關於努爾哈赤的死因，至今仍爭論不休。
史書上明確記載努爾哈赤的死因為“身患毒疽”，並沒有懸疑，但為什麼還會有爭議呢？
這主要是因為有人將努爾哈赤的死因與寧遠戰役聯係起來，認為所謂的“毒疽”其實就是外傷，努爾哈赤是在寧遠戰役中被明軍的紅夷大炮所傷，後來舊傷複發，導致死亡的，而一部分人對此提出質疑，這才產生了爭論。
努爾哈赤在寧遠戰役中受傷並最終死亡的說法產生的時間並不長，但卻深入人心，許多人都深信不疑，將其作為寧遠戰役的一大戰果和袁崇煥的一大戰功，不知道這種說法居然還有疑問。
這就是傳說中的偏聽偏信。
有必要將正反兩方麵的說法都讓讀者們知道。
事實上，這個說法僅僅是一個推論，做出這個推論的是兩位研究澳門曆史的專家，他們在《澳門與入關前的滿清》一文中提出，明軍使用的紅夷大炮是在澳門從紅頭發的葡萄牙人手中引入的，是一種比較先進的大炮，在寧遠戰役中，努爾哈赤對這一新式火器毫無思想準備，結果被大炮擊傷。
先說說這個推論的依據。
有三個方麵的史料可以支持個推論：
第一，朝鮮人李星齡所著的《春坡堂日月錄》中有努爾哈赤受傷的記載。努爾哈赤在寧遠之戰中不僅身受“重傷”，而且精神上也因失敗受到很大的創傷，整日悶悶不樂，在肉體和精神受到雙重創傷的情況下終於“懣恚而斃”。
第二，明朝的史籍中有擊傷後金重要人物的記載。《明熹宗實錄》中記載，明朝兵部尚書王永光的奏章和薊遼經略高第的奏報分別談到了大炮擊傷後金“酋子”“大頭目”的情況。明人張岱在《石匱書後集》中也提到紅夷大炮擊中了“黃龍幕”，傷一“裨王”。
第三，清代史籍對努爾哈赤的死因含糊其詞，仿佛是有意回避。
綜上所述可以大膽推論：努爾哈赤在寧遠攻城戰中被炮擊傷，回到沈陽後一直耿耿於懷，怒火中燒，導致傷口惡化，後來前往清河洗湯浴，致使傷口進一步惡化，終於引起並發症而死。
這個推論看似天衣無縫，其實存在不少漏洞。
清史專家李鴻彬提出兩點質疑：
第一，朝鮮人的記載不可信。《春坡堂日月錄》的說法來自袁崇煥身邊的朝鮮翻譯官韓瑗，既然他都知道努爾哈赤受了重傷，那麼袁崇煥就應該更加清楚。如果努爾哈赤真的受傷，那肯定是袁崇煥的一大戰功，袁崇煥在向朝廷報功時一定會大事渲染的，但是袁崇煥本人在報功的折奏裏並沒有提到努爾哈赤受傷之事，這說明袁崇煥不知道努爾哈赤受傷，既然連袁崇煥都不知道努爾哈赤受傷，作為翻譯官的韓瑗又怎麼可能知道呢？
第二，寧遠戰役後努爾哈赤活動頻繁，沒有受傷的跡象。努爾哈赤死在寧遠戰爭八個多月後，從後金方麵的史書中看不到努爾哈赤治病的記載，倒是能看到努爾哈赤八個月來上躥下跳，忙得不可開交。又是整軍備戰，又是遠行打獵，四月份還親率大軍攻打蒙古喀爾喀，六月份蒙古科爾沁部的鄂巴洪台吉來朝，他還親自遠出迎接，完全不像是受了重傷的樣子。