而梅德韋傑夫上台之後，任用了曾在普京時代在聖彼得堡稅務局工作，將俄羅斯第一大尤科斯石油公司因漏稅而查到破產，並將該公司創辦人、前俄羅斯首富霍多爾科夫斯基送進西伯利亞監獄的阿納托利.謝爾久科夫出任國防部長，這位由文職國防部長親自主導的軍隊改革計劃剛一啟動便遭到俄羅斯軍隊的強烈反彈。
俄羅斯軍隊的高級將領們紛紛抱怨軍隊改革計劃十分封閉和不透明。無論是俄國社會還是軍方內部都不了解這份改革計劃的內容。雖然名義上軍隊改革的目的是為了從根本上改變目前蘇聯式的俄軍結構，使俄軍未來變得更加靈活機動。改革計劃提到到2012年時，把俄軍總人數從目前的134萬人減少到100萬人。軍官數量從目前的34萬人減少到15萬人。軍事院校從目前的65所減少到10所。俄軍總參謀部的人員將縮減50%，將軍的數量將從目前的1100人減少到900人。另外將精簡俄軍指揮結構，把目前的軍區-軍-師-團的指揮體係改革成軍區-作戰司令部-旅的指揮體係。俄軍部隊分類將從目前的1890個減少到172個。俄軍步兵將從目前的23個步兵師減少到12個旅。俄軍的主要作戰單位也將從師過渡到旅。改革目前已經從駐紮在莫斯科郊外的俄軍最精銳的珍寶島師開始。
雖然謝爾久科夫強調改革是由於在2008年的俄羅斯與格魯吉亞的戰爭暴露出前蘇聯的軍事建製的落後，另外也符合世界各國軍隊小巧靈活的潮流。但是依舊遭到俄羅斯軍方以及社會上一些階層的強烈不滿。畢竟過去蘇軍作戰一直靠人員優勢取勝，而在兵員素質和武器裝備沒有得到顯著提升的情況之下，盲目的裁軍必然引發一場災難。
一大批俄軍高級將領已經提出辭職申請，抗議軍隊改革。提出辭職申請的包括在軍隊內部有威望的俄軍總參謀部軍事情報總局局長科拉別裏尼科夫大將、主管軍隊後勤保障的國防部副部長伊薩科夫上將，以及直屬國防部的中央指揮所所長戈什科德拉中將。另外，俄軍總參謀部6個主要部門的主管將軍也同時提出了辭職申請。而麵對俄國軍方內部對軍隊改革的不滿情緒，俄羅斯武裝力量新任總參謀長馬卡羅夫隻是下達命令，禁止俄軍軍官向媒體和外界談論軍隊改革的事情而已。
一批具有光榮曆史的精銳之師也被列入裁減名單，其中就包括總參謀部下屬的3支部隊——第67特別旅、第12和第3近衛特種旅。第67特別旅在阿富汗戰爭和車臣戰爭中表現優異，有許多士兵曾被授予“俄羅斯英雄”稱號。在屬下3支部隊麵臨解散的背景下，科拉別利尼科夫早在去年便兩度提出辭呈，但未獲批準。這位曾指揮過車臣戰爭的老將一直被認為是地位最穩固的高級軍官之一。然而，他擅自不參加今年3月17日的一次國防部會議，以此為契機，他的辭職被列入了克裏姆林宮的議事日程。
其實早在今年初，克宮就已經開始考慮讓科氏退休，但因無法找到合適的接班人，致使該議題一拖再拖。據稱，科氏的5位副手結成了“統一戰線”，一致拒絕接替自己的老上司。經過長時間醞釀，接替科氏的最終還是他的一位副手—亞曆山大.什利亞科特裏夫中將接任。而科拉別利尼科夫在離職後則將獲得了總統頒發的“國家功勳”三級勳章。此前，他已獲得過俄軍人的最高榮譽——“俄羅斯英雄”勳章，以及英勇勳章和“國家功勳”四級勳章。