一般越滾越大，每到一地，就殺官開倉。事實上就算是這種“劫富濟貧”的義軍，開倉之後往往也隻是發放十分之一不到的糧食，其他的照樣打包帶走，有時候為了裹挾當地百姓，他們會直接不發放糧食，而是逼迫百姓必須加入他們才有糧食可以吃。
這樣的義軍之中，等級觀念也是非常明顯的，當大頭領的頓頓酒足飯飽，雞鴨魚肉從來不缺，但是那些當炮灰的百姓卻往往是連飯都吃不上，能照得清人影的稀粥都喝不上幾口，在冬天的嚴寒中食不果腹衣不蔽體，隻能大量地被凍死，隻有這樣才能逼迫炮灰們慷慨赴死，因為如果不往前衝，他們的生活就得不到改善，有凍死和餓死的可能，萬一衝上去立功了，立刻就能成為小官兒，能吃飽穿暖，甚至於還能擁有特權，如此一來這些炮灰們就會更加努力地衝上去戰鬥了。
經過好幾次反複，朱由校對於那些招安又複反的“災民”們都失去了信心，要知道雖然說派遣軍隊去鎮壓亂民的確是要花費更多的銀子，可是這些亂民拿了錢就招安，把錢花完了又造反，燒殺搶掠然後又等著朝廷派人去招安，這麼周而複始地來上好幾次，事實上花費的銀子還更多。所以從去年開始，無論是朱由校還是魏忠賢，都決定不再用招安的方式來解決匪患，而是直接派遣軍隊，至於當地的軍費就直接從“遼餉”中抽出。
但是武朝的腐敗不是這個高高在上的天啟皇帝能夠想像的，一開始朝廷政策是以撫代剿的時候當地官員和官軍將領就通過從中間抽成的方式，將招安的銀子中三到五成抽出，多的甚至於會抽出七成，用於收買當地的亂匪，等他們再作亂再收買，做無本生意。現在朝廷改變了對亂民的態度，采用嚴厲的以剿為綱，但是並不能擋住對當地官員和將領們的發財之路。剿滅亂賊無非是按照首級或者耳朵來計數的，這些腐敗的武朝軍隊打不贏亂匪，卻可以禍害百姓。每到一地，都是盡其可能地搜刮當地的財富和糧食，將許多無辜百姓當作亂民殺死割取首級領賞，官兵做這種事情有著先天優勢，因為老百姓往往對於朝廷天兵沒有戒心，官兵說要讓百姓都出來就基本上都會出來，而他們殺人往往不留活口，就連小孩也不會放過，反正亂民的腦袋不像遼東建虜的腦袋那麼難作假，割了下來立馬就能換錢。在遭到多次血洗之後，陝西山西等多地更是十室九空，隻剩下了投賊這麼一條路可走。
得知了這些實情的朱由校當然是龍顏大怒，下令要把那些禍害百姓的官員和將領統統處死，但是下麵百官卻是紛紛勸阻，理由也是各種各樣，什麼處死了軍官，士兵就會更加沒有人管束；處死了當地官員，當地就會沒有主心骨，沒有足夠的人可以填補這些實缺等等，總而言之就是一句話，這些官員和將領不能殺，最後討價還價好一陣，這才讓處死了一批民怨極大的士兵了事。無論是朱由校還是魏忠賢都知道這種事情沒有官員的首肯是不可能貫徹得如此徹底的，但是一旦清查，很可能會要讓整個朝堂為之而震蕩不已，現在朝堂之上以東林黨為代表的各部官員與以魏忠賢為領導的閹黨鬥爭早已進入白熱化，誰都期望能夠借助皇帝的力量鏟平對方，為自己多掃平一些政治上的障礙，因此朱由校也不敢打破這樣的平衡，隻得任其自由發揮，反正閹黨強一分，自然就有東林黨上前一步，而東林黨上前一步，則閹黨又再強一分。這種白熱化的鬥爭還是在他剛登基沒多久就已經開始，並且嚴重波及到他的“治國方針”中去，這個大武朝，雖然說他是萬人之上的皇帝，但是在朝堂之上卻又不得不依賴百官。但是百官卻又有他們自己的各種勢力，糾纏不清，因此他寧可把國事都丟開一個人躲在後宮裏做木匠活，也不願意出來管理這朝堂上的事情。