拉維紮列斯總督以消滅林風海盜團夥為誘餌，試圖叩開大明帝國海關的大門，嚐試了半年毫無結果，但基本上摸清了明朝的態度，明帝國並無海外拓疆的野心，對於盤踞在呂宋的海盜睜隻眼、閉隻眼，隻要他們不再侵擾大陸沿海，也就隨他去了。
但盤踞在玳瑁港的林風集團，對馬尼拉當局來說，確實是一個極大的威脅，因此，拉維紮列斯總督逐漸失去了耐心。
林風集團在玳瑁港安頓下來之後，精準地把握住了馬尼拉當局和朝廷的脈搏，經玳瑁港的華人神父從中調解，贏得了休養生息的機會，在羅阿敏的帶領下，逃難的眾鄉親勵精圖治、苦心經營，與當地人和睦相處，僅用了半年多的時間，就把這座荒涼的海灣，變成了一座繁華的港口。
由於隆慶年間明朝放開了海禁，盡管對商船的總體規模加以限製，但商人們可以在國內自由貿易，因此人心思變，沒人輕易去當海盜，林風很難在大陸沿海招兵買馬，為了和西洋人對抗，他一方麵要挾朝廷，想恢複其錦衣衛的身份，以便名正言順地擴張隊伍，試圖在趕走西洋人之後，讓朝廷封他為呂宋總督，但他自己也十分清楚，這個願望是很難實現的。
另一方麵，林風始終沒有放棄聯合猴子秀吉，剛剛立足玳瑁港，迫於羅阿敏的壓力，決定釋放許靈兒、馬五夫婦及林邵琦等人，派遣李成懷和蔡德以護送許靈兒為名回國，想借此機會要挾龐尚鵬；與此同時，暗中派心腹之人前往日本，準備出重金收買日本浪人，組建一支龐大的艦隊前來支援，再次攻打馬尼拉。
在福建漳州月港，林風的陰謀被許靈兒所識破，抓了七澳主李成懷和九澳主蔡德，殲滅了那些倭寇水手，切斷了林風與倭寇之間的聯係，許靈兒知道，玳瑁港的將士多是因為被倭寇毀掉家園，而被迫落草為寇，馬誌善、李成懷和蔡德等人也不例外，故此，她對兩個被抓的澳主曉以大義，釋放他們返回了玳瑁港。
李成懷和蔡德回來後，暗中在玳瑁港展開了一場清洗，以至於大家談“倭”色變。但林風仍沒有放棄收買浪人的打算，當傳教士馬克再次來到玳瑁港時，他企圖收買馬克幫他往日本送信，遭到了拒絕，這時，織田信長已經和西門阿爾梅達神父之間，達成了長期購買火繩槍的協議。
由於織田信長付不起現款，這份協議遭到了堺町眾合會的排斥，沒人願意接手這宗生意，盡管小西隆佐很主動，但織田信長對他信不過，況且小西隆佐對南洋、琉球等地也不熟，迫於無奈，西門阿爾梅達神父把弟子馬克召回了馬尼拉，委派他來負責。
馬克在第二次往日本販運火繩槍時，在釣魚列島附近，被台灣駐軍守將馮安所抓獲，他主動投降，沒有對外傳遞任何消息，因此，無論是織田信長、羽柴秀吉、還是堺町眾合會及馬尼拉當局，都不知道馬克失蹤的真正原因。
為了調查事件的真相，堺町眾合會長老派修女露易絲前往馬尼拉，猴子秀吉在眾合會的代理人小西隆佐，及時抓住了機會，暗中找到了露易絲，花重金請她幫忙尋找林風。
在郭奕和許靈兒抵達玳瑁港之前不久，露易絲以修女的身份從馬尼拉而來，受到了神父的熱情接待，她暗中聯絡到了林風，並被其傳奇經曆及“雄心壯誌”所吸引，二人一見如故，如幹柴烈火般的就好上了，於是，林風趁熱打鐵，表示將來占領呂宋之後，讓她成為總督夫人，致使這個天真的露易絲，恨不得為其赴湯蹈火而在所不惜。
但林風萬沒有想到，通過露易絲傳遞的這封書信，會落在佩雷斯大主教之手。
得知林風企圖引日本浪人前來攻打馬尼拉，馬尼拉當局的容忍終於到了極限，恰巧這時平息了民都洛島的暴動，又獲悉明朝派使者去了玳瑁港，盡管拉維紮列斯總督對明朝使者不摸底，但堅信他們不可能幫助海盜，正好可以借剪除林風之機，給明朝一個下馬威，因此，讓騰出手來的撒施洛將軍，立刻集結群島各地的武裝力量，要一舉剿滅玳瑁港。
一場激烈的海上遭遇戰，讓西洋人領教了明軍海上巨無霸的厲害，馬尼拉當局的海上行動失敗後，馬上組織一支近兩千人的陸軍，沿著仁牙因河攻打玳瑁港，遭到李成懷所部及二百名明軍精銳的伏擊，最不可思議的是，殖民軍打下玳瑁港之後，居然還是中了林風之計，導致西班牙軍人全軍覆沒，撒施洛將軍到死也沒想明白，明朝使者的超級戰艦為何會支持林風？
撒施洛將軍死後，拉維紮列斯總督開始慌了，正在宿務島圍剿尼德蘭海上乞丐遊擊隊的費爾南多將軍，被緊急召回馬尼拉。
此時，馬尼拉近乎是一座空城，林風當然不會放棄這個機會，當他對玳瑁港的神父一番懺悔之後，表示要遣散自己的隊伍，暗中卻把這五百名士兵，分成了五十個小分隊，通過李瑞奇飼養的信鴿來聯絡，化整為零、分頭開赴馬尼拉。