大選結束後，斯洛文尼亞新政權即宣布：駐紮斯洛文尼亞境內的原南斯拉夫聯邦防禦部隊不再服從聯邦軍統一指揮，並加緊從外國運進武器，武裝本地民防和警察部隊。克羅地亞政府也隨後宣布：將在南斯拉夫聯邦駐克羅地亞地方部隊基礎上組建克“獨立的武裝力量”。接著，塞爾維亞科索沃自治省阿爾巴尼亞族也按“一戶一槍”原則，用走私武器組織民間武裝10萬人。
鑒於局勢危急，南斯拉夫聯邦主席團於1991年1月發布命令，要求各地“非法準軍事武裝部隊”立即解散並交出武器。但是該命令卻遭到了斯洛文尼亞和克羅地亞兩國政府的拒絕。南斯拉夫人民軍隨即進入戒備狀態，準備以武力執行聯邦決定。斯洛文尼亞和克羅地亞兩國則針鋒相對，積極備戰，全國局勢驟然緊張。在內戰一觸即發的危急時刻，經聯邦總理、出生於克羅地亞的馬爾科維奇多方斡旋，迫在眉睫的大規模流血衝突得以暫時避免，但“非法武裝”問題仍未解決。
6月25日，克羅地亞和斯洛文尼亞突然宣布獨立。南斯拉夫聯邦主席團立即做出反應，宣布兩國“獨立”為非法和無效。同時命令駐紮在斯洛文尼亞和克羅地亞兩國境內軍營中的人民軍部隊，執行保衛邊界過境通道和居民點安全的軍事行動。
但是早已尾大不掉的斯洛文尼亞和克羅地亞兩國武裝立即對聯邦軍兵營實行封鎖、阻礙，襲擊執行任務的聯邦軍隊。6月27日，南斯拉夫聯邦軍出動2000名士兵，110輛坦克執行聯邦政府命令，卻遭到斯洛文尼亞警察部隊和武裝人員強烈抵抗，斯洛文尼亞武裝用走私來便攜式導彈擊落南斯拉夫聯邦軍的軍用直升機和15輛坦克，造成100多人傷亡。7月2日，當聯邦軍根據雙方達成的協議，將部隊撤回營區時，斯洛文尼亞武裝又企圖扣押聯邦軍的坦克、裝甲車等重裝備，雙方再次發生武裝衝突，最終聯邦軍甚至動用空軍轟炸機為部隊解圍。而在聯邦主席團和國際有關各方調解下，斯洛文尼亞最終同意解除對聯邦軍營封鎖，但是聯邦軍隊必須全部撤出斯洛文尼亞境內。
而為與聯邦軍和塞族武裝抗衡，克羅地亞當局從西方國家大量進口武器和招募雇傭軍，在原來不足5萬人的警察和民防部隊基礎上，建成了一支擁有20萬人，配有坦克、裝甲車、多管火箭炮、導彈和戰鬥機的正規軍隊。而以塞爾維亞族為主的南斯拉夫聯邦最初堅決反對改變現行的聯邦製，但隨著斯洛文尼亞和克羅地亞兩國“獨立”的既成事實，以及周邊國家和國際組織態度的改變，南斯拉夫聯邦中塞族領導的立場也有所變化，從追求聯邦的完整性改為了奉行“所有塞爾維亞人有權生活在一個塞爾維亞國度裏”的大塞爾維亞主義。強調克羅地亞雖可獨立，但不得把克境內60萬塞族人和他們的聚居地帶走。為支援塞族武裝保衛克境內塞族居住區，聯邦軍漸由過去提供武器、人員支持發展為介入交戰。
就基本軍事力量對比看，盡管克羅地亞接受大量西方軍援，但是塞族武裝和南斯拉夫聯邦軍在兵員數量、裝備、訓練和作戰能力方麵仍優於克羅地亞方麵。但由於受一些共和國抵製，聯邦軍在兵員、油料和武器供應方麵亦存在許多困難，加上國內外各種政治勢力的壓力，聯邦軍行動受到很大牽製。1991年底，南斯拉夫聯邦軍一改以往堅決拒絕國際武裝介入的立場，主動要求聯合國派遣“維持和平部隊”進駐雙方實際控製線之間監督停火，被稱為第一次克羅地亞的武裝衝突暫時宣告結束。