天使們圍攻宇宙雙子，久攻不下，連神聖凱莎也毫無辦法。再次親自出戰，再次敗在了他的手上，看著哲充滿仇恨的眼神，神聖凱莎也會感到恐懼。最終還是天使彥在背後給予了他致命的一擊，那時候哲第二代神體遠不像現在的神體一樣堅硬，高階天使操縱的烈焰級武器可以輕鬆地破開它的防禦。
巔峰對決容不得半點兒失誤，更何況是要害受傷。哲被凱莎的銀刃死死地插在了地上，第二代神體很快就被瓦解了，而哲的生命也停留在了這場大戰之中。莫甘娜聽說之後，再度進攻天使，目的則是為了給哲報仇。但最終也是敗北，第三次天使與惡魔的戰爭以惡魔的覆滅結局了。
莫甘娜一直與死神卡爾有所牽連，兩人說不清道不明的關係。卡爾為所有的惡魔戰士包括莫甘娜在內都保留了一部分基因樣本，經過大時鍾的加工可以使惡魔再生，這是惡魔基因獨有的能力。
而齊天大聖，那隻猴子在烈陽的境內橫衝直撞，最終被潘震協同烈陽眾將施展出的太陽化身所融化，而基因則是被保留在了烈陽文明下超神學院分院中。
幸存的杜卡奧在這些年間四處尋找著強大的基因，經過重重困難之後，他取得了齊天大聖的基因。由於這個超級戰士作惡多端，杜卡奧為了避免禍亂再現，打造了一個金色的頭箍，可以通過特別加密的密碼來短時間內剝奪基因持有者的能力。
在超神學院的校長太空的指引下，杜卡奧前往了地球，並在那裏建立了一座超神學院。杜卡奧並不知道太空的用意究竟是為何，但他看到這裏初升的文明，心中充滿了愧疚，並下定決心不再癡迷於戰爭，而是用盡自己的一切去保護這個文明，也算是對德諾星係百億的生命進行贖罪。
而太空的用意自然就是宇宙雙子，它將第三代宇宙雙子交予了死神卡爾，在經過卡爾的雕琢後將它放入了地球，經過了數千年，基因會在這個地球人一脈的體內穩定，隨時等待著再次激活。
此後，宇宙的秩序規劃者重新成為了天使，而烈陽、惡魔等文明幾乎退出了宇宙的舞台。直到現在！
天基王鶴熙不斷地在發明新的科技，新的神體技術。凱莎升級了天使文明獨有的神聖之軀，而不敗之體更是裝備給了多名護衛天使，更多的天使戰士晉升第三代神體。梅洛天庭儼然已經成為了一尊無法撼動的龐然大物。
而神聖凱莎的隕落，天宮的複出，宇宙雙子的降世將整個宇宙運行已久的秩序打亂了。
烈陽不甘於再被套上這厚厚的枷鎖，天宮也不甘於被驅逐於外，兩大超級文明向著正義秩序宣戰，隻不過一個是在反抗正義秩序，另一個則更直接一些。
一萬年的曆史中的一幕幕在沉翦的腦海裏浮現，雖然不能精細地全部看完，但是重要的部分沉翦一點兒都沒有落下。經過了足足兩天的時間沉翦才從暗位麵中清醒過來。