於是，葉武聽了爺爺的話，率領水軍截住了孫恩陸軍的退路和糧道，沿途襲擾。孫恩的水軍既敗，陸軍又被斷了後路，在葉楓、劉牢之、劉裕的三路攻擊下，隻能撤回海島，再作打算。
這時候的東晉，還是一片混亂，內憂外患之中，內憂比外患還要嚴重。孫恩叛亂，始終剿滅不掉，還有愈演愈烈之勢。而一些方鎮世家大族，也看到東晉朝廷孱弱，想舉兵造反，奪了朝廷的天下。
這時候的晉安帝司馬德宗，才是一個19歲的孩子，榮華富貴的環境下，話都說不利索，連春夏秋冬都分不清楚，分明是一個長不大的孩子，哪能有什麼出息。朝廷的大事，全憑著權臣會稽王司馬道子和其子司馬元顯主持。
401年的桓玄，已經32歲了，正是當立之年。他長得相貌奇偉，神態爽朗，博通藝術，也寫得一手好文章，對自己的才能和門第頗為自負，總認為自己是當世的英雄豪傑，當堂堂立於東晉眾位方鎮之上。
然而，由於父親桓溫晚年有篡位的跡象，所以朝廷一直對他懷有深深的戒心，而不敢重用。23歲的時候，他才被認命為太子洗馬，幾年後，才出任義興太守，頗覺得不得誌，曾經感歎：“父為九州伯，兒為五湖長。這樣的官不當也罷！”
於是棄官回到他的封地南郡（今湖北江陵）。途中經過建康，拜見執政的宰相司馬道子，司馬道子酒喝多了，當著眾人的麵對他說：“你的父親晚年想當賊，給你個太守你還不幹，想怎麼著？”
當時嚇得桓玄跪地流汗不起。從此以後，他恨死了司馬道子，深感到自己被晉廷疑忌，怕是一輩子不能重用，又上疏朝廷，說明自己冤枉，但奏書如石沉大海，杳無音訊。
桓玄住在南郡的治所，也就是屬荊州管轄的江陵。當時荊州刺史王忱處處跟桓玄過不去，想出種種辦法打壓他。392年王忱病死，晉孝武帝打算以王恭接任。桓玄心想，王恭勢大，要是他當了荊州刺史，自己更沒有出頭之日，當前之計，隻有找一個相當弱勢的人在荊州當家，自己才有施展的機會。
他選中了誰呢？選中的這個人就是和自己關係比較好的殷仲堪。
於是，桓玄派人入京去賄賂孝武帝所寵信的尼姑支妙音，讓孝武帝任命“書呆子”氣十足的黃門侍郎殷仲堪當荊州刺史，果然孝武帝聽從妙音尼姑的意見，以殷仲堪為荊州刺史。殷仲堪對桓玄十分敬怕，而桓玄憑借父親、叔叔常年治理荊州的威望，再加上殷仲堪的關係入主政治，親自為殷仲堪出謀劃策。
士民畏懼桓玄更甚於殷仲堪，而殷仲堪呢，更覺得離不開桓玄，對他言聽計從，而桓玄也要借助殷仲堪的軍力，處處取悅於他。
晉安帝隆安元年（397年），尚書仆射王國寶，倚仗會稽王司馬道子的權勢，畏懼青兗二州刺史王恭的軍力膨脹，尾大不掉，計劃削弱各方鎮。桓玄認為機會來了，削弱方鎮，不光牽扯到青充二州，當然也涉及到荊州。