她們通悟了總綱後，開始修煉易筋鍛骨篇，此篇為九陰真經起初的心法，練成後功力等方麵均進展迅速，不但有打坐修煉的靜功，也有由外而內的動功。
接著修煉療傷篇，療傷篇係為療傷之用，亦能用以增加功力。由於能練九陰真經者已有一定修為，故療傷對於一般的外傷亦不多提，主要是談及內傷治方麵。
接著修煉點穴篇，此篇隻述及點穴方麵的要旨，未見有詳細的招式。
接下修煉輕功篇，螺旋九影集身法、步法、罡氣於一體，可平地拔起數丈，亦可平空飛行千裏，練之上乘可幻化出九個身影，於佛門無上神功“蓮台九現”有相同的功效，如加九陰白骨爪其威力可增十倍。訣曰：左轉一，左轉半。右轉一，右轉半。左右轉一為不一，橫空旋較為太一。訣曰：左旋右旋天地旋，左踏右空平地旋。合手陰陽為上旋，右踏左空旋不為。雖為身法，實含玄理。
然後修煉九陰神抓，也就是九陰白骨爪，這套武功相信是最為廣為人知道的九陰真經武功。
九陰白骨爪是鐵屍梅超風和銅屍陳玄風夫婦根據《九陰真經》下半部練就的陰毒武技，以十指摧骨破骨，狠辣無比，而在《九陰真經》中，此招叫做“九陰神抓”，使用時“五指發勁，無堅不破，摧敵首腦，如穿腐土。”
梅、陳二人學不到《九陰真經》上半部中養氣歸元、修習內功的心法，但憑已意，胡亂揣摸，不知“摧敵首腦”是攻敵要害之意，以為是以五指去插入敵人頭蓋，又以為練功時必須如此。硬是把上乘武功練到了邪路上。峨眉派掌門周芷若為求速成，亦練得此功，奪得武功天下第一的名頭。
此功由於多用手指在人頭上插出五洞，極度血腥，故被視為邪功，其實九陰白骨爪根沒有那麼邪乎，純粹是黑風雙煞錯誤理解九陰白骨爪的“五指發勁，無堅不破，摧敵首腦。如穿腐土”而錯練正派武學為邪功。
《九陰真經》上下部合起來，養氣歸元，以內功驅動指法練成九陰神抓，施展起來的狀態跟鷹爪功一樣普通，實質上威力更強。爪力無比，其爪可使頭骨成孔而不碎，爪指有強大的透勁可隔空傷人，一收一放，一開一合，合乎武學大道之理，但絕對不會陰風陣陣。腥氣十足了。
修煉好九陰神抓後，再練摧心掌，中此掌者，外在並無任何傷痕。但內裏的五髒六腑已然碎裂。
摧心掌與九陰白骨爪皆是記載於《九陰真經下卷》內的武功，屬於外門武功，似乎無需《九陰真經上卷》內所記內功，即可修煉。桃花島島主黃藥師門下弟子陳玄風、梅超風。倆人學藝未成，卻暗中相愛。又擔心被師父發覺性命不保，就偷偷逃離桃花島。陳玄風走時自知武功卑微，在江湖上防身有餘，成名不足，於是將黃藥師視為至寶的《九陰真經下卷》偷走，兩人急於求成，功夫愈練愈邪，把來可以修煉成的正門武功摧心掌練成了毒掌。
後來到了明朝中期，青城派餘滄海使用了摧心掌，這讓很多人感到迷惑，《九陰真經》下冊的摧心掌跟青城派的摧心掌到底有什麼關係。
事實上，《九陰真經》下冊的武功篇當中，記載了黃裳敵人的武功和黃裳創造的逐一破掉這些武功的武功。也就是說，《九陰真經》下冊當中所記載的全部武功，並非都是嚴格意義上的九陰真經的武功，也就是說不全是黃裳創造的武功，而是有一部分是黃裳敵人的武功，也就是別的門派的武功，因此摧心掌是青城派武功。