林肯在去劇院之前曾說起自己有種不祥的預感，還特別要求埃克特陸軍上校擔任自己的警衛。但是，作戰部長卻謊稱埃克特上校當晚要執行別的任務而改派他人。之後，人們調查得知，埃克特上校在林肯被害的晚上，一直在家裏待著，根本沒有執行什麼任務。那麼，我們不得不問，堂堂作戰部長為什麼要說謊呢？據說，作戰部長後來委派的那個叫作布萊恩的人，一直圖謀劃不軌，熟悉他的人對他的印象都不好，那作戰部長為何還要讓他去保衛總統呢？
還有，在事後追捕凶手時，並不是把凶手活捉，而是用了一個“不知道情況的人”把約翰·布斯“誤殺”了。是誰開槍打死了凶手？這個人是接受了誰的命令，如此大的膽子把謀殺總統的人直接槍斃了？這不得不讓人想到殺人滅口。更令人奇怪的是，在之後的凶手緝拿報告中，人們發現上麵赫然寫著：凶手畏罪自殺。凶手死了，人們頭腦中所有問題的唯一解答者就那樣死了，林肯遭槍殺的線索自然也就斷了，謀殺案也就成了一樁懸案。
之後，許多資料對林肯遇刺做了披露。資料中證實，林肯在遇刺前對自己被害有了預感。如果這資料是真的，那麼是不是林肯已經覺察到了什麼針對他的陰謀呢？這種猜測也不是不可能。自林肯上台時起，針對他的各種謀殺計劃就已經在進行著。
林肯在任時，由於經常發生恐嚇事件，周圍的人非常擔心他的安全問題，他們經常提醒林肯要小心。麵對這一切，林肯總是表現得滿不在乎，但似乎心裏也早有提防。據說，林肯被暗殺的那天早上，他與副總統安德魯·約翰遜突然冰釋前嫌，人們覺得他似乎已經知道自己大限到了。就在林肯遇刺的當天傍晚，他與陸軍部長談完公事，突然對隨從說：“克魯克，我覺得有人要謀殺我，你知道嗎？”在場的人聽到他的話後大吃一驚，因為平時林肯並不太關心這類問題，每當有人告誡他要注意自己的安全時，他總是滿不在乎地一笑，但是這次他一反常態，相當嚴肅地主動提出來，並且還自言自語：“我確信，他們一定會這麼幹的。”
當時，聯邦軍事法庭判定凶手約翰·布斯與其他8名同夥共同策劃了這次暗殺，除約翰·布斯被公布自殺外，其餘8名中的4人判處絞刑，另外4人被判罰苦役。但是，社會各界對此產生了大量的推測，大家都覺得這些人的背後一定有位幕後策劃者，而且這個人隻有約翰·布斯知道。要不然，約翰·布斯也不會落得自殺的下場。
究竟誰是這次暗殺行動的幕後策劃者呢？有一些人認為，當時的副總統約翰遜可能出於某種原因參與策劃了此事。有的曆史學家認為，幕後策劃人應該是當時陸軍部情報機構的負責人拉斐特·貝克，因為他在組織追捕凶手時打死了約翰·布斯。而大多數人則推測，幕後黑手一定是陸軍部長斯坦頓，他對林肯的重建政策不滿，一定是為了共和黨激進派的利益而策劃了這次暗殺。甚至，還有一些作家有更離奇的說法，他們認為在追捕凶手的過程中被擊斃的不是約翰·布斯，而隻是與他長得十分像的人，幕後指使者已經把約翰·布斯秘密藏了起來。
當然，上麵的種種說法隻是人們的猜測而已，並沒有確切有力的證據。現在，最令人遺憾的是，找出問題答案的希望越來越渺茫了，因為林肯的兒子也已經離開了人世，他在去世前已經把父親的一些私人文件全部銷毀了。他說，那些文件中有內閣成員犯有叛國罪的證據。如果他的說法屬實的話，那麼林肯在死前就已經知道內閣中一些人的秘密，他被殺很可能就是某些人為了自己的利益而策劃的一場政治陰謀。