3、避難嶺南
惠能發足南逃，走了約兩個月，來到今廣東與江西交界的大庾嶺一帶。這時後麵有好幾百人追來，其中一個叫陳惠明，原是個四品武官，比較粗魯，也很有參禪求悟之心。他跑在眾人前麵，追上了惠能。
惠能把衣缽放在石上，說：“這衣是明心見性的信物，豈是蠻力所能奪取的？”然後藏到草叢中。惠明趕上來，想拿走衣缽，竟拿不動，便叫：“行者！我為法來，不為衣來！”惠能於是出來，為惠明說法。惠明開悟，禮辭而去。
第二天，數百人趕到嶺上。惠明說，我先在此，不見那人來，詢問嶺南來的人，也不見那人。想來還沒有來到這裏。眾人於是回原路細查。惠能得以逃歸嶺南。
惠能悄悄回到韶州曹侯村。當地有位儒士叫劉誌略，對惠能十分禮遇。誌略的姑姑是比丘尼，號無盡藏，常誦《大涅槃經》。惠能為她解說；無盡藏大感驚異，遍告鄉中耆德：“此是有道之士，宜請供養。”於是鄉民競來瞻禮。
當時寶林寺（今南華寺前身）已廢，人們重建梵宇，延請惠能說法。惠能在寺裏住了九個多月，又遭惡人追殺，於是逃到寺前麵的山中藏匿，惡人找不著，便縱火燒山。惠能隱身入石中，得以幸免。“石今有師趺坐膝痕及衣布之紋，因名避難石。”（《法寶壇經?機緣品第七》）
六祖避難石今存南華寺前山中。
逃過此劫後，惠能記得五祖“逢懷則止，遇會則藏”的囑咐，遂“懷寶迷邦，銷聲異域”（唐?王維《六祖能禪師碑銘並序》）。繼續南下，來到懷集，住了下來。柯杉崗相傳是六祖在懷集的第一個落腳點。懷集縣城裏至今仍存一口六祖井和一座六祖庵，相傳是惠能曾經駐足的地方。他藏匿過的懷集“六祖岩”現在是遐邇聞名的旅遊地。
離開懷集，惠能沿綏江南下，來到四會，在今廣寧縣賓亨鎮榕村一處茂林修竹中結廬構庵隱居（今廣寧縣地在明代嘉靖以前是四會縣的一部分），後來邑人在庵址建了龍龕寺，為六祖又一遺跡。及後，惠能藏匿在四會縣東麵的扶盧山，後來邑人又在此建了六祖庵以奉祀。最後，六祖在獵人隊裏匿藏了15年，“時與獵人隨宜說法”。獵人叫他守網，他就把落入網中的禽畜全放掉。吃飯時他不吃肉，“但吃肉邊菜”。直到今天，懷集當地村民每逢年節，也會在家裏做一桌“鍋邊菜”以紀念惠能。
惠能在嶺南藏匿了十六年，“雜居止於編民，混勞倡於商農”。一邊勞作，一邊參悟天地，修禪悟道，踐行佛禪理念，其南宗理論逐漸豐富發展，日漸臻於係統和完善，其“頓悟禪學”體係基本建構完成。清代四會人盧應中《重修六祖寺記》如此評說：“（惠能）卒遁於吾邑之扶盧峰，修真習淨一十五年，得大解脫……六祖固為嶺南佛法之始，而吾邑之‘扶盧’又為六祖成佛之所”。（扶盧，指六祖曾在那裏藏匿的扶盧山。）
唐高宗儀鳳元年（676），惠能覺得該是弘揚禪宗的時候了，便離開四會。正月八日，來到廣州法性寺（今光孝寺）。當時寺中住持印宗法師正在給僧眾講《涅槃經》。一陣風吹來，把掛在旗杆上的幡吹動了，兩個和尚為此辯論起來，一個說是“風動”，一個說是“幡動”，誰也未能說服誰。惠能走進來，妙言一句，令眾僧皆驚。這便是著名的“風幡之論”。