多爾袞權勢欲極強，也非常有才幹。他攝政之後，黨同伐異，擅權自重。他首先打擊的就是他的爭位對手豪格及其擁護者。鼇拜本是豪格的堅定擁護者，又不阿附多爾袞，遭到殘酷打擊自是情理之中。在多爾袞攝政期間，鼇拜受到的大迫害主要有三次。
第一次發生在順治初年。順治元年，鼇拜隨英親王阿濟格征討退守陝西的李自成大順軍，立有大功。順治二年八月，阿濟格因為沒有及時奉旨班師，而且謊報戰功，受到處罰。阿濟格是順治帝的叔父，為人粗暴，藐視皇帝，私下呼為“孺子”。清廷諭令正黃旗固山額真譚泰會同護軍統領鼇拜召集部眾，將阿濟格“稱上為孺子”之語傳示曉諭。譚泰顧及英親王情麵，沒有照辦。鼇拜也因聽從了譚泰之言未奉行諭旨，結果不僅征討李自成的軍功不準議敘，還被罰銀100兩。後來譚泰又與索尼相仇，互相攻擊，鼇拜因庇護索尼再次獲罪，幾被革職。
第二次發生在順治五年(1648)。當年二月，征討張獻忠大西軍的豪格大軍凱旋回京。參領希爾良因冒功邀賞一事遭到處罰，鼇拜也以勘察不實而被議處“應革職，罰銀一百兩”。三月，貝子屯齊告發鄭親王濟爾哈朗當年擁立肅親王豪格、後又包庇豪格的種種罪狀。鼇拜諸人謀立肅親王之事也被同時告發。多爾袞借此事興起大獄，嚴訊諸人。最後，鼇拜以欲立豪格、與諸人盟誓等罪名論死，得旨“罰鍰(huán)自贖”。四月，侍衛廓步梭又告發鼇拜在皇太極死時“擅發兵丁守門”，再次論死，改革職為民，得旨免革職。鼇拜雖以大功凱旋，在短短數月間卻被論死兩次，可見其所受打擊之嚴酷、境遇之窘迫。
鼇拜所受的第三次打擊是在順治七年(1650)。這年七月，多爾袞生病，暗示貝子錫翰，想請順治帝親臨探視自己，錫翰遂秉承其意“請駕臨幸”，多爾袞卻又以“違令瀆請”罪之，並追究鼇拜包庇之罪，論死，後改免死罰贖、降爵。是年十一月，多爾袞死，順治親政。總之，在多爾袞攝政期間，鼇拜有功而無賞、無罪而受罰，三次論死，備受打壓。
順治親政後，鼇拜可以是在政治上獲得了新生。順治聞知鼇拜、索尼等人曾經盟誓“一心為主，生死與共”，忠心耿耿，遂對鼇拜極為敬重，視為心腹重臣。從此以後，鼇拜隨侍順治身邊，直接參與管理國家各類事務，如商討本章批複程序、聯絡蒙古科爾沁部、協和太後與皇帝之間的關係、祭奠過世王公妃嬪、協助會審案獄，並倡議“大閱以講武”，自教武進士騎射，等等。應該，鼇拜在這一段時間內表現得非常出色。正是由於這個原因，順治對他也十分關心和信任。順治十三年(1656)，鼇拜舊傷複發，臥床不起，順治親臨鼇拜府邸去看望慰問。順治十四年(1657)冬，孝莊太後(即皇太極妻博爾濟吉特氏)病重，順治朝夕侍侯。鼇拜也沒閑著，晝夜於宮中侍候，都顧不上自己休息吃飯，深獲順治帝的讚賞。
綜上所述，鼇拜作為“子自將之師”鑲黃旗的重要將領，忠心事主，始終不渝，在皇太極去世後堅決擁立其子為皇位繼承人，甚至不惜兵戎相見，最終爭得福臨繼位。他為此與睿親王多爾袞結下怨仇，在後者攝政期間，多次遭受殘酷打擊，三次論死。當年曾一起盟誓的黃旗大臣這時早已分化瓦解，改變初衷轉而投靠多爾袞者(如譚泰)大獲好處。故主皇太極既已去世，其子福臨也得以即位，鼇拜此時完全可以為謀求個人利益而黨附多爾袞，這在古往今來的官場上是司空見慣之事。但鼇拜麵對如此險惡處境，卻仍然不屈不撓，始終沒有迎合多爾袞。就此而言，鼇拜作為清初一員驍將，其性格是梗(ɡěnɡ)直倔強、敢於抗爭的。他對故主皇太極忠心耿耿，一片赤誠，而對順治也始終堅守臣節，稱得上是一個難得的忠義之臣。在目前熱播的影視劇中，鼇拜形象給人們留下的都是驕橫跋扈、貪婪不法的奸惡形象，他的忠貞梗直這一麵恐怕還是鮮為人知的。
權臣：與少年康熙的較量
如果順治活得更長一點時間的話，這一段君臣相得的佳話恐怕就能夠進入曆史，深入人心。可惜的是，順治十八年(1661)正月初八，年輕的福臨就去世了。鼇拜的政治命運進入了一個轉折期。
順治對鼇拜的信任在其對後事的安排裏體現出來了。順治立下遺詔，指定由皇三子玄燁嗣位(即康熙)，以索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鼇拜為輔政大臣。值得注意的是，順治沒有選擇宗室親王擔當輔政大任，而是選擇了異姓大臣。這也許跟他幼年時期多爾袞專權的經曆有關，他不想再出現一位“多爾袞”來操控子孫的下。不過，權力也許真是一個魔杖，能夠改變一個人的一生。鼇拜功臣、忠臣的形象開始漸漸變形，他再也不像從前忠心扶持皇太極的兒子福臨那樣對待福臨的兒子玄燁了。結果，康熙初年，雖然沒有了多爾袞，但卻出現了專權的鼇拜。
順治死後，四位輔政大臣曾經在順治靈前盟誓，表示同心同德輔佐皇帝玄燁。雖然這一盟誓意義重大，但事實證明四大臣並不能抱成一團，忠心輔主。位居四輔臣之首的索尼是四朝元老，位望隆重，但已年老多病，畏事避禍，在很多事情上往往疏於過問。蘇克薩哈屬正白旗，原本依附多爾袞。多爾袞死後，朝局一變，蘇克薩哈出來告發剛剛死去的多爾袞，因此受到順治重用，在四輔臣中名列第二。正由於蘇克薩哈是從多爾袞那邊分化出來的，索尼等人都瞧不起他。鼇拜與蘇克薩哈雖是姻親，二人卻常常因政見不合而發生爭論，宛如仇敵。列名第三的遏必隆出自名門，但為人庸懦，遇事無主見，又屬鑲黃旗，常常附和鼇拜。鼇拜雖然屈居第四，但由於資格老，軍功高，常常氣勢奪人。在這種情況下，鼇拜雖居四輔臣之末位，卻得以擅權自重，日益驕橫，開始走上專權的道路。
康熙初年，以四輔臣為執政核心的清廷不斷調整統治政策，穩定秩序。這些調整包括：在經濟上，實行輕徭薄賦、更名田(即被清廷免價給予佃戶耕種的明代藩王莊田)，發展生產；在政治上，注意整頓吏治，有步驟地打擊江南漢族地主階級，放慢攻打南明勢力的進程以存實力，等等。這樣，清朝統治者對全國的統治逐漸鞏固。不過，清朝統治者內部的矛盾卻在加劇。康熙初年，清廷內部的矛盾主要有以下三個方麵。
第一，黃、白旗之爭。黃、白旗之間的矛盾由來已久，最早可追溯至清太宗皇太極之時。皇太極登上汗位之後，不久便將自己掌握的正白旗、鑲白旗改為正黃旗和鑲黃旗，使其地位日益上升。同時，皇太極又將努爾哈赤留給阿濟格、多爾袞、多鐸三個幼子的正黃旗、鑲黃旗改為正白旗、鑲白旗，使其地位漸漸下降。從此，黃、白兩旗之間便產生了矛盾。皇太極死後，黃、白旗為爭立皇帝，關係緊張，後來雖以妥協告終，但彼此成見甚深。多爾袞是正白旗之主，攝政時就很壓製反對他的兩黃旗。索尼、遏必隆、鼇拜均曾得罪，或降職，或罷官。順治親政，政局一變，黃旗抬頭，白旗重又失勢。蘇克薩哈雖以白旗投靠黃旗，但索尼、遏必隆、鼇拜都瞧不起他。黃、白旗之間的矛盾一直延續到康熙初年。