師團建製為四單位製，即師團下轄二個旅團，旅團下轄二個步兵聯隊，步兵聯隊轄有三個步兵大隊，大隊下轄四個步兵中隊，一個機關槍中隊攜八挺重機（槍），一個炮兵小隊攜二門70mm步兵炮，步兵中隊轄三個步兵小隊，小隊轄一個機關槍組攜二挺輕機關槍，一個擲彈筒組攜二個擲彈筒和二個（步）槍組。
師團還轄有一個炮兵聯隊、一個輜重兵聯隊、一個工兵聯隊、一個騎兵聯隊四個騎兵中隊與一個機關槍中隊，以及其他部隊。
此時的師團分為兩種，一是馱馬製、炮兵聯隊轄有四個大隊36門75mm山炮與十二門75mm野炮，步兵聯隊轄有一個炮兵中隊四門山炮，一個步兵炮中隊四門步兵炮，總編製為 28500人。
一是挽馬製、炮兵聯隊有36門野炮與十二門 120mm榴彈炮，步兵聯隊轄有一個聯隊炮中隊與一個速射炮中隊37mm速射炮四門，總人數為 25000人。
曆任師團長：
山地元治，中將，明治21年，即1888年5月14日至明治23年6月7日。
野崎貞澄，中將，明治23年即1890年6月7日至明治25年12月8日。
北白川宮能久親王，中將，明治25年，即1892年12月8日至明治26年11月10日。
黑木為楨，中將，明治26年，即1893年11月10日至明治29年10月14日。
茨木惟昭，中將，明治29年，即1896年10月14日至明治33年4月25日。
伊瀬知好成，中將，明治33年，即1900年4月25日即明治35年5月5日。
大久保春野，中將，明治35年，即1902年5月5日至明治39年7月6日。
西島助義，中將，明治39年，即1906年7月6日至明治42年9月3日。
木越安綱，中將，明治42年，即1909年9月3日至明治44年9月6日。
梅澤道治，中將，明治44年，即1911年9月6日至大正4年10月4日。
明石元二郎 中將，大正4年，即1915年10月4日至大正7年6月6日。
小池安之，中將，大正7年，即1918年6月10日至大正10年6月28日。
山田虎夫，中將，大正10年，即1921年6月28日至大正11年11月24日。
柚原完藏，中將，大正11年，即1922年11月24日至大正15年3月2日。
福田彥助，中將，大正15年，即1926年3月2日至昭和4年8月1日。
荒木貞夫，中將，昭和4年，即1929年8月2日至昭和6年8月8月1日。
阪本政右衛門，中將，昭和6年，即1931年8月8月1日至昭和9年3月5日。
香椎浩平，中將，1934年，即昭和9年3月5日至昭和10年12月2日。
穀壽夫，中將，昭和10年，即1935年12月2日至昭和12年12月28日。
稲葉四郎 中將：昭和12年（1937年）12月28日 - 昭和14年12月1日。
町尻量基，中將，昭和14年，即1939年12月1日至昭和16年4月1日。
神田正種，中將，昭和16年，即1941年4月1日至昭和20年4月1日。
秋永力，中將，昭和20年，即1945年4月1日至終戰投降。
成軍70年，6次入侵中國賤踏我山河，23個中將，足見其師團之〔血〕腥殘暴。
師團成立 1873年1月10日，明治維新時期的日為建立統一的軍隊，下“征兵令”將全國分成6個軍管區，負責征兵及地方衛戍。隨著野心的膨脹，日開始將各鎮台改編為陸軍師團，1888年陸軍第6師團成立，首任師團長山地元治中將，兵員一萬餘人。
作為擁有步、騎、炮、工5個兵種的戰略單位，師團擁有眾多的兵員、裝備和強大的獨（立）作戰能力，由此也就奠定了日軍進行“大（陸）作戰”，說穿了就是對中國侵略的基礎。包括第6師團在內的日軍首批6個師團從一開始就是專為對外擴張而設立的，其侵略矛頭正是直指中國！