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1874年，日軍600人共分三批出發,4月7日“有功丸”搭乘日本新任駐廈門領事福島九成駛往廈門,5春”、“三邦丸”、“明光丸”開往台灣社寮港;
5月18日西鄉從道以“高砂丸”為旗艦,率兵開往台灣。￡∝，5月1日日軍沿四重溪搜索遭到高山族人攻擊,日爆發“石門之役”。當日西鄉從道率艦隊抵達社寮港,隨即展開攻擊。
這場戰役中,高山族人傷亡者合計達70餘名之多,牡丹社酋長父子戰死。日軍傷亡者有0餘名。6月1日日軍發動“牡丹社之役”,出兵分三路圍剿高山族人。
6月5日,日軍攻破牡丹社,並焚毀多社。但高山族進行頑強抵抗,時常從山中出來襲擊。日軍防不勝防,終不能勝,隻得退守龜山,在這裏建造都督府,設醫院,修橋梁,築道路,開荒屯田,作長久之計。時日軍中瘧疾流行,000多人患病,500多人病死,日軍處於進退兩難的境地。
而清政府不但對日本侵台消息得的晚,而且知道情況後反應遲鈍,措施不力。中國開始對日本的侵略行動一無所知,最先告訴中國消息的還是英國駐華公使威妥瑪,後北洋大臣李鴻章、南洋大臣李宗羲均谘報日本興兵赴台灣各節。
總理衙門采取如下對策,“除由臣衙門照會該國外務省切實詰問外,臣等公同悉心商酌,此時該國動兵與否,尚未明言,固未便操之過急,而事必期於有備,患當杜於方萌,應如何按約據理,相機辯阻,及如何先事籌備,……擬請欽派開望素著、熟悉洋情之大員,帶領輪船,前往台灣生番一帶,察看情形,妥籌辦理。”
而上諭雲:“生番地方,本係中國轄境,豈容日本窺伺該處情形如何,必須詳細查看,妥籌布置,以期有備無患。……著派沈葆楨帶領輪船兵弁,以巡閱為名,前往台灣生番一帶察看,不動聲色,相機籌辦。”
人家已經打上門來了,朝廷還擔心“操之過急”,不過“詰問”而已,並擬“按約據理”、“相機辯阻”,“察看情形”、“相機籌辦”,明顯措施不足。
中國官員對日軍的行動進行了有力的批駁。5月日,福島九成在廈門會見知府李鍾霖,遞交了西鄉從道致閩浙總督李鶴年的照會。照會一心掩飾侵略,將侵犯剛簽訂《修好條規》不久的與約國,成是稍示懲罰生番,竟然還恬不知恥地要求中國地方政府將躲藏的生番抓住交給日本兵,日本人之虛偽和狡猾可見一斑。
5月11日,閩浙總督李鶴年複函西鄉從道,內稱:“本部堂查台灣全地久隸我國版圖,……貴國政府並未與總理衙門商允作何辦理,徑行命將統兵前往,既與萬國公法違背,亦與同治十年所換和約內第一、第三兩條不合。……琉球島,即我屬國中山國疆土,該國世守外藩,甚為恭順,本部堂一視同仁,已嚴檄該地方官,責成生番頭人,趕緊勒限交出首凶議抵。總之台灣在中國,應由中國自辦,毋庸貴國代謀……應請貴中將撤兵回國,以符條約而固邦交可也。”
應當,李鶴年的回函對琉球漂民事件如何處理作了正麵回答,要求日本撤兵也有理有據,但是西鄉從道接到複函後,不僅毫無撤兵之意,反而加緊向高山族進攻。
5月11日,總理衙門照會日本外務省進行詰問。照會雲:“查台灣一隅,僻處海島,其中生番人等,向未繩以法律,故未設立郡縣,即禮記所雲??不易其俗,不易其宜??之意,而地土實係中國之屬。……此次忽聞貴國欲興師前往台灣,是否的確,本王大臣未敢深信,倘貴國真有是舉,何以未據先行議及,其寄泊廈港兵船,究欲辦理何事,希即見複,是所深盼。”
照會用語軟弱,無強烈抗議之詞,更無針鋒相對之意,對台灣生番所置“向未繩以法律”之詞,十分不妥,授人以柄,日本正是借生番是“化外之民”出兵台灣的。
日本外務省對照會要求立即見複置之不理,直到9月才複照,且態度極為橫蠻。複照稱日本出兵是根據柳原前光和毛董兩大臣會談之意行事的,真是強詞奪理。
5月8日,日本派駐中國公使柳原前光抵到上海,福建布政使潘等人與柳原前光會麵,進行詰問,要求退兵。
隨著事態的擴大,總理衙門也知道徒以口舌不能解決問題,準備用兵。5月9日,總署恭親王奕欣在奏折中稱:“因思日本兵船,既赴台灣,且有登岸情事,必須沈葆楨迅籌辦法,或諭以情理,或示以兵威,使彼無隙可乘,庶幾潛消隱患。”
不久上諭準奏,並任命沈葆楨為欽差辦理台灣等處海防兼理各國事務大臣,福建布政使潘為幫辦。5月1日朝廷接李鶴年奏,報告了西鄉從道的照會及複函情況。6月5日朝廷又接李鶴年奏,稱已向鳳山、澎湖、廈門調兵,並闡述了對日軍策略:“如果倭兵擾入台灣腹地,自當督飭鎮道鼓勵兵團,合力堵剿;若僅以戕殺琉球難民為名,與生番複仇,惟當按約理論,不遽聲罪致討以免釁開自我。”