根據古今圖書集成記載，奇門遁甲起源於四千六百多年前，軒轅黃帝大戰蚩尤之時；當時我們的祖先黃帝和蚩尤在涿鹿展開一前所未有的場大戰，蚩尤身高七尺，鐵頭銅身刀槍不入，而且會呼風喚雨；在戰場上製造迷霧，使得黃帝的部隊迷失方向。在戰局膠著，黃帝愁眉莫展之時，他得到一本天篆文冊《龍甲神章》；黃帝根據書裏麵的記載製造指南車終於打敗了蚩尤。
龍甲神章除了記載兵器的打造方法之外，還記載了很多行軍打仗遣兵調將的兵法。於是黃帝要他的宰相風後把龍甲神章演譯成兵法十三章，孤虛法十二章，奇門遁甲一千零八十局。
後來經過周朝薑太公，漢代黃石老人，再傳給張良，張良把它精簡之後變成現在我們看到的奇門遁甲。
“奇門遁甲”的含義是什麼呢？就是由“奇”，“門”，“遁甲”三個概念組成。“奇”就是乙，丙，丁三奇；“門”就是休，生，傷，杜，景，死，驚，開八門；“遁”是隱藏的意思，“甲”指六甲，即甲子，甲戌，甲申，甲午，甲辰，甲寅，“遁甲”是在十幹中最為尊貴，它藏而不現，隱遁於六儀之下。“六儀”就是戊，已，庚，辛，壬，癸。隱遁原則是甲子同六戊，甲戌同六已，甲申同六庚，甲午同六辛，甲辰同六壬，甲寅同六癸。另外還配合蓬，任，衝，輔，英，芮，柱，心，禽九星。奇門遁的占測主要分為天，門，地三盤，象征三才。天盤的九宮有九星，中盤的八宮（中宮寄二宮）布八門，地盤的八宮代表八個方位，靜止不動，同時天盤地盤上，每宮都分配著特定的奇（乙，丙，丁）儀（戊，已，庚，辛，壬，癸六儀）。這樣，根據具體時日，以六儀，三奇，八門，九星排局，以占測事物關係，性狀，動向，選擇吉時吉方，用來預測在什麼時間，什麼方位幹什麼有利，在什麼時間，什麼方位幹什麼不利。
奇門遁甲的具體應用，是通過排局布盤來進行的。所謂排局布盤就是按照不同的年份、節令、時辰，將八門（休生傷杜景死驚開）、九星（天蓬、天芮、天衝、天輔、天禽、天心、天柱、天任、天英）、九神在洛書九宮上布出適當的組合，依此判斷吉凶方位。所謂局，有陽遁九局和陰遁九局共十八局。
奇門遁甲術歌決：《煙波釣叟歌》陰陽順逆妙難窮，二至還鄉一九宮。若能了達陰陽理，天地都來一掌中。
軒轅黃帝戰蚩尤，涿鹿經年苦未休，偶夢天神授符訣，登壇致祭謹虔修。
神龍負圖出洛水，彩鳳銜書碧雲裏，因命風後演成文，遁甲奇門從此始。
一千八十當時製，太公刪成七十二。逮於漢代張子房，一十八局為精藝。
先須掌上排九宮，縱橫十五在其中。次將八卦論八節，一氣統三為正宗。
陰陽二遁分順逆，一氣三元人莫測。五日都來換一元，超神接氣為準的。
認取九宮為九星，八門又逐九宮行。九宮逢甲為直符，八門值使自分明。
符上之門為直使，十時一位堪憑據。直符常遣加時幹，直使逆順遁宮去。
六甲元號六儀名，三奇即是乙丙丁。陽遁順儀奇逆布，陰遁逆儀奇順行。
吉門偶爾合三奇，值此須雲百事宜。更合從旁加檢點，餘宮不可有微疵。
三奇得使誠堪使，六甲遇之非小補。乙逢犬馬丙鼠猴，六丁玉女騎龍虎。
又有三奇遊六儀，號為玉女守門扉。若作陰私和合事，請君但向此中推。
天三門兮地四戶，問君此法如何處？太衝小吉與從魁，此是天門私出路。
地戶除危定與開，舉事皆從此中去。六合太陰太常君，三辰元是地私門。
更得奇門相照耀，出門百事總欣欣。太衝天馬最為貴，卒然有難宜逃避。
但當乘取天馬行，劍戟如山不足畏。三為生氣五為死，勝在三兮衰在五。