話說在追剿太平軍、嘉應州攻堅的曆次戰鬥中，記名提督龔繼昌身先士卒，砍掉了不少太平軍的腦袋，甚為勇猛，戰功卓著。
同治四年（1865）十月初一，朝廷嘉獎龔繼昌，一天之內連下四道聖旨，贈封其三代一品（曾祖龔世欽、祖父龔子灝、父親龔敏成及高祖母、祖母、母親為誥命一品夫人），妻子戴氏也為誥命一品夫人。龔繼昌可謂是光宗耀祖、揚眉吐氣了。
龔繼昌原以為太平軍被鎮壓下去，可以歸家歇息了。哪知道，貴州的鹹同起義苗軍仍然強勁。
同治六年（1867）冬，清政府詔命罷免援黔省的各統帥，令席寶田集合精毅營舊部入黔，並總統援黔各軍平苗。席寶田又點名龔繼昌鎮守沅州，沒有辦法，閑賦在家的龔繼昌隻好奉命，再次扛起大刀奔赴沅州任所，開始了長達五年的平苗征戰。龔繼昌曆經大小數百戰，攻占苗寨無數。
一到沅州，苗軍就從會同攻打龔繼昌的守軍，龔繼昌率部一舉擊退了苗軍，從廣平進入貴州，合力攻克了寨頭，乘勢攻占了頗洞、德明、台綱、台笠等苗軍據點，協助其他三路清軍作戰。
在圍剿黎平府的曆次戰鬥中，龔繼昌陣斬苗軍首領桂金保等，殺苗軍近萬人，清廷於同治七年（1868）四月，因功正式提撥龔繼昌為提督銜，賜號額騰依巴魯圖，其後繼續征戰貴州。
同治八年（1869）年5月3日，以記名提督榮維善為前鋒的五隊湘軍一萬餘人在黃飄被苗軍伏擊，幾乎全軍覆沒，榮維善、黃潤昌、鄧子垣等戰死，僅蘇元春率數千殘兵逃出重圍。榮維善一死，龔繼昌遂成為最智勇的戰將，席寶田任命其為總理精毅營全軍營務，節製諸將。
因為榮維善的戰死對席寶田打擊很大，不久他就中風，手腳有點癱瘓了，隻好向朝廷請病假，回家休養。臨走的時候，全權委托龔繼昌代理平苗一切軍務。
同治十年（1871）春，龔繼昌做了精毅營的臨時總指揮之後，加快了進攻的速度，仍采用“雕剿”打擊苗軍有生力量，第一個目標就是打擊九大白的苗軍。
施洞口位於清水江南岸，是鎮遠入台拱的要隘。苗軍首領九大白和報南燒率部堅守施洞口，張秀眉和潘老冒也率部前來助守。
湘軍占據清水江北岸的金鍾山，幾次搶渡清水江，都被勇猛的苗軍擊退。施洞口易守難攻，龔繼昌命令用火炮摧毀了起義軍的防禦工事，推進到了洞前數百米的地方。苗軍依托茂密的樹林和陡峭的地勢做依托，一時間山上滾木檑石如雨傾下，鳥槍、土炮、弓箭一齊施放，湘軍付出了慘重代價。
龔繼昌大怒，命令部下不斷使用火炮猛烈、火槍、火箭，以絕對優勢火力壓製對方，將苗軍趕進了洞內。可是，退至洞內的苗軍仍然頑強抵抗，湘軍在不斷倒下。
龔繼昌急得直冒汗，問計祝榮楚：“老弟，怎麼辦啊？”
祝榮楚看了看，手一揮：“還能夠怎麼著？還記得在祝家坊燒蜂麼？”
龔繼昌笑道：“當然記得，煙子一熏，蜂子就暈了，抓現成的。”
祝榮楚道：“這不就對路了，我們用熏蜂子的辦法來對付苗軍。砍樹，火攻吧！”
龔繼昌詭異笑道：“這麼殘忍的法子就你想得出。傳我命令，砍樹，堆在洞口前，熏死他們！”
於是湘軍就砍伐了大量的樹木，堆積在施洞口前麵，點上火，不一會，濃煙滾滾，順著風勢吹響了洞內。在裏麵的數千義軍被熏得眼淚鼻涕直流，憋不住了，隻好冒死往外突圍。