亞曆克斯為尋找妹妹，製服並吞噬Huer），進一步找出綁架達娜的變種hunter，將其吞吃後獲知達娜的所在。亞曆克斯利用軍方的火力，進入核心巢穴並尋找達娜。核心巢穴的中心，是黑光計劃病毒（Blacklight）的核心帶原者伊麗莎白·格林。亞曆克斯將抗體注入伊麗莎白，卻被伊麗莎白排出體外，並形成Hunter之王（SupremeHunter），而亞曆克斯並不知道。亞曆克斯成功救出達娜，但她陷入昏迷。亞曆克斯把達娜交給拉格倫醫生保護。這時一名身分不明的神秘人向亞曆克斯透露黑光計劃病毒的起源與釋放病毒的人其實是他，並告訴他伊麗莎白未死。同時，軍方從空中散布病毒抗體Bloodtox，並引入使用病毒技術製作而成的超級士兵。軍方進一步在地麵部屬Bloodtox散布裝置。出於自保，亞曆克斯企圖顛覆Bloodtox的散布行動。而這時亞曆克斯從神秘人處得知軍方打算利用特殊泵將Bloodtox打至地底，消滅躲藏的感染體。神秘人要求亞曆克斯偽裝成士兵進行護送利用這東西引出伊麗莎白。特殊泵就位，並開始工作，大量的Hunter與Hydra感染體從地底湧出。躲藏在地底下的伊麗莎白·格林被逼現身，被亞曆克斯擊殺並吞噬。
伊麗莎白·格林已被消滅，亞曆克斯再次企圖摧毀Bloodtox的生產設施，佯裝失手後與Gentek主席雷蒙德·麥克穆蘭對質。麥克穆蘭為了不讓亞曆克斯奪取記憶，舉槍自盡。亞曆克斯的匿名連絡人身分揭曉，他是黑色守望組織的隊長－羅伯特·荷斯。軍方開始撤離紐約市，並打算在市區引爆核彈以消滅病毒。亞曆克斯開始追蹤地麵部隊的領袖。亞曆克斯將抗命逃亡的士官伊恩·塔格特（IanTaggart）吞噬掉。亞曆克斯變化為塔格特的外觀，與羅伯特·荷斯兩人成功登上哈德遜港外的USSReagan航母。亞曆克斯吸收了主導者彼得·蘭德爾（PeterRandall）將軍。由於軍隊領袖與感染核心伊麗莎白·格林都被消滅，扮成羅伯特·荷斯的Hunter之王現出真麵目，企圖吞噬亞曆克斯，成為唯一的最高級病毒集合體。消滅Hunter之王後，亞曆克斯將引爆倒數中的核彈用直升機載離紐約，沉入水底。核爆的威力將他炸飛，屍身的碎肉落在曼哈頓島上，這時一隻鳥類動物想吃掉這碎肉，卻不料被附身並吞噬，亞曆克斯二度複活，到這遊戲完結。
支線任務
遊戲中有著大量的支線任務，在地圖上會用不同的圖表標出。
移動：在限製的時間裏控製主角到達每一個指定地點。
滑翔：利用主角的滑翔技能滑翔到製定的地點，離中圈越近越好。
殺戮：利用任務點配備的各種武器並在限定時間內消滅敵對的生物。
戰爭：此任務多數是對立的雙方在戰鬥時玩家加入其中一方，有可能是被感染生物，也有可能是軍隊一方，在這個過程中變身或殺傷友軍是不會被友軍一方攻擊的。勝利條件是在最少的時間內完全消滅敵軍。