繼潘祖之後，眾推宿慶祥領幫行運，幫隔數代後，乃至青鹹豐四年，太平天國之亂，皇糧遭毀，無法承運糧務，至此後，青幫主要經濟命脈斷絕，後至青光緒十二年，一百二十八幫半，僅餘六大幫頭，而最後這六幫，接續傳承家運，至光緒二十七年民運改為官運，不再行運江河，昔日千船萬旗大江飄的景象，從此之後正式走出曆史，指為糧船不開，雀杆不點頭，因此後期的青幫弟子，均在陸上行走四方，又稱為旱碼頭入會。
有人認為，青幫是洪門的一支派，其實不然，但確有傳說翁、錢二位祖師均乃洪門/天地會會員，且創幫之始，很多成員出身洪門也甚有可能。
行政組織：青幫主要以四庵六部作為行政管理中樞，所謂的庵，是依祖師而立的講學堂與中央行政部門，相當於現在的府院,分別為朱寺庵、劉寺庵、黃寺庵、石室庵，這四個庵室，共通的部分便是羅祖教義傳授，其餘的則依祖師專長不同，而有所不同，朱寺庵的主講師為翁祖，講授的內容為禪學(臨濟宗派），以及武學（少林武學），此外下司轄兵部與刑部。劉寺庵主講師為錢祖，講授的則為經商交易之道與財務管理，並 為工部之直轄主管機關。
黃寺庵主講師為潘祖，傳授行運管理學論，教授古聖賢之道，且直接司轄史部與戶部。石寺庵則為小爺仙逝後創立，主講者為宿領幫，講授幫規，授予新進人員義氣千秋，及江湖禮節，可以說是職前訓練所，另為禮部之直轄主管機關。
六部指的是吏部、禮部、戶部、工部、兵部、刑部。 這六部最初的主管，現在已不可考：
吏部專門編纂幫中大小事務，編寫青幫史書，並將史書置於杭州家廟蔵經閣樓上，此外除了史書的工作之外，亦負責抄經管理羅祖書籍與家譜，然不幸的是鹹豐四年太平天國之亂，杭州家廟遭太平軍焚毀，以至於文件史料無存。
戶部則負責管理人員，是青幫相當重要的人事主管部門，舉凡拜帖進家，人員晉升，各方師父，均需投書予戶部，由戶部詳列人員青冊之中，最後年終綜整後交予吏部，謄入家譜。
禮部則主管規矩儀注之訂定與考核人員禮儀，並於每次開香堂時，主持規劃與邀請各方老大到場，同時亦負責審核人員進家之三幫九代是否合乎規矩禮法，並於香堂設立時擔任執堂師一職。
工部則責於各項幫中工程，如造船，維修，後勤補給，香堂搭設等工作，是青幫效率挺高的工兵小組，所有各幫維修人員，均為工部管理，並接受一般民眾委任修船及其它建設工作。此外工部亦為青幫的基本會計部門，全幫所得計算與管理均為工部之責，青算後呈報劉寺庵。
兵部則為遇外敵時，統籌規劃作戰之部門；青幫弟子在外，難免與其他會社起些衝突，當衝突無法解決時，會先派出談判小組，這各幫的談判小組，歸兵部管理，當事情仍無法解決有可能發生戰爭時，談判小組會將問題回報與兵部，兵部則開始調動可用人力，實施戰鬥準備。香堂開設時，每香堂的左右護法，則由兵部派立。
刑部則為青幫的執法單位，當門下弟子犯有幫規時，各方師父會依情節輕重，回報予刑部，最後由刑部設立刑部香堂，對不肖弟子實行懲處。另外，不論開立何種香堂，門外與門內的巡堂師（內外刑堂），則由刑部派立。
派係劃分：其中又分為兩派，一是主幫，由浙東溫州、台州人組成；一為客幫，由皖北、江北人組成，又稱巢湖幫。
幫內有幫規儀式，有輩分區別，按輩分收徒，長期在運河漕運中保持封建行幫地位，要求其成員“幫喪助婚，濟困扶危”，從而贏得廣大糧船水手和下層群眾的擁護。後因漕糧改由海運，糧船水手大多失業，遂在上海、天津等地和長江下遊其他通商口岸流為遊民幫會，以“密行販鹽，或以偷稅為業”。
其成員也日益複雜化，除破產農民、失業手工業者和流氓無產者之外，不少被裁革的兵勇也加入其中，也有少數地主士紳參加，在社會下層聯係廣泛。辛亥革命時期，青幫在上海成立“中華共進會”。1913年受雇於袁世凱，刺殺了宋教仁。1920～1930年，其勢力迅速發展，有仁社、榮社、恒社、興中學會、江北幫五大派係，主要人物有黃金榮、杜月笙、張嘯林，稱三大亨。一些青幫頭目勾結軍閥政客，廣收門徒，霸占一方，開設賭場妓院，販運毒品，綁票勒索，坐地分贓；有的利用搜刮來的巨額資財投資工商業。這些人氣焰囂張，橫行不法，為害地方。張嘯林的五十大壽，黃金榮建造的黃家花園（今上海桂林公園）落成和杜月笙修建杜氏家祠，竟成為當時轟動上海的“盛典”。1927年為蔣介石利用，參與四一二反革命大屠殺，將上海總工會委員長汪壽華騙到杜月笙家中加以殺害，並指使流氓冒充工人，從租界出發向上海工人糾察隊發動進攻。抗日戰爭期間，日本特務機關也利用青幫組織進行漢奸活動。