戰爭很快就結束了，在之後的商談當中，雙方在談判桌上商定好了最後的內容，神農和極樂之箱由木葉封印，並交由妙木山保存，空中要塞歸屬於木葉，而木葉則會支持大蛇丸和魍魎在瀧之國建國。
結果出來之後，瞬間就在忍界引起了軒然大波，因為一腔熱血而來支援的各個忍村幾乎都對木葉表達出了自己的憤怒，以撫子村為首的忍村直接就離開了火之國的領土，因為在他們看來，木葉不過是為了利益才和大蛇丸他們這些罪人達成的協議，正義已經被染黑了，他們的鮮血遭到了背叛。
而也就是在這個時候，大蛇丸一方又在背後刺了自來也一刀，他們在木葉做出解釋之前，率先的為自來也做出了解釋，並且隱約的提出了極樂之箱已經被封印，並且交給了木葉的決定。
髒水已經潑到了木葉的身上，因為協議，木葉一方又不能將大蛇丸的威脅出來，這件事最終雖然讓木葉度過了這次的難關，並且還得到了一些戰利品，但是結果卻讓木葉一方的聲望被打擊的十分慘重，關於得失這方麵，還真的是不太好分辨。
瀧之國被大蛇丸占領了，瀧隱村的殘餘們徹底的失去了自己的家園，然後也突然在某一默默的離開了火之國。
在接下來的時間裏，忍界便陷入到了平靜當，大蛇丸盤踞在瀧之國招收了很多叛忍和罪徒，轟雷在波之國逐步的建設著屬於自己的王國，曉組織也開始在忍界當中露出了頭角，各大忍村也紛紛的舔舐自己的傷口，同時默默的等待著時機的到來。
…………
時間就這麼的過去了數年，一直來到了木葉六十年，也就是鳴人從忍者學校當中畢業的那一年。
因為波之國已經被轟雷經營成了現在忍界最繁華的城市，所以自然也就沒有了卡卡西和再不斬一戰的機會，轟雷也沒有特意的去關注過鳴人的經曆，所以也不知道代替這段經曆的究竟是什麼。
不過很快的，阿瓦隆就接到了來自木葉的邀請，木葉將要舉辦聯合中忍考試，想要邀請阿瓦隆一同參加，畢竟阿瓦隆和木葉的關係非常的緊密，而且位置也非常的接近。
沒有多想什麼，轟雷便接受了木葉的邀請，同時帶著現在依然還是下忍的雛田和香燐登上了前往木葉的列車……
這次的中忍考試大蛇丸還會不會出手轟雷已經完全不知道了。
第一場考試的過程並沒有什麼值得意外的，在經過了一些‘威脅’之後，依然還留下的考生全部都通過了第一場考試。
而在第二場考試的時候，轟雷囑咐雛田和香燐在死亡森林當中找機會解決掉了一直潛伏在木葉當中的藥師兜，並且為了防止穢土轉生將其徹底的毀屍滅跡。
藥師兜在未來是可以左右忍界的幕後黑手之一，這件事還是盡快的解決掉比較好。
在後麵，劇情並沒有偏出太多，四代風影還是被大蛇丸殺死了，木葉崩潰計劃依舊展開，不過與之不同的是，這次擊敗我愛羅的，是雛田和香燐。
在分裂犬的牽製之下，香燐使用了大型封印術限製了一尾的行動，而後雛田通過白眼準確的找到了藏在一尾體內的我愛羅，並且將其俘獲。
不過雖然抓到了我愛羅，但是波之國現在還是不適合擁有尾獸，所以轟雷又將我愛羅交給了木葉。
而這件事的影響最大的一點，或許就是失去了和鳴人的羈絆，我愛羅依舊還是那麼的瘋狂。
之後砂隱村付出了一些代價帶回了我愛羅，並且讓其繼任成為了五代風影。
木葉在這次的打擊當中遭受到了不的損失，曉組織也在之後的時間裏逐漸的展開了自己的計劃。
忍界的局勢已經變得大為不同了，轟雷為了給自己爭取到足夠的發展時間，在製定了極為精密的計劃之後，在某一次的行動當中殺死了岩隱村的五尾人柱力，因此，被封印在人柱力體內的尾獸也一同死去，至少要等待三年的時間才能夠重新複活，曉組織的尾獸捕捉計劃，也不得不停滯了下來。
而轟雷則利用了這三年的寶貴時間，逐步的執行著自身的計劃，雛田和香燐兩人一直在與轟雷一同修煉，她們的實力增長速度非常的快，在各種能力的加持之下，甚至已經達到了次影的級別。
而也就是在三年之中的最後時刻，來自阿瓦隆的情報顯示，他們終於找到了那個可以通往月球的通道。