魏忠賢之後直奔錦衣衛處, 給在場的錦衣衛指揮使田爾耕田大人以及千戶們宣讀了朱由校的旨意。要知道這個時期的東西二廠和錦衣衛常常一起出動，好得就跟一家似的。特別是指揮使田爾耕田大人就差認魏忠賢當爹了。
田爾耕一聽居然有這種好事，立馬就拍著胸口表示：“魏公公你就放心吧，下官們一定將此事辦好，讓鬧事之人一個個也逃不了好。”
於是錦衣衛出動。一個個身穿飛魚服，腰間佩戴繡春刀的錦衣衛們，就跟土匪似的，按照魏忠賢例的名單, 將攻擊彈劾閹黨之人一一抓了, 當然，不是抓了直接下昭獄, 暗地裏折磨, 而是先帶到午門扒了褲子，排排在那兒一起打板子，然後才將差不多已經被折騰得半死不活、奄奄一息的他們下了昭獄。
當然這其中不是沒有‘耿直’的官員，叫嚷著要聯合眾大臣，一起上書, 一起向皇帝稟明衛所的錦衣衛草菅人命，為虎作倀。當然了，這些此時此刻還不忘打嘴炮的士大夫們根本沒討得好, 剛一開口, 就被以凶殘著稱的錦衣衛們用散發著惡臭的臭襪子堵了嘴。
錦衣衛們一邊打著板子, 一邊大聲用白話向周圍圍觀百姓宣讀他們所犯罪行, 末了打完板子後更是無私向周圍圍觀百姓提供白菜幫子和臭雞蛋, 樂嗬嗬的看著周圍圍觀百姓將這群當眾光屁~股的士大夫們砸得滿麵桃花開。
如此一來，士大夫們所求的美名自然在百姓們口口皆傳下變成了臭名。士大夫們不想挨了廷杖後，還被如此‘汙蔑’於是接著鬧。但可惜他們的舉措都被一一鎮壓，即使有聰明者想借用天下輿論翻身，也讓魏忠賢先一步采取楊令月給出的廣而告之的提議而宣告失敗。至此，東林黨人的結局，已無懸念。
天啟三年六月，魏忠賢訓斥吏部尚書趙南星結黨營私，包庇楊漣、左光鬥、高攀龍等人。趙南星心灰意冷，自取頭上烏紗帽，辭職回家種紅薯去了。至於東林黨領袖之一，內閣大臣葉向高，為了讓他也回家種紅薯，魏忠賢幹脆采取無賴的方法，暗中吩咐手下安排地痞流氓跑到葉向高的府邸大吵大鬧。葉向高不甘其擾，最後也隻得辭職回家。
葉向高一走，另一位與他私交甚好也是東林黨的韓曠害怕魏忠賢將下一個朝他動手，也緊隨其後辭職了。
明朝內閣設立於明建文四年，乃是皇帝的谘政機構。起初，內閣大學士隻具有顧問身份，皇帝為最終決定的權力，而大學士很少有參決的機會。到明仁宗、明宣宗時期，地位日益受尊崇。自此，內閣的權力日益增大，到明世宗中葉，夏言、嚴嵩等人執掌內閣，地位赫然為真正的宰相，亦可壓製六部。
不過首席內閣大學士（或稱內閣首輔）有票擬的權力，但卻不得不依賴於內部太監送達批紅。明朝時首輔大學士的職權如同以前的丞相，但必須與宦官合作，才能執掌大政，就好比張居正也是跟馮保合作，才事事上達天聽。
東林黨中這兩個官至內閣大臣的家夥，自以為采取無為而治的法子能夠擺脫魏忠賢。不需用跟他合作。結果魏忠賢借勢這麼一招，就將他兩給逼得辭職回家。自此，魏忠賢算是從真正意義上掌握了內閣。
魏忠賢在前朝收拾跟他作對的政敵，後宮之中的客巴巴也沒有閑著。趁著前朝權利交迭，大臣們無暇關注朱由校的後宮之際，客巴巴終於對皇後出手了。
懷孕已經滿三月的張皇後，日~日覺得腰酸體乏，便聽了頗受她信任的夏麗之言，找了一個擅長按摩的宮娥前來為自己按摩、揉捏。
這位擅長按摩的宮娥自然是客巴巴的心腹。她到了坤寧宮後，並沒有立馬動手，而是博得張皇後的信任後，才選擇動手的。如此一來，自然是一擊必中。張皇後的腹部遭受這位宮娥的猛力擊打，當場就見紅，不多時腹中所懷胎兒便流了出來。
此時遭受了流產之苦的張皇後還保持著清醒。她見流出胎兒是男胎，當場就痛哭出聲，對著趕來看望她的朱由校說是有人害她，並將幕後之人明晃晃的指向了被東林黨人說成是禍國奸妃的楊令月。
對比張皇後，朱由校自然是更喜歡楊令月一點的，自然不會相信張皇後的哭訴。“你胡亂說什麼，怎麼會是阿月做的。阿月現在整天待在翊坤宮，大門不出二門不邁的，怎麼做這事。你還不如說是你提議幫你分擔宮務的良妃呢。”
張皇後哭聲一窒，倒是想起了這事，勉勉強強打消了懷疑。隻是她並沒有像朱由校所說的那樣懷疑是王良妃做的，她如今無寵，又怎麼會做出這種事呢。張皇後想了想，幾乎在瞬間就將懷疑人放在了與她有仇的客巴巴身上。