誅殺魏忠賢隻是萬裏長征第一步。
崇禎要辭舊迎新，東林黨要報仇雪恨，一場政治清算再所難免。
拔出蘿卜帶出泥，魏忠賢這個大個蘿卜底下連須子帶泥土足足有一大團。
須子是有血緣關係和姻親關係的人。
泥土是政治上的親信和朋友，也就是所謂的“閹黨”。
崇禎首先斬斷了須子：
客氏被押赴浣衣局亂棍打死。
客氏之子侯國興及魏忠賢侄子魏良卿被處死。
客氏之兄客光先、之侄客璠等發配充軍。
崔呈秀父事忠賢，是魏忠賢最得力的盟友，因此也被列入第一批重點清除的對象。
魏忠賢死後不久，丁憂在家的崔呈秀被削籍，後崇禎又下令抓捕，崔呈秀自知難逃一死，於是在家中與寵妾蕭靈犀擺了一桌“送終宴”，痛飲之後上吊自殺，上演了一出霸王別姬的好戲。
自殺並不能逃避處分，不久之後，崇禎頒布了魏忠賢、客氏和崔呈秀的罪名，並將他們開棺戮屍，斬首示眾。
斬斷了須子之後，下一步就是清洗那些依附在魏忠賢身上的泥土。具體的做法是“廣泛撒網，重點逮魚”。
天啟七年十二月二十三日，崇禎頒旨，命內閣及部院大臣定閹黨逆案，對閹黨成員進行一次普查，重點是對“五虎”“五彪”等魏忠賢的親信進行處理。
魏忠賢是反對東林起家的，他身邊的“泥土”大都是東林黨的對手，因此崇禎清除魏忠賢周圍的“泥土”的同時，也簡接為東林黨報了仇，雙方具有共同的利益。
為了做好清除閹黨的工作，崇禎起用了一批被罷斥的東林黨人，於是雙方聯合起來，對魏忠賢集團進行清洗。
天啟年間製定的《三朝要典》就像是一個緊箍咒罩在東林黨的頭上，東林黨人上台後，第一件事就是為自己洗涮罪名，進行翻案。
然而《三朝要典》是天啟欽定的史書，書中還有禦製序，想要毀掉就等於否定了先皇的結論，因此也不是一件容易的事。
崇禎元年起，朝臣圍繞著《三朝要典》的存廢展開了激烈的爭論。崇禎最初對銷毀《三朝要典》持審慎態度，隨著越來越多與魏忠賢有關係的人被揭發，崇禎感到有必要進行一次大換血，這樣就與《三朝要典》存在廣泛的矛盾。
崇禎在落實一朝天子一朝臣方麵的誌向越來越大，他的目標不再是“拔出蘿卜帶出泥”，而是要將這棵蘿卜連同他周圍的泥土一同鏟去。
五月，崇禎下令銷毀《三朝要典》，並對相關史書進行了修改，為“欽定閹黨逆案”掃清障礙。
崇禎元年上半年，“閹黨”人物楊維垣、李恒茂、楊所修、田景新、孫之獬、阮大铖、徐召吉、張納、李蕃、賈繼春、霍維華等先後去職。