因為不爭氣的部下貪吃了幾口柿子，孫傳庭在郟縣大敗而歸，回到陝西之後痛定思痛，一方麵決心嚴守潼關，扼守京師上遊，為明政府保留最後一方淨土，一方麵總結柿園之戰失敗的教訓，招募勇士，操練新兵，為了補充嚴重不足的軍力，已經達到了“三家出壯丁一”的嚴苛程度。
同時大規模屯田，積攢軍糧，同時修整武器裝備。針對李自成騎兵眾多而且精銳善戰的特點，孫傳庭特意趕造了三萬輛火車，上麵裝載著火炮等器械，平時休息就以大車環繞作為營寨防守，對戰時就放在隊伍前麵作為拒馬抵擋李自成的騎兵快速衝鋒。
此時的孫傳庭恨不得自己有三頭六臂，趕緊整頓軍備以便和李自成一決雌雄，因此心情很迫切，“督工苛急，夜以繼日”。此時的陝西大地連年戰亂，又頻造饑荒，怎麼可能有多餘的糧食來供養大軍？屯田大計也不可能一兩年就見效，於是孫傳庭那雙焦灼的眼睛就盯上了此時的官紳富戶。
孫傳庭勒令這些吃的腦滿腸肥的土豪助餉，引起這些視流寇為洪水猛獸的土豪們的激烈反應，於是在北京的陝西籍士大夫紛紛詆毀孫傳庭無所事事、玩寇自重，屢次上疏朝廷要求以江山社稷為重，趕緊出關作戰。同時威脅孫傳庭說，你再不出關作戰，皇帝就要派人抓你來了！
不是被嚇大的孫傳庭埋頭做事，於崇禎十六年五月被任命兼督河南、四川軍務，不久又被提拔為兵部尚書，改稱督師，加督山西、湖廣、貴州及江南、北軍務，賜尚方寶劍。
看著位高權重，可是這些地方都是流寇肆虐的地方，具體來說就是李自成、張獻忠率領幾十萬大軍來回旅遊的地方，東西縱橫數千裏，孫傳庭就是變身孫大聖也不可能顧及這麼多疆域吧？
崇禎皇帝不管這些，升了你的官就得聽我的話，管你手下士卒是不是新近招募的，管你有沒有備足軍械糧餉，李自成的百萬大軍我就當沒看見。屢次派人催促孫傳庭出關作戰，此時朝中不是每個人都像崇禎這麼混蛋的，兵部尚書馮元飆就力主不可輕易出戰。
前麵的傅宗龍和汪喬年不就是這麼被崇禎玩死的嗎？兩個大臣固然可惜，丟棄的輜重馬騾固然可惜，更要命的是秦軍百戰百勝、一往無前的士氣被喪送掉了，這些都不是短時間拿錢堆得起來的，何況現在政府手裏也沒錢。
馮元飆此時也是形勢所迫，被崇禎皇帝的愚笨逼的真發飆了，在金鑾殿毫不客氣地說，如果非要逼著孫傳庭出師，請先把我關進大牢裏，如果依仗天威孫傳庭真的勝了，就拿我的人頭作為慶功賀禮。
中允（官職名，正六品）劉理順也給孫傳庭寫信告誡他，此次出關不僅僅是陝西、河南之事，而是關乎大明王朝江山社稷的成敗之舉，“係天下之安危”，如同一個得了重症的病人，用藥出不得一點差錯。因此必須兵力雄厚，糧餉充足，紀律嚴明，士氣高漲，更重要的是事權統一，如此才能立於不敗之地，“斷不可不動出萬全，而微幸於不可知之兩陣間也。”
說的都很有道理，尤其是馮元飆以兵部尚書之重而以項上頭顱維護孫傳庭，真的是很有擔當的領導風範，惜乎崇禎不能用！等到孫傳庭出關的時候，馮元飆堅決要求辭職，崇禎皇帝做足了表麵功夫，又是賜瓜果等好吃的，又是派遣太醫看病。
但是馮元飆態度很堅決，不聽我的建議，光給我在這演戲有個P用？大明江山會因為崇禎皇帝是個好演員而不崩塌嗎？“用其人而不從其言”，失敗了我還得背責任，今天吃西瓜，明天掉腦袋的事我才不幹！“請益堅”，最終崇禎皇帝還是允許了他辭職了。
馮元飆辭職表麵原因是因為他得了重病，不得不休息，其實他患的是心病，因為孫傳庭於崇禎十六年八月十日出潼關作戰了。
孫傳庭是帶著必死的決心出戰的，上麵有領導的頻繁催促，下麵有地方士紳的諷刺脅迫，不得不憤而出師，“吾固知往而不返也。然大丈夫豈能再對獄吏乎！”孫傳庭知道自己不得崇禎待見，否則當年就不會在牢裏吃上三年牢飯，此時若不出戰，坐牢都是輕的，你信不信禦賜的尚方寶劍砍不了別人，先落到自己頭上？
於是令總兵牛成虎、副總兵盧光祖為先鋒，從靈寶出發先赴洛陽彙合河南總兵卜從善、陳永福，以副總兵高傑部為中軍，以總兵王定和官撫民率領延綏、寧縣兵為後勁，薊遼總兵白廣恩統帥精銳的火車營和四川總兵秦翼明也一同進剿，又命令逃跑大將軍左良玉從九江北上夾攻汝寧。