這場內亂讓東晉喪失了短期內北伐的基礎，讓偏安江東逐漸成為現實。荊州作為揚州的上遊，又是北伐的出發點，重兵多集結於此。後世的世族常仿效王敦，先掌握荊州的權力，然後與東晉朝廷分庭抗禮。
元帝司馬睿內迫叛臣，外逼強寇，雖然名為江東天子，實際上號令不出宮門。麵對跋扈的王敦，元帝無可奈何，遂憂憤成疾，臥床不起，在彌留之際召入王導，囑授遺詔，叫他輔佐太子司馬紹即位。元帝在位5年，年僅47歲（323年）。
元帝的太子司馬紹即皇帝位，是為明帝，當時司馬紹年僅24歲。司馬紹被立為太子，還是有一番曲折的。司馬睿還是琅邪王的時候，納妃虞孟氏，沒有生下兒子，而司馬睿一個地位低下的宮人荀氏卻為司馬睿生下司馬紹和司馬裒，兄弟二人都由虞孟母撫養。
司馬紹在年少的時候，深得司馬睿的喜愛。有一次司馬紹坐在司馬睿的膝前，正巧長安來了使者，司馬睿問兒子，太陽與長安哪個距離遠。司馬紹回答長安近，因為沒有聽說過人從太陽那裏來。
第二天，司馬睿與大臣宴飲，司馬睿為了顯示自己兒子的才能，當眾又問司馬紹同樣的問題，這次司馬紹卻回答太陽近。聽到與昨天截然相反的回答，司馬睿不禁大驚，忙問怎麼和昨天的不一樣呢？
司馬紹回答：“抬起頭來就能看到太陽，卻看不到長安，所以說太陽近。”
但是過了幾年，司馬紹逐漸失去了對司馬睿的寵愛，更想立同母的弟弟司馬裒，隻是在王導的勸說下，才勉強立司馬紹為太子。
司馬睿登基之後，寵愛鄭夫人，因而十分寵愛自己的小兒子司馬昱，打算廢掉司馬紹另立司馬昱為太子。以周豈和王導為首的朝廷大臣都認為廢長立少是錯誤的，況且司馬紹聰明睿智，絕不能換。而刁協卻迎合司馬睿的意思，支持立司馬昱。
司馬睿本來想直接下詔改立太子，卻又擔心周豈和王導反對，於是就以商量軍國大事為由，將王導、周豈、刁協等重臣召入宮中。
當王導、周豈剛進宮門的時候，有宦官傳話，先到東廂房休息。原來司馬睿想趁著二位滯留宮中之機，讓刁協傳達詔書。周豈還不明白，正準備走下台階休息，可王導卻猜透司馬睿打的什麼算盤。他一把推開傳達命令的宦官，直接走到司馬睿的禦床前質問司馬睿。
司馬睿心裏有鬼，被問得啞口無言，隻得從懷中取出寫好的詔書，狠狠地擲到一邊。自此，司馬睿才不再提另立儲君的事了。周豈稱讚王導說：“我經常說比你能力強，經過今天這事，才知道真不如你。”
曆經種種曲折，方才繼承大統之位的年輕君主，一即位，就麵臨著強臣王敦在自己肘腑的危險情形。司馬紹卻采取了一種讓別人匪夷所思的辦法，特許王敦上表奏章的時候，不用署名，入朝晉見皇帝的時候，不用快步小跑，上殿的時候，不用解下佩劍，脫下木屐。另外，還給王敦加黃鉞、班劍，這些都是皇家依仗，隻有皇帝才能享有的待遇。