中篇分為，陶埏：磚、瓦、陶瓷的製作，冶鑄：金屬物件的鑄造，舟車：船舶、車輛的結構、製作和用途，錘鍛：用錘鍛方法製作鐵器和銅器，燔石：石灰、煤炭等非金屬礦的生產技術，膏液：植物油脂的提取方法，殺青：造紙的方法
下篇分為，五金：金屬的開采和冶煉，佳兵：兵器的製造方法，丹青：墨和顏料的製作，麹蘖：做酒的方法，珠玉：珠寶玉石的來源和製作。
慕聖越看越覺得有趣，不由廢寢忘食的看了起來。宋應星論述生命自然界萬物的生成機製，將生物分為植物與動物兩大類，而在生物由低級到高級的發展序列中，植物即草木之屬較為基本。他將動物按發展序列再分為蟲魚、飛禽、走獸，最後是“萬物之靈”的人。他認為動物是從植物演化並生成的，而植物又是從無機物演化與生成的，歸根到底是通過水、火與土、木交互作用而產生。
這個說法讓慕聖大為好奇，看了這本書覺得眼界都開拓了不少，當真是一本奇書，隻是不知為何此書坊間卻不見蹤影？
宋應星在《天工開物序》中寫道：“天覆地載，物數號萬，而事亦因之，曲成而不遺。豈人力也哉”。大意是說，大地之間，事物以萬計，通過各種變化而形成完美無缺的世界，這恐怕不全是人力所能辦到的。
“形萬變而不窮”，慕聖理解為有限元素以其萬變無窮的結合方式構成物質世界的多樣性，宇宙萬物最終都由基本的五行粒子構成。
《天工開物?作鹹》及《論氣?氣聲五》都說“天有五氣，以有五行”，認為水、火、土、金、木五行由相應的氣而生，不是萬物的最原始本原，又對五行或五氣逐個分析，認為水火二氣是較基本的。
宋應星在剖析水、火、土、金、木相互關係及過渡層次，即解決了“亦氣亦形”這一物質過渡層次與形的物質過渡層次間相互關係及過渡之後，進一步闡述了萬物生成之理。《天工開物?陶埏》指出：“水火既濟而土和。萬室之國，日勤千人而不足，民用亦繁矣哉。”這是說靠水火對粘土的交互作用，燒結成陶瓷，供民日用。
宋應星寫道：“氣從地下催騰一粒，種性小者為蓬，大者為蔽牛幹霄之木，此一粒原本幾何？其餘皆氣所化也。”草木借水、土及火質（可燃的有機肥料）而成長。
宋應星在《天工開物》中所述各種植物如稻、麥、麻、豆、桑、棉、葛、草本染料、油料植物、甘蔗、竹、構樹及各種樹木的種植，都是根據這一道理而進行的。他更詳細敘述了將這些植物借水火及金木石的交互作用而製成植物油、糖、衣料、染料、紙張、車船等產品以及木器、榨油器、糖車、紡織機、各種農具、蒸煮鍋等工具及日常用品。
雖然穀物種植主要靠水、土及金木，但沒有火氣配合也還不行，這裏火氣以日照的形式表現出來。沒有陽光（陽氣、火氣）而陰雨（陰氣、水氣）綿綿，便會減產。至於穀物加工及食品製造，離開水火與金木也是不行的。由於五氣的交互作用，產生出各種各樣的植物及其加工製品，象無機界萬物一樣，供民日用，也歸根到底由元氣→亦形亦氣→形成物質層次而生成的。