移宮案獲勝後，東林黨人再次掌握了政治的製高點，泰昌以來東林黨人崛起的態勢得到延續並進一步發展，在天啟初年達到如日中天的盛況。
此時國家正值多事之秋，努爾哈赤利用明朝世代更替，政局不穩的機會發起新一輪的攻勢，攻陷遼沈，進占河東，遼東形勢焦頭爛額。
麵對危局，掌握實權的東林黨人並未在挽救國家危亡上提出什麼有見解的主張，而是以“三案”為磚頭打擊政敵，致力於報仇雪恨，掀起了鬥爭的新高潮。
天啟二年（1622年）二月，東林黨人王之寀上《複仇疏》，首次將三案相提並論，翻曆史舊賬，進行政治清算。
四月，禮部尚書孫慎行追論紅丸案和移宮案，彈劾非東林黨的首輔方從哲，指責方從哲在紅丸案中庇護獻藥的李可灼，在移宮案中偏向李選侍，故意延遲移宮的時間。
天啟將此疏交由廷臣討論，此時東林黨人布列朝堂，共有一百一十多人認為方從哲有罪，隻有廖廖數人庇護方從哲，沒有加入到牆倒眾人推的行列。
然而方從哲這堵牆不是一般的結實，作為官場老油條，方從哲的哲學就是明哲保身，老方一直從事這個哲學，故名方從哲。
他做事八麵玲瓏，到處和稀泥，比泥鰍還猾，在紅丸案和移宮案中，他的表現雖然與東林黨不同步，但也沒有逆勢而上，而是處處遷就，談不上有什麼過失。
但是東林黨人認為他占據著首輔的位置，卻是個異類，存在就不合理，因此必欲除之而後快，自從泰昌以後，他就坐在了馬蜂窩上。
由於方從哲包漿比較好，天啟並沒有從他身上發現什麼瑕玼，東林黨人對他的指責都經不起推敲，盡管是千夫所指，天啟並沒有怪罪方從哲，沒有按照東林黨人的要求將方從哲罷免，僅是對李可灼和崔文昇進行了處分，東林黨人驅逐方從哲的目的沒有達到。
厚臉皮的方從哲屢劾不去，像是一個政治不倒翁，在東林黨人的包圍中，苦苦支撐著最後一個豪華的茅坑，決不讓東林黨人占著打屎放屁。
方從哲雖然安然無恙，但是“三案”的最終解釋權仍然掌握在東林黨人的手中，關於“三案”的官方結論，是依據東林黨的觀點做出的，體現在以葉向高為總裁編寫的《光宗實錄》中，形成了“關於若幹曆史問題的最終決定”。
然而這些決定並不是最終的，僅僅是一個開始。
隨著時間的流逝，敵我陣營發生了一百八十度的大轉彎。天啟帝對東林黨的態度悄悄地發生了變化，由最初的感激逐漸變為厭惡，進而疏遠。
與此同時，最初站在李選侍一邊的魏忠賢卻投向天啟帝，獲得了天啟的信任，很快成為天啟的親信太監，天啟疏遠東林的同時，更加倚重魏忠賢，許多重要的政務，都交由魏忠賢處理，雙方之間的關係達到了“你辦事，我放心”的程度。
以楊漣、左光鬥為代表的東林黨人對於這種轉變非常不滿，而天啟對東林黨的種種表現也非常不滿，開始磨刀霍霍。雙方處於攤牌的邊緣，矛盾一觸即發。
楊漣等人對於麵臨的危險有所察覺，但卻誤判形勢，他們以為天啟仍是移宮時的那個易於操控的花季少年，沒想到僅僅幾年的時間，這隻小花貓己經成長為一個吃人的老虎，操控小花貓是輕而易舉的事情，但是要想操控老虎，可能要付出生命的代價。