深淵和世紀係統，彼此對立，是這個多元宇宙誕生時就誕生了的，目前為止整個多元宇宙最高位的存在。
世紀係統，相對於深淵，是類似於“有”的概念的代表一般的存在。它的使命是讓這個多元宇宙維持著正常的存在——換而言之，就是保持世界本身的存在。最初，世紀係統以自身介入世界，對抗深淵的入侵，效果卓著，但也有對於虛空影響較大等弊端，以及係統本身受損，導致多元宇宙直接崩解的風險。
隨著時間的推移，深淵入侵的規模不斷地擴大，同時虛空之中孕育出的世界也越來越多，世紀係統分身乏術，出於這一原因，以及自身安全的需要，它設置了“CODE”這一代行者職位，通過將無數世界劃分進大量的彼此區分，但也有重疊部分的分區之中，交由CODE來代行係統的行動。
世紀係統內部運營有足以維持CODE生活和休息的各個區域，但是似乎是出於安全性的考慮，在係統內部，CODE無法會麵和交互。
世紀係統為每個CODE提供必要的量產型裝置、技術，訓練設施和格納空間，以及改造和建造服務，並且將CODE自己獲得的技術加持成在所有世界都能通用的，獨立於世界的科技樹。在CODE滿足特定條件的情況下，還可以為CODE提供名為“領地”的獨立後勤世界。領地在世紀係統的完全保護下，永遠不會受到深淵的威脅，但是作為交換，則需要盡力支持CODE的行動。
據說世紀係統本身並不關心世界內部是和平還是戰爭等狀態，是一個冷漠武器的家夥，但是隨著時間的推移，最近越來越像是一個普通的、有感性的意識了，因此越來越受到了CODE們的好感。也因為如此，世紀係統最近似乎偶爾會做出一些出格的舉動。
根據CODE任務結束後根據世界線變動水平來提高獎勵的現象來看，也許世紀係統的能量來源是世界之間距離變化或是世界本身變化又或者是世界線變動而從無盡虛空中得到的能量也說不定。
深淵，也是誕生自多元宇宙誕生的那一刻的存在，但是相對於世紀係統，它似乎是混亂、邪惡且充滿了破壞欲望和傾向的家夥——甚至於這玩意究竟能不能算生物也是個謎。它們平時完全無法觀測（但是世紀係統似乎有模糊的感知能力，從而針對性的前往世界與之對抗），但是當它們想要侵蝕和破壞世界，卻必須依附在一個實體上才能開始。
以往的CODE一直沒有找到深淵的活動模式，但最近新晉的機戰區CODE似乎對此有所發現。
深淵首先會寄生於世界內某實體，其總數一般為一個，大多數情況下，進行侵蝕的深淵數量都是一到三個。它們會傾向於寄生在有野心或是破壞欲望又或者是其他什麼負麵情緒，同時又可以為之采取任何行動的個體身上。它們會強化宿主的這一傾向，但此時宿主依然抱有意識，深淵本身也處於沒有活性的狀態。有少數報告表示深淵也會寄生於非生命體，並且在接觸到合適的生命體個體之後轉移到其身上。
在經過一段時間的寄生潛伏後，深淵會真正的活性化——這一般需要一個契機，常見的是宿主的惡性欲望高度爆發——它會化為蠕動的黑色不明物質，將它所觸及的所有東西都化為這種物質。此時其宿主將失去意識，僅保留大體的形體。
由於不明的原因，它在侵蝕任何有破壞力的裝置（譬如艦船、MS）後，依然會保留其大致形態，並利用（或是擬態？）其原有武器進行攻擊——這一情況下此裝置的防護力和破壞力都將有著飛躍性的提升。
然而，實體化的深淵是目前可見唯一有效的可被攻擊的狀態，因此世紀係統和CODE主要對抗的也是這一形態的深淵。由於深淵感染體的高強度和高破壞力，一般用於對抗深淵的武力也是高度精英化的。
深淵在這一階段後，將會開始快速的擴張階段，當世界的物質被侵蝕率達到一定水平後，似乎有可能導致CODE與係統之間的聯係斷開；隨著侵蝕率進一步提高，很快就會達到“世紀係統判定難以挽救或者無法挽救”的狀態，也就是“淪陷區”。
當侵蝕率達到100%後，世界似乎會在更高層麵上開始受到破壞。這一狀態的世界是完全沒有可能修複的，因此世紀係統會動用自己的力量將這樣的世界直接從根本上毀滅——這同時也是毀滅一個世界內的深淵的最終手段。
有猜測表示深淵退行會侵蝕前物質是可行的，但是目前為止還沒有成功的研究成果；也有猜測表示深淵有可能可以成為與世紀係統不再對立的無害存在，但由於該提案過於危險，且難度過高，目前為止沒有進行過任何的相關研究和試驗。