乾隆為慶賀重獲愛女舉行祭天儀式，儀仗隊伍行經街市，正巧被紫薇、金鎖看到。衝動之餘紫薇衝上前欲攔隊，被侍衛打昏，又被大學士福倫之子福爾康所救。福府在知道其身世後將她收留。
小燕子大不咧咧糊裏糊塗，被乾隆的寵愛和皇宮的華麗迷花了眼，想著做幾天格格再將格格的位子還給紫薇，隻是等她想要說清楚的時候，不是魏氏勸她不做格格就要砍頭，便是讓乾隆以為她是學不好規矩賭氣說“不做格格”。
小燕子一醒來就被令妃的溫柔可親收買，皇後卻懷疑小燕子假的，但她的忠言逆耳隻是招來乾隆的反感和厭惡，於是宮內小燕子便和皇後成了死敵。
五阿哥永琪、福倫之子爾康、爾泰與小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心後，爾康、爾泰兄弟把收留紫薇之事說出。一切真相大白，但為了同時保住兩個姑娘，五人決心保守秘密，然後還想出了兩個格格都進宮爭取乾隆寵愛的想法。
按照計劃小燕子將紫薇弄進宮做貼身丫頭，但兩人情同姊妹的感情漸漸讓周圍的人產生懷疑。而皇上對紫薇也有說不出的親切感，引起了皇後的嫉妒。在容嬤嬤的慫恿下，皇後竟派人將紫薇抓到坤寧宮密室內嚴刑拷打。小燕子發現紫薇失蹤後心急如焚，永琪和福家兄弟夜探坤寧宮，終於發現了奄奄一息的紫薇。次日，小燕子再請乾隆出馬對付皇後，總算將紫薇救出，化險為夷。
乾隆南巡下江南，永琪小燕子爾康紫薇等一並同行。期間，爾康與紫薇感情益深，永琪小燕子也相互表明心跡。而之後的廟會上，有人行刺乾隆，紫薇擋下了致命的一刀，撥刀前換取了乾隆“恕小燕子不死”的承諾。回京後，乾隆大賞小燕子紫薇。
西藏土司攜公主塞婭前來紫禁城欲向大清示威，派出武士數十人與大清武將比武，不想被爾康打得七零八落。乾隆龍心大悅。藏王為爭回麵子提議聯婚，乾隆為穩定番邦決定將塞婭公主指婚給爾康，情急之下小燕子向乾隆 說出了紫薇的身世，真假格格真相大白，小燕子、紫薇和金鎖被關進了宗人府。五阿哥和爾康、爾泰假傳聖旨，並傷人劫獄。乾隆得知後非常生氣，命令福倫去活捉他們。
小燕子一行人和柳青、柳紅向城外逃去，路上紫薇提出不應這樣逃走，於是大家又決定一起回宮請罪。
小燕子被皇上判處斬首，但是她以其口才和皇上力爭，加上大家都主動請命與小燕子同生共死，乾隆終於軟化，並重新冊封紫薇為明珠格格、小燕子為還珠郡主，並給小燕子和永琪、爾康和紫薇指婚，並把爾泰指婚給塞婭。最終，紫薇、爾康、小燕子、永琪、塞婭、爾泰這三對有情人終成眷屬。
五阿哥永琪依然是乾隆最看重的阿哥，兩位民間格格仍然是紫禁城裏乾隆最寵愛的格格，延禧宮令妃娘娘還是乾隆最寵愛的妃子……
回疆阿裏和卓送女進京，他的女兒含香公主卻是心有所屬。
還珠格格活潑好動，於會賓樓內巧遇蒙丹簫劍，幾人不打不相識，最終成為摯交，仗義為懷的還珠格格於是決定幫助含香和蒙丹這對苦情人。
他們這些人膽子大，有衝勁，又有帝王的寵愛，最後竟然還真讓他們成功了，將含香偷運出宮，然後兩個格格對乾隆說含香變成蝴蝶飛走了——
乾隆雖然生氣將兩個格格下獄，但是在令妃的求情和幫助下，五阿哥福爾康等人劫獄將兩個格格救走了，從此一行人浪跡天涯，皇後派人追殺，乾隆派人尋找，這些人一路上走得轟轟烈烈驚天動地卻又總是能化險為疑。