柯南就這樣陷入了無盡的黑暗之中，他似乎成了一個遊曆於世間的神，開始縱觀這個忍者世界千年來的發展。
自從人類誕生以來，便從未停止過互相爭鬥，並步入了戰亂之世。大地因此被鮮血浸染，猶如要將這鮮血全部吸收殆盡一般。然而“神樹”並沒有卷入紛爭，而是一直被作為神柱受到人們的崇拜。但在有一天，神樹上結出了一顆果實，人們雖然不明白這其中的含義，但是無人敢違背祖訓而去染指神樹之實。
聽聞那棵樹是數千年前突然生長出來的，眨眼間就成了大樹。但關於它還有個可怕的傳聞，據說人隻要靠近那棵樹，精魂就會瞬間幹涸，如枯木一般死去。
或許這並不隻是一個傳說，有朝一日……
大筒木一族來自於遙遠的土地，身為族中公主的輝夜生來便擁有白眼，她為了取得神樹的果實而來到了這片土地上。在吃掉了神樹果實之後，輝夜成為了查克拉之祖，額頭開啟了輪回寫輪眼並擁有了神一般的力量，她以一己之力平息了世間的戰亂。自那以後，輝夜便被世人稱之為“卯之女神”。
戰亂結束後，輝夜誕下了一對雙胞胎——羽衣和羽村，兩個孩子一生下來便擁有查克拉。漸漸地，輝夜認為查克拉隻能為自己所有，她利用“輪回寫輪眼”對民眾釋放了“無限月讀”，使人們對她產生恐懼和敬畏，“卯之女神”的尊稱不知從何時起變成了“惡鬼”，她對查克拉的欲望最終也指向了自己的兩個孩子。為了取回全部的查克拉，輝夜與神樹融為一體，化身成了十尾，與自己的孩子的戰鬥。最終，羽衣和羽村發動“六道·地爆天星”製造出月亮並將十尾封印在其中，但在被封印之前，輝夜將自己的意誌化身為黑絕，並一直等待複活的機會。
吾乃世界安寧秩序的締造者——六道仙人箴言曾經是人類互相廝殺，恐怖的時代。之後出現了一名僧侶，他首個發現查克拉真理並廣布忍宗教義，希望將世界導向和平，此人被譽為“救世主”。但在他使命未完之前，陽壽將盡。因此他打算將忍宗的力量和意誌托付給兩個孩子。哥哥因陀羅繼承了強大的查克拉基因，出生以來就有了強大的瞳力和戰鬥感知力，而弟弟阿修羅卻沒有繼承強大的查克拉基因，為了跟其他人合作，他需要付出更多更多的努力還有獲得跟哥哥一樣的力量承受著一切的艱難困苦並努力修行，他體內的查克拉覺醒了然後他獲得了跟哥哥一樣的力量。在阿修羅的生存方式之下，仙人看到了一種新的可能性。仙人相信與同伴間的相互信任與協助，才是真正的力量之源，於是仙人選定阿修羅為忍宗的繼承者，讓他引領世人，仙人以為他的\"哥哥\"因陀羅會輔助弟弟完成大業然而……因陀羅並不接受仙人的安排，然後就是一切的開始，漫長且無休止的戰爭……雖然他們的身體都被摧毀了，但是他們的查克拉並沒消失而且隨著時間而輪回，無窮無盡，無休止地……
六道仙人在臨終前將忍宗的力量與意誌托付給兩個兒子時，選擇了擁有仙人之體、主張以愛達到和平的弟弟阿修羅作為繼承人，而不是擁有仙人之眼、主張力量達成和平的哥哥因陀羅，因此他們兩個人的子孫隨著時代的推進而不停戰鬥，到了最近的一代就是千手一族（弟弟的後代）和宇智波一族（哥哥的後代），雖然隨著時間流逝，血源逐漸疏遠，然而兩兄弟的子孫依舊相互爭鬥。現今存在的九隻尾獸原本是一體的，他們都是由當年擁有最強查克拉的魔物十尾分裂而來的，而當年就是六道仙人從十尾手中拯救了世界，並將這份巨大的查克拉封印了起來，把自己做成了十尾的“人柱力”。最後六道仙人在彌留之際，用地爆天星封印十尾的本體並拋至無人能及的高空，形成了封印石月亮，然而後來被將死之際進化至輪回眼的斑解開十尾軀殼的封印，並從月亮中通靈取出，稱之為“外道魔像”，欲集結十尾之力和利用月亮反射施展終極忍術－無限月讀，將世界和自己合而為一的“月之眼計劃”。