雷影因為弟弟奇拉比被佐助擄走而暴怒，決定召開五影會談以製裁“曉”。綱手在之前的戰鬥中由於消耗大量查克拉而昏迷不醒，團藏借機奪取了火影之位，並前往鐵之國參加五影會談。佐助為了殺死團藏而入侵會場，遭到五影的連續攻擊，在千鈞一發之際被“阿飛”救走。“阿飛”宣稱自己將要實現“月之眼計劃”，並向在場的眾人宣告將要發動第四次忍界大戰。佐助則在那之後追上了逃離會場的團藏，在一番戰鬥後將團藏殺死。
為了準備即將到來的大戰，並保護八尾和九尾，鳴人被送往雲忍者村準備的秘密基地，在那裏遇到八尾人柱力奇拉比，並向他學習控製九尾的方法。鳴人在精神世界中遇到母親玖辛奈，玖辛奈告訴了他關於他出生那天發生的事情，以及九尾入侵木葉的真相。鳴人在母親的幫助下成功地控製了九尾，並得到了新的力量，察覺到了暗中潛入此地的鬼鮫的存在。打算逃走的鬼鮫與阿凱交戰，被阿凱打倒，為了守護情報而自殺。
“阿飛”為了奪取輪回眼來到雨忍者村，並殺死了一心守護長門遺體和輪回眼的小南，更和獲得大蛇丸力量的兜聯手，以兜的穢土轉生大軍和“阿飛”的白絕大軍發動了戰爭。五大國的忍者們也團結一致，組成忍者聯合軍，第四次忍界大戰終於開戰。鳴人在修行期間察覺到了外部的戰爭，和奇拉比一同趕往戰場，而佐助也在移植了鼬的眼睛之後趕往戰場。
穢土轉生的忍者們和白絕接連被打倒，這時兜突然把真正的宇智波斑利用穢土轉生召喚出來。五影為了對付斑而一同趕到戰場，鳴人和奇拉比則與“阿飛”和人柱力軍團展開戰鬥。佐助在趕往戰場的途中與穢土轉生的鼬相遇，為了向鼬詢問當年的事情而追趕鼬，和鼬一同來到兜的根據地，兩人聯手打倒了兜。鼬解開了穢土轉生之術，和佐助告別，而佐助則為了尋找答案而利用大蛇丸的咒印複活了大蛇丸，和“鷹”的成員一起前往木葉忍者村，利用穢土轉生之術使曆代火影複活。佐助從初代火影那裏得到了自己想要的答案，希望能守護鼬的意誌，而和曆代火影一同趕往戰場。
“阿飛”的麵具在鳴人等人的奮戰之下被打碎，眾人也發現“阿飛”的真實身份竟然是卡卡西的昔日好友宇智波帶土。帶土當年在大戰期間死裏逃生被斑所救，由於目睹卡卡西殺死琳的瞬間而對世界陷入絕望，此後便繼承斑的意誌打算實現“月之眼計劃”。帶土和斑複活了集結所有尾獸力量的十尾，鳴人這邊也集合聯合軍忍者的全部力量與敵人展開戰鬥，而佐助也隨後趕到，昔日的第七班終於再次重聚。
帶土獲得了十尾之力，一度讓眾人陷入苦戰，並打算利用十尾的本體神樹發動月之眼，但在眾人的奮戰之下其體內的尾獸也被抽離，鳴人說服帶土重新正視自己。帶土在奄奄一息之時遭到黑絕的控製而發動輪回天生之術使斑完全複活，斑抽離了鳴人體內的九尾，又用劍刺穿了佐助的身體，在奪取了全部尾獸之力後成為十尾人柱力。阿凱為了打倒斑而開啟八門遁甲，差一點便將斑逼入絕境，但阿凱最後還是因為力量耗盡而倒地。