靈帝聞訊，親往後宮驗視，見王美人四肢青黑，知是中毒而亡，急令追查凶手，很快查出是何皇後所為。靈帝不禁勃然大怒，意欲立即將何皇後廢黜。何皇後事先己用巨金買通受靈帝信任的宦官曹節等人，宦官們一齊跪下，為何皇後求情，靈帝居然赦免了何皇後。劉協這時尚未足月，靈帝怕將劉協留在後宮再遭到暗害，於是將他抱到永樂宮，請董太後撫養。自此，劉協就依董氏為外家。
靈帝晚年，麵臨著選擇太子問題。何皇後生有皇子劉辨，從寄養在民間一位姓史的道人家裏。劉辨比劉協年長，而且是皇後所生，論理太子位置非其莫屬。但是劉辨舉止輕浮，沒有國君應有的威嚴氣質。劉協自在永樂宮長大，由董太後悉心撫養，舉止端莊，深得靈帝喜愛。再加上其母王美人死於非命，靈帝難免有隱惻之心，因此他心下傾向於立劉協為太子。然而這又有違於立嗣以嫡長為先的皇室傳統，所以遲遲下不了決心。
中平六年（189年），靈帝病重，遺詔將劉協托付給宦官上軍校尉蹇碩。四月，靈帝去世，立劉辨為帝，是為少帝。何皇後也改稱為何太後，臨朝處理政務。但國家大權實際上已為何進掌握。劉協封為渤海王，後改封陳留王。從此，內宮宦官和朝中重臣展開了爭權奪利的鬥爭。
先是何進捕殺蹇碩，接著是宦官張讓、段珪等殺死何進，司隸校尉袁紹、虎賁中郎將袁術和何進的部將帶兵反攻，一下子又殺宦官兩千人。張讓、段珪等無力還擊，劫持少帝和陳留王劉協逃去。尚書盧植率軍追到後，殺死張讓、段圭，又把少帝和劉協迎回宮內。董卓自認為和收養劉協的董太後同族，加上劉協本身比劉辨有才能，於是從這時起，董卓就想廢少帝，另立劉協為皇帝。
回到京城後，董卓的軍隊完全控製了局勢。於是董卓逼著少帝策免了司空劉弘，自己身居其位。接著，董卓又以司空的身份召集百官開會，議改立陳留王劉協為皇帝。百官們大驚失色，但懾於董卓的淫威，誰也不敢表示反對。第二，董卓宣布廢除少帝劉辨，立陳留王劉協為帝，是為獻帝，時年9歲。從此，劉協開始了他作為傀儡皇帝的漫長生涯。
要這皇帝的傀儡生涯還真是漫漫長路……先是董卓，後來董卓被殺，又被人劫持到了長安，好不容得以逃脫，被曹操迎奉的許昌，以為曹操是個大忠臣，結果可想而知……建安五年（公元00年），劉協不滿曹操大權獨攬，不甘心作為傀儡，乃暗下衣帶詔，令董貴人的父親車騎將軍董承設法誅殺曹操。
董承遂與左將軍劉備、長水校尉種輯、將軍吳子蘭、王子服等一起密謀，結果事情敗露，董承等人都被曹操誅殺，懷孕的董貴人也被絞殺。伏皇後畏懼曹操，於是寫信給她的父親伏完，盡數曹操殘暴不仁之事，希望伏完能夠效仿董承，鏟除權臣，但伏完始終未敢行動。
而那狡猾的劉備更滿口答應之後逃之夭夭。因此劉協一度陷入了絕望，也漸漸安靜下來。直到建安十年劉琮的突然出現，讓劉協又燃起了一絲希望。不過隨即幾年之後，眼見劉琮遲遲沒有行動，劉協認為劉琮隻不過和劉備一樣，要的是他欽封的名分，自己的死活他們才無暇顧及！
而曹操為了控製和穩住劉協也算是下了血本，給劉協網羅了大量華夏美女送給劉協享用，甚至連自己的幾個女兒都貼了進去。當然曹操宋商自己的女兒並不是簡單的給劉協當玩物，他是在覬覦皇後的位置同時嚴密監控心智逐漸成熟的劉協。
劉協也感受到曹操越來越厲害的壓迫，不過當黃權等人出現在他跟前時，他還是吃了一驚，他想不到當初一個類似玩笑的召令，被劉琮記住了。劉琮還真的當自己是皇帝？還當自己是哥哥？當他得知黃權的來意之後，劉協一口回絕了黃權：“不走，朕不走！”
黃權一聽急了，這位爺是要鬧哪樣啊？自己好不容混進許昌，又是費盡口舌拿到了荀彧的手令。這位爺居然不肯走？