而鑒於長期以來，俄羅斯軍費撥款一直不能正常到位，對俄羅斯軍隊建設和發展所造成的嚴重影響。普京時代軍事改革啟動後，在前總統普京和時任國防部長的伊萬諾夫的督促下，從2001年開始俄羅斯武裝力量的軍費開支首次得到正常撥款。但是這一情況的改善在很大程度上是通過裁減人員、精簡機構和淘汰陳舊的武器裝備實現的。在普京時代俄羅斯軍隊分階段裁減36.5萬人，同時完成了伏爾加河沿岸軍區和烏拉爾軍區的合並。新成立的烏拉爾軍區，其司令部設在原烏拉爾軍區司令部所在地葉卡捷琳娜堡。而原伏爾加河沿岸軍區則被改編為一個合成集團軍的領率機關。這樣，俄羅斯軍隊軍區的數量便從現在的7個減少為6個。
應該說普京時代的俄羅斯軍事改革進程，使得蘇聯解體之後的俄羅斯軍事建設朝著以均衡發展為方針、以適度發展為目標和以內涵發展為標準的方向前進。如果其5年建設計劃將得以完成，俄羅斯軍隊將可能成為真正“高效、機動、靈活和戰鬥力強”的現代化的武裝力量。畢竟由於軍費撥款能夠正常到位，僅2001年上半年，俄羅斯軍隊首次較大幅度增加了采購新式武器裝備的數量。其中用於發展新組建的航天兵的開支將比2000年增加1到2倍。而隨著俄羅斯國內經濟形勢的逐漸好轉，俄羅斯政府在製定2002年聯邦預算草案中也增加了軍費開支的數額。2002年俄羅斯軍費開支將達到2629億盧布，將比2001年的2060億增加569億盧布。
但是這一切最終都隨著普京的遇刺而噶然而止，在一代強人逝去之後的動蕩和過渡期內，杜馬國防委員會成員紛紛寫信建議國家領導人暫緩軍事改革，不要解除近20萬軍官的職務，停止取消準尉軍銜、放棄將師團改組為旅，尤其是在意義極為重大的西線和東線。最終圍繞俄軍改革展開的爭論已幕後走向了公開。改革的反對者強調，若不通過新的軍事學說，改革就無法進行。因為在總統簽署、安全會議批準的法律文件中，並未明確指出國家所遭遇的現實威脅，沒給武裝力量布置具體任務，甚至沒有點明潛在的敵人是誰。惟有在得到上述重要而具體的指令後，才能弄清軍隊應當做好打何種戰役的準備，其組織結構、軍隊構成、武器及作戰方式將會如何安排。
麵對俄羅斯周邊所麵臨的形形色色的威脅。北約和歐盟的東擴，烏克蘭和格魯吉亞的不穩定、阿富汗局勢，以及東部邊境崛起的中國，使得敏感的俄羅斯相信某些國家對俄羅斯存在領土要求。因此軍事改革的重點不是裁軍、而是組建更為強大的常備軍，建立完全符合戰時編製、配有最先進武器及軍備和保障體係，如偵察分隊、導航設施、目標指標器、通訊工具、無線電電子炸彈等。整個軍官培訓體係也麵臨改革。軍官不僅應成為高水平軍事人才，還需要具備高學曆、強健的體魄、較高的文化素養和智力水平、管理能力。
同時普京改革方案根本沒有徹頭徹尾考慮清楚，缺乏資金及社會保障，尤其是在經濟危機尚未結束的當下。軍官人數削減，不少人丟掉官銜，但又不能將其完全辭退。國家無錢支付遣散費，也無力提供法律規定的住房。近6萬人即將被貶為“庶民”的軍官都是無房戶。國防部最多能購進近4.5萬套房屋，而國庫捉襟見肘，該計劃很難實現。房屋的市場價格比國防部所能承受的支付能力要高得多。此外，那些手頭握有閑置或是爛尾住宅的公司，未必會願意低價將其出售給軍方。
雖然俄羅斯政府始終宣稱他們並沒有裁減軍隊的基幹力量，僅有3.6萬名軍官需轉為預備役。而他們也辦理了1萬人，其中隻有3200人是由於組織人事調整而被裁，其餘人都是因超齡、健康狀況不佳、服役期滿或無法繼續服役而被精簡，還有400名軍官係自願退役。” 但反對者掌握的則是另一些數字。他們強調，被裁減的軍官在3個月後無法繼續拿到應該拿到的錢，因此不得不選擇自願退役。不過，在後一種情況下，他們仍然不能拿到相當於20倍工資的遣散費。以一些拒絕前往新駐地（從莫斯科到西伯利亞或是遠東）的“固執人士”為例，上級給他們下了無法繼續服役的鑒定，他們因而被辭退，且無法獲得遣散費。一言以蔽之，改革的支持者與反對者在所有問題上都各執一詞，很難達成一致。何況對於個人命運和軍隊戰備孰輕孰重的問題，也很難下結論。而來自俄羅斯軍官團的抵抗更是悄無聲息。比如在獲得過俄羅斯英雄稱號的沙馬諾夫中將出任空降兵司令之後，對駐紮在圖拉的第106空降兵師的改組已經暫停。