現在問題焦點就在築長堤上，至於在河的兩岸築堤與塞決同時進行，遙堤與縷堤相結合，這些方法自然正確。但在是否重築高家堰一事上，朝廷上下起了爭執，張居正也拿不定主張。這高家堰在修建當初是為了防止淮水東潰，危害淮揚段運河，現在重新修建，在原有的基礎上要擴建延長很多，全麵截斷淮河東去之水。建成後的高家堰除了當初的功能外，還要起到蓄淮河之水刷黃的作用。
眾人擔心高家堰一築，淮水上遊水勢必漲，而洪澤湖西側的會泗州和祖陵地勢低窪，必然會被淹沒。張居正同樣也有如此憂慮，但潘季馴的解釋聽起來也有道理，他是這樣說的：“清口瘀堵是在高家堰決堤之後，清口塞而後海口湮，海口湮而後淮河上遊河水積蓄滯流。因此泗州一帶的大水並非由高家堰引起的，而是由於河道及入海口不暢而引起的。
張居正將信將疑，但想到當前燃眉之急是全麵疏通運河保證正常漕運，築高家堰是否對泗州和祖陵有影響暫且不說，但這高家堰修竣後對運河益處明顯，確實能保障淮揚一帶的運河安全。於是，張居正心一橫，就批準了潘季馴的請求。
此次治河工程規模浩大，前無古人，施工戰線長達幾百裏。為此。潘季馴將整個工程劃分為八個施工段，分別由八名河道官員分段包幹督理。這八個施工段分別是：徐州北岸自呂梁洪至邳州直河止一帶的七十裏遙堤工程；自桃源縣古城以下六十裏遙堤工程，包括堵塞界內缺口，以及建陵城滾水壩一座；桃源界至清河獾墩止六十裏遙堤，並塞界內決口及建安娘城滾水壩一座；徐州南岸玄黃二鋪月堤並靈睢界內遙堤五十餘裏，以及建磨臍溝滾水壩一座；睢寧內遙堤四十 餘裏，並築歸仁集堤三十五裏；修複淮安板閘至新莊閘共四座，修築裏河西堤並新城北一帶幫助新舊堤，以及塞堵黃埔口；建築高家堰大堤中段，塞天妃閘朱家口，開複通濟閘，修築趙家口迤西堤岸，修複仁義等五壩；修築寶應一帶土石堤，並建減水閘及挑浚揚州至儀真一帶河道。
同時，張居正從全國河道水利官員中抽出八名精幹力量，分別負責各個河段。任命儀式剛結束，卻有兩人跳了出來，公開反對潘季馴的治河工程，這兩個人就是負責淮安段的水利道僉事楊化和徐州段負責人林紹。
林紹是鳳陽府人，現任徐州道副使，他少年生長在淮河岸邊，親眼目睹和感受到了淮河泛濫給老百姓造成的災害。現在潘季馴要重建高家堰，截斷淮河東流之水蓄清刷黃，在他看來這將是淮河流域一帶百姓的災難。因此，他寫了一份彈劾潘季馴的奏疏，第一個跳起來反對潘季馴。
水利道僉事楊化，河南永年縣人，萬曆初年考取功名，第一份工作就是出任泗州知州，後升任河南按察司，兼管水利道僉事。楊化是一位年輕有為、愛民如子的好官，他敏銳地意識到目前形勢對泗州非常不利，如果高家堰修築完工，估計第一遭殃的就是這泗州城。楊化對泗州懷有深厚的感情，因此心情與林紹一樣，為了淮河兩岸的黎民百姓，不惜官位和性命公開站出來與大人物叫板。
聽說有人彈劾自己，潘季馴感到非常震驚，生怕形勢有變，他馬上奏上名為《備陳議河始末疏》的長篇疏文，對林紹等人的言行進行了嚴厲的駁斥。他還說，工程在計劃之初就為祖陵和泗州的安全做了考慮，修築歸仁堤就是防止黃水侵泛泗州一帶。現在萬事具備，一聲令下便可以全麵開工，時局已不允許首輔張居正有其它想法，為了表明自己的態度，張居正馬上下令革了林紹、楊化等人的職，並讓錦衣衛將他們秘密逮捕帶回京城進行拷詢。
對於張居正和潘季馴來說，這隻是個小插曲，火苗被及時撲滅，林紹、楊化等人之事被沒有造成多大的影響。得到了朝廷的全力支持，潘季馴重新對人員進行及時調整，整個工程基本沒有受到影響，一切按照計劃進行。
此事過後，朝廷上下再也沒有人敢提出反對意見了，歌功頌德進行奉承的論調漸起。身在吏部做考功郎的戚傑也在為潘季馴的宏偉治河工程叫好，可是得知林紹、楊化之事後，他不由地大吃一驚，並在心中暗下決心，一定將這兩個人營救出來！