正是在這種探索精神下，崇尚“自然”的道家受到重視，無神論也開始出現，讖緯之說越來越站不住腳。公元年，晉武帝司馬炎下令廢除讖緯，標誌著轟轟烈烈的去神化運動興起，孔子走下神壇。當然，這是一個很漫長的過程，直到宋朝，歐陽修還提出要刪去經書中的讖緯內容。但從此，讖緯之學衰落，許多相關的書籍被徹底禁絕，沒能流傳下來。
三國以後最令人印象深刻的，恐怕就是，魏晉名士的放蕩不羈了。他們身居高位，不好好工作，卻嗜酒如命，還嗑藥（五石散）、裸奔等等。這些明顯不符合儒家禮儀的狂放行為，為何卻在“修道士”中備受推崇呢？這是因為“僵化”的今文經學，無法提供值得奮鬥的人生目標，便轉而走向“叛逆”。西方的“修道士”也曾有過這種虛偽腐化的階段。
魏晉名士還喜歡清談。清談不是簡單的聊天，而是具有強烈宗教氛圍的討論和思辨。清談有一定的儀式，有一定的討論主題，大多是哲學問題。這就使得，世界觀非常有深度的道家思想，常常成為清談的主角。而既有深度，又邏輯嚴密的佛學思想，也在隨後加入，成為另一個主角。
於是，在思想上，儒、釋、道開始趨於融合。
曹操想“唯才是舉”，但無濟於事。他的兒子曹丕，改進察舉製，提出了新的人才選拔製度“九品中正製”。也就是，派專門官員（中正），按出身、才能、道德把人才分為九品，據此進行升降官職。這個製度原本是想給寒族一些機會，但在真正執行時，“上品無寒門”，反而大大加強了士族的地位。
士族位居高位，卻沒有政治理想支撐，一心熱衷於“誤國”的清談。而寒族的人數龐大，負責具體事務，他們的政治影響力越來越大。
公元年，西晉滅亡，南遷到長江流域的東晉，偏安一隅。大量北方士族也隨之南遷，他們與當地寒族的鬥爭非常激烈。到年，出身寒族的劉裕廢除東晉，自己稱帝，標誌著寒族經過年的鬥爭，取得了勝利。
而北方的情況不同，由於少數民族的崛起（史稱五胡亂華），展開了極其動蕩不安的民族大融合。
這時，蔡倫的造紙體現了“四大發明”的偉大意義。由於紙非常便宜，廣泛流行，讀書的成本大大降低。普通平民也有條件進學校，接受教育了。平民、寒門、士族之間的區分也越來越不明顯，不同階層趨於融合。
同時，儒學在剝離了讖緯後，表現出良好的包容性，佛教、道教非常盛行，儒釋道走向融合。
隋朝建立後，於年正式設立了科舉製度。在科舉製度下，不管平民、寒門、士族都一視同仁，隻要通過考試，都可以入朝為官。而考試的官方教材，也變成了儒釋道融合後的經典。
這樣，政府的官員來自所有中國人，政治理念也集合了中國人的智慧。政府也就成為代表全部中國人的政府，不再是少數貴族的專政。直到多年後，西方才參考科舉製度，建立了現代的“公務員”考試製度。