很多將士對集團軍很陌生，也不適應，秦楚也將集團軍和封建軍隊糅合在一起，全軍分成作戰主力師，分別為第一師，第二師，第三師，以後新組建師以此類推。
第一師師長為聆聽陽，全師暫定三千人，第二師師長郭淵，全軍暫定四千人，第三師師長劉良能，全師暫定六千人，秦楚特意強調第三師為騎兵師。
將集團軍主力狂階構建好以後，秦楚為了表明和朱由崧決裂，自封為集團軍司令，陳邦彥為參謀長，張家玉為副司令，很多將領為此很有意見，秦楚卻說道：“咱們都是炮轟朱由崧的人，在朝廷嚴重，我們就和叛軍沒有區別，既然如此，為什麼還要沿用他們製定的東西呢？”
眾將領這才接受集團軍概念，秦楚決定以軍立國，就像是普魯士軍團，現有軍隊再有國家，秦楚確定師一級別將領，在確定旅團軍官，按照三三製原則，每個師下轄三個旅，但是明軍數量少，為了擴充而擴充，會造成軍隊出現臃腫且戰鬥力不強，秦楚決定暫時在每個師隻設兩個旅，每個旅下轄兩個人團，每個團兵力一百人。
第一師下屬兩個旅，馮盧為第一旅旅長，下屬第一第二團，第一團團長左昌，第二團團長閻可義，第二旅旅長藍穎，下屬第三第四團，第三團團長藍虎，是藍穎堂弟，第四團團長藍叁，藍穎堂叔，秦楚並沒有拆分藍衣軍，而是讓藍衣軍繼續保持一定程度獨立性。
第二師下屬第三旅，第四旅，第三旅旅長高地，第四旅旅長杜永合，下屬團長暫時空置，因為第二師士兵大多是義軍，很多將士根本不適合當兵，等整頓完畢以後在命令團長。
第三師是騎兵師，較為獨特，全師沒有設置旅，而是直接下轄三個騎兵團，因為兵力不夠，隻有兩個騎兵團，分別為第一騎兵團，第二騎兵團，團長為趙毅煥和劉大眼。
三個主力師組建完畢，秦楚並沒有停下步伐，他召集全軍團長以上將領，在議事大廳繼續討論接下來的再足計劃，每個師團以上指揮層，都要配備參謀長。
張家玉有些不解，問參謀長是用來做什麼？
秦楚就用軍師來舉例子，每一個團以上指揮部都要配備參謀長，目的就是將參謀固定化，全軍有專門的參謀，參謀長為各級部隊二把手，副師長，副團長都要在同級別參謀長之後。
張家玉作為集團軍副司令，又問秦楚：“為什麼現在不在師團設置參謀長呢？而隻在集團軍軍部任命陳邦彥為參謀長？”
秦楚笑而不語，最後慢慢說道：‘我還沒有發現這樣的人才，等以後戰鬥中挖掘人才，任命其為參謀長。’
眾將領也覺得有些道理，秦楚看著江臂通等將領，他們都還沒有被任命，都有些急躁，秦楚繼續說道：“我軍現在有三個主力師，在主力師以外，還需要設置獨立旅，獨立團等作戰部隊。”
秦楚提出來的獨立旅這個天馬行空的概念，陳邦彥也好奇，問道：“獨立旅，獨立團？敢問大人，這兩種作戰部隊，是否有些多餘？”
秦楚既然決定成立集團軍，就已經下定決心，用集團軍和東瀛師團進行對抗，說道：“獨立旅，獨立團，是我軍對外發展勢力的主要力量，在沒有戰事期間，各獨立旅，獨立團去大本營附近州縣，在當地建立屬於集團軍的政權，並且要在當地牢牢紮根，不管是東瀛人，還是韃子打過來，都要及時組織百姓撤退，這是其一，其二，獨立旅團還要承擔補充各主力師士兵任務，在今後戰鬥中，獨立旅團將會是各師兵庫，這要求我們各獨立旅團將領，必須要有非常高的水平。”