接下來的二十年非常的平靜，地球再度進入了高速發展階段，外星人危機也漸漸的被人們淡忘，至於那些改造人更是被政府刻意的抹去了。就在人們對未來充滿了信心的時候，昔日活下來，並且嚷嚷著要複仇的改造人率領著怪獸大軍開始襲城！
沒有人知道他們是怎麼培育怪獸的，更沒有人知道他們這些年是怎麼在政府的監視下做到完全隱形的。
這一仗打了政府一個措手不及，好幾座重要城市在短短數日的時間內就被改造人攻克了。他們宣布成立了新的政府，勢要推翻前任聯邦政府。
人類沒有迎來外星人的攻擊，反倒是產生了內訌！
但是聯邦政府其實也早就做出了這方麵的預案，這些未曾被摧毀的改造人一直都是政府的心頭大患，所以這些人他們秘密的培養了另一派改造人，而且實力比之前的改造人更加的強大，就是為了應付可能到來的局麵。唯一算漏的一點就是，昔日的改造人居然培育出了怪獸！
他們這樣做就已經完全把自己擺在了人類的對立麵上，因為這些怪獸給人類帶來的傷痛，可不是二十年就能愈合的。
雙方大打出手，各種強大的武器轟炸在地球本土上。
恰好在這時候，外星人又來了！
這次的數量比頭一次還要多，光是整編的星際戰隊就超過了一千支，數量以億計算！
聯邦政府對改造人政府提出交涉，希望能暫時終止內戰，一致對外，奈何改造人根本不相信他們，當年的教訓他們不會犯第二次，所以依舊在瘋狂的攻擊聯邦政府。外星人雖然不知道地球究竟發生了什麼，但是這種情況他們是喜聞樂見的，所以跟改造人政府達成了默契，開始瘋狂的攻擊聯邦政府的星際戰隊。
在地球上打的一片火熱的時候，一個老科學家找到了徐福夫妻，希望他們能站出來，終止這場浩劫，畢竟他們是唯一存活下來的上一代改造人。現在的改造人雖然在性能上比他們厲害，但是卻沒有思維，更像是機器人。徐福跟阿青則是完完全全的人，二十年的靜修讓他們夫妻擁有了與天地溝通的能力。
麵對老科學家的苦苦哀求，夫妻倆最終還是同意出山，去對付那些已經失去理智的改造人。
他們的實力已經完全呈現出了碾壓姿態，任何改造人都不是他們夫妻的對手。眼看著一場災禍就要平息，但是誰也沒想到，那些改造人對聯邦政府的恨意居然強大到了那種程度，他們寧願毀滅地球也不願意妥協。
與此同時，外星人的攻擊也已經到了最關鍵的時候，徐福跟阿青就此分開，一個去對付外星人，一個去製止改造人。
徐福以一己之力打穿了外星人的軍隊，但是也受了極其嚴重的傷，回到地球之後，發現整個地球已經完全變了樣子，人類的文明居然被徹底的抹殺了……
阿青更是不知去向！
徐福悲痛欲絕，正準備殉情的時候，之前那個老科學家又出現了。
他告訴徐福，人類的文明還沒有徹底結束，聯邦政府將人類最後的文明掩埋在了地球的深處，而徐福要做的就是負責看護這個文明，直到地球第二次重啟。
徐福本不想答應，但是老科學家告訴他，他的妻子阿青已經接受了這個任務，帶著人類僅存的一批活種去了異空間，準備在地球二次重啟之後返回。
徐福追問科學家他妻子的下落，對方卻怎麼都不肯細說，最後在徐福的迫問下，氣絕而亡。
徐福捏著手中的鑰匙，站在遍布瘡痍的地球上，大聲的嘶吼。
妻子阿青成為了他活下去的唯一動力，為了見到妻子，徐福選擇了沉睡，希望能在地球二次重啟之後醒來。
這一覺也不知道睡了多少年，等到徐福再度醒來的時候，地球上已經出現了文明的火種，異人出現了。
重啟之後的人類文明雖然孱弱，卻充滿了生機。
徐福開始在地球上飄蕩，希望能看到妻子帶著上一批人類活種重返地球。
而這一等，就是一千年……
某天醒來，徐福就看到天空中出現了一個巨大的漩渦，差不多有月球那麼大，一道道的華光從漩渦中飛射出來，落在地球的各個角落。
他激動萬分，妻子終於出現了。
於是徐福飛入了漩渦中，去尋找自己的妻子。
然而他萬萬沒想到的是，阿青已經完全不認識他了！