因為木葉高層和宇智波一族的關係很微妙，在戰爭結束後，兩方勢力便開始了暗鬥，木葉高層用著九尾入侵的借口，在村裏散播謠言，是宇智波一族的人控製的九尾，造成的奇襲。
雖然大部分的忍者都知道事情是智做的，但普通村民不知道啊，而且智也擁有寫輪眼，這些村民自然就認為是智是宇智波一族的叛徒。
隨著宇智波一族越來越被村民們排斥，最終，宇智波的族長宇智波富丘，也就是鼬的父親，終於忍不住了，想要篡位，將火影的位置搶到手。
從就知道戰爭的殘酷和經曆過九尾入侵事件的宇智波鼬，自然不希望再次發生這種大規模的災難，因此開始當起了雙麵間諜，在暗部中，一方麵給予宇智波一族虛假的情報，另一方麵又將宇智波一族的情報交給了木葉。
隨同的還有他的摯友宇智波止水，隻可惜宇智波止水是在團藏的手下做事，而團藏偏偏又是那種寧可殺錯一千，也不可放過一個的人，對於宇智波止水送來的情報，根本不抱有任何信任。
宇智波止水的寫輪眼是幻術係的，在三勾玉狀態時，就能夠控製一些同級的忍者，再加上速度其快的瞬身術，讓人對止水的幻術防不勝防，因此有了個瞬身止水的稱號。
再一次任務中，宇智波止水開啟了萬花筒寫輪眼，知道這件事情的人，隻有宇智波鼬和團藏，在看到止水的萬花筒後，團藏終於忍不住了，想起智控製九尾的那股瞳力，團藏的黑手，伸向了宇智波止水。
在一番戰鬥下，宇智波止水的左眼在被團藏搶走後，勉強逃了出來，隨機將事情告訴給了自己的好友宇智波鼬，在得知了宇智波止水的事情後，宇智波鼬這才了解了宇智波一族和木葉高層之間的嚴重性。
將僅剩的右眼交給了宇智波鼬後，止水跳河自殺，親眼看著止水自殺的宇智波鼬，在內心痛苦之下，開啟了萬花筒寫輪眼，也是自宇智波斑去世以來，第四個開啟萬花筒的人。
宇智波斑是第一個，隨後是麵具男，再然後是智，止水，最後就是宇智波鼬。
為了防止木葉高層和宇智波之間的鬥爭波及村子，宇智波鼬在無奈之下，接受了木葉上層給予的將宇智波一族滅族的任務，其中也提了一個條件，那就是保護好他的弟弟，宇智波佐助的安全，宇智波滅族之後，鼬便加入了曉組織做木葉的臥底。
“宇智波一族的駐地分為ABD四個區域，角都和飛段負責A區，大蛇丸和宇智波鼬負責B區，鬼鮫和絕負責區，我和蠍負責D區，至於阿飛自由行動，沒問題吧。”
看著宇智波一族駐地的地圖，智將任務分配給了組織成員們，而眾人也都是認同的點了點頭，反正無論去哪一個區，都是一樣的。