首先，他親自兼任央行行長，下定決心清理金融領域的體製外活動，對於任何有可能擾亂現有金融秩序的行為都嚴懲不怠。在這種背景下，沈太福的集資案便被視為頂風作案而受到了最嚴厲的懲處。
其次，他頂著巨大壓力，提出分稅製，重新梳理中央與地方政府的財政關係。多年來，地方經濟的發展和國營企業的發展，靠的都是中央財政的投入，用經濟學家馬洪的話說，是“一個老子，養了成千上百個兒子”，因此便陷入一放就亂，一收就死的局麵。到90年代初期，中央財政已非常拮據，不得不靠大量發行貨幣來解困，因此帶來的通貨膨脹危機則讓人不寒而栗。1992年，全國財政收入3 500億元，其中，中央收入1 000億元，地方收入2 500億元，中央財政支出2 000億元，赤字1 000億元。當時出任財政部長的劉仲藜回憶說，他曾經三次找朱鎔基副總理，希望他批條子向銀行借錢，朱鎔基不允許。當時連某些中央機關都已經到了不借錢，工資發不出去的境地。財政體製的弊病，從上海和北京可窺見一斑。上海實行的是定額上解加遞增分成的模式。定下每年財政收入165億元，100億元歸中央財政，65億元歸地方財政，每增加一億元，中央與地方五五分成。結果，上海實行財政包幹5年，年年財政收入是163億元—165億元之間，一點沒增長。對北京采取的是收入遞增包幹分成模式，約定的年增長率是４％。５年之中，北京每年財政增長從沒有超過４％。中央政府在這種財政分配體製中表現得非常被動。鑒於這種現狀，朱鎔基采納經濟學家董輔等人的提議，決定“分灶吃飯”，中央與每一個省份磋商分稅種類和比例，實行分稅製。1993年7月23日，朱鎔基在全國財政會議上首次正式提出分稅製的想法，一個多月後，分稅製改革的第一個方案出台。為了說服各省，朱鎔基在隨後的兩個多月裏，奔波於全國，一一說服，其間頗多拉鋸、妥協，但是，實行全國統一分稅製改革的大原則，始終沒有動搖。劉仲藜在回憶錄中說，為了說服各省，朱鎔基最後勉強同意1994年之後的中央財政返還以1993年地方財政收入為基數。而這一協議達成的時候，1993年後4個月的財政數據尚未統計出，從而給了地方政府有意識增加後4個月財政收入，以便1994年後多從中央財政獲得財政返還的空間。事實正是如此，最終地方政府上報中央的財政收入比1992年猛增將近50%。為了抬高基數，地方有許多高招。比如，一個企業原來承包了，稅補交已經減免，現在叫他交稅，把基數抬高，交了以後再私下返還。再比如，把死欠、積欠當基數。所謂死欠，就是哪個企業已經倒閉了，從來沒有交過稅，現在通過轉賬或者從銀行借款繳稅，這樣把基數抬高。還有就是“寅吃卯糧”，收過頭稅，把明年的稅在今年收了，把基數抬得很高。
分稅製的實行，使中國的財政秩序為之大改，中央財政重獲活力。1994年—2002年，我國財政收入年均增長17.5％，財政收入占國內生產總值的比重由1993年的12.6％提高到2002年的18.5％；中央財政收入占全國財政收入的比重為55％，比改革前的1993年提高了33個百分點；2002年，除稅收返還和體製性補助外，中央向地方轉移支付高達4 019億元，是1995年的8.6倍，年均增長36％。中國社科院的金融學家劉煜輝認為，分稅製改革後，一方麵中央把財權高度集中，在稅收上削弱地方政府所占的比重，而留給地方的幾乎都是收入來源不穩定、稅源分散、征管難度大、征收成本高的中小稅種。另一方麵，中央又把更多的事權層層下放給地方政府，甚至經常以犧牲地方稅權為代價來完成中央的某些政策，“中央請客地方買單”的現象大量存在。以經濟發達、稅源最為充沛的浙江省為例，在1993年，浙江的財政自給率是133.27%，1994年以後這一比率大幅下降到60%左右，而其他中西部地區的財政狀況更可想而知。