武昌的守軍聽到甘卓即將南下的消息大為驚慌，一方麵倉促加強城防，一方麵急報前線王敦。王敦聽到消息後，也是心驚肉跳，立即命令王含固守武昌。
司馬睿聽到此個消息後，大喜過望，立即下詔加封甘卓為鎮南大將軍，侍中，都督荊州、梁州諸軍事，荊州牧。陶侃為廣州刺史、平南將軍，都督交、廣二州軍事，兼領江州刺史。形勢朝著朝廷的方麵好轉。
此時身在建康的王導，又怎麼樣呢？真是如坐針氈，命懸一線。隻能領著自己的堂弟，中領軍王邃、右衛將軍王廙，王廙的弟弟王彬，被王敦所害王棱的弟弟王侃等王氏家族20多人，每天早晨站在皇宮外麵等候處罰。
顧榮很關心王導，但又怕說錯話受到牽連，就對司馬睿說道：“王光祿遠避流言，陛下處在灰塵蒙眼，路不好走的道上，臣下感到不安，不知道陛下起居怎麼樣？”這是他間接地給王導說好話。
有天早上，尚書周豈入朝辦事，王導在宮前向他呼喊：“伯仁，我一家老小100餘口的性命，都交給你了。”周豈連看都不看王導一眼，徑直進宮。
周豈進宮以後，竭力在元帝麵前說王導的忠誠。此時的司馬睿也很糾結，是與王氏徹底決裂斬盡殺絕呢？還是對王氏家族分別對待？周豈在宮中與司馬睿喝得酩酊大醉，搖搖晃晃地出了宮門。
而此時的王導一家還在宮門外苦苦等待，心如油煎。王導再次可憐地向周豈問詢：“伯仁啊，不知我家的事怎麼樣了？”
然而，周豈還像沒有聽見，不予理睬。王導看到原來要好的朋友，竟然翻臉不認人，暗暗咬牙切齒。周豈回到家中，仍然擔心元帝對王氏的態度會動搖，於是又給司馬睿寫上奏疏，言辭懇切地說明王導的無辜，請求司馬睿在王敦與王導之間劃清界限，不要牽連所有的王氏子弟。
司馬睿這才打消對王導的疑慮，命人送還王導的官服，並於宮中召見。
王導跪地叩首，流著淚說道：“逆臣賊子，有何麵目來見陛下。實在沒有想到，王家竟出如此的逆臣。”
司馬睿急忙下座，光著腳走到王導身邊，扶起王導，安撫道：“王敦是王敦，你是你，我相信你和我永遠是兄弟。”
永昌元年（312年）四月，元帝下詔，以王導為前部大都督，以戴淵為車騎將軍，共討王敦。同時，又下令征虜將軍周劄守建康石頭城，以劉隗統兵守金城。元帝身穿甲胄，親自出城巡視諸軍，表示禦駕親征的決心。
王敦這邊，他所派遣的南蠻校尉魏乂已經逼近了湘州刺史司馬承的治所——長沙。當時長沙的城牆修建尚未完工，糧草也十分缺乏。聽到王敦大軍所至，人心惶惶。司馬承的手下建議不如南逃到零陵郡或者桂陽郡，好避魏乂的銳氣。
司馬承大聲答道：“我奉天子命令舉起義旗，就是要以死報國，怎能苟且偷生，做望風而逃的敗將？即使不能成功，也要讓天下人知道我的忠心。”