古埃及人說，岡比西斯二世所犯下的過錯無法原諒，而他的死也是阿庇斯的報複。此後的岡比西斯二世像瘋了似的，他殺害自己的兄弟姐妹，把波斯知名的貴族給活埋了。後來，波斯王位被祭司高墨達奪取，岡比西斯二世立即從埃及趕回波斯。在途中，有一次上馬的時候，他掛在腰間的佩刀刀鞘扣子鬆掉了，於是刀刃就刺中了岡比西斯二世的大腿，被刺傷的位置和他刺傷牛犢“阿庇斯”的位置在同一處。最後，岡比西斯二世因為骨頭壞死，大腿潰爛，死在了回波斯的途中。
古希臘曆史學家希羅多德的記載得到其他一些古典作家的認同，近代描述岡比西斯二世死亡謎團的說法，也采用了希羅多德的記述，不過神牛“阿庇斯”報複的神話成分被剔除了。
第三，岡比西斯二世死於他殺。
還有一些學者認為，岡比西斯二世其實是死於他殺。有學者指出岡比西斯二世是被瑪高斯僧人所殺，也有的認為岡比西斯二世是軍中陰謀的犧牲品。
除了以上三種說法，人們在波斯國的一處岩壁上發現了一段銘文，銘文和岡比西斯二世的死有很大的關係。學者們依據銘文的意思做出了三種解釋。
第一種為“自殺”。這種說法出現於上個世紀末期，波斯祭司高墨達篡位後，岡比西斯二世在絕望中自殺。
第二種為“自然死亡”。這種說法是德國學者蘇爾茲提出的。他在討論岡比西斯二世死亡原因的論文中，引用了20種印歐語資料，最終得出的結論是岡比西斯二世為自然死亡。
第三種為“自死”。持有這種說法的學者將岩壁的銘文同阿卡德、埃蘭異文相對照，得出的結論是：岩壁中的波斯文表示岡比西斯二世“自死而死”。這與“自殺”和“自然死亡”兩種說法有著天壤之別，因為在波斯文中“自死而死”與“自殺”、“自然死亡”是不同的意思。
岡比西斯二世的死亡原因是學者們討論的一個最大熱點，同時人們對於岡比西斯二世的死亡地點也有著很多的猜測。根據古代作家的記述，岡比西斯二世因胯股受傷死於巴比倫；作家普林尼的《自然史》記載，岡比西斯二世死於米底的阿格巴坦那城；也有學者認為岡比西斯二世死在大馬士革；史學家希羅多德表示，岡比西斯二世在死前的時候詢問他所在的城市名字，人們告訴他是在“阿格巴坦那”。
但近代專家考證，古代的敘利亞並沒有關於這個城市的記載，所以他們懷疑岡比西斯二世是死在敘利亞的某個小山村中。
關於岡比西斯二世的死有著太多的傳聞，有的甚至被加上了一些神話的色彩。人們至今無法給出岡比西斯二世死因的確切答案。不僅如此，連岡比西斯二世的死亡地點也沒有弄清。岡比西斯二世的死亡之謎沉沒在曆史長河中，隨著學者們的探索，可能有一日會將岡比西斯二世的死因揭示出來。