數年之後，一塊小行星般的隕石因為被磁歐石爆炸而改變了磁場的地球吸引，就要撞擊地球。被女媧用所能找到的剩下的五塊最大的磁歐石碎片作為能源的機器炸毀，但是負荷過大的機器爆炸，女媧犧牲。
剩下的五塊磁歐石碎片因為爆炸分崩離析，就是後世所說的女媧神石。
公元前四千五百年，諾亞號飛船內的礦石采集器因為磁歐石影響而產生智力，受到諾亞號飛船內主程序的影響，變成一個殺戮機器：蚩尤。
同年，被蚩尤殺戮的苦不堪言的軒轅和炎帝舉行祭祀，而被他們手裏的磁歐石影響，從冥府之界回到現世的玄辰雨和薑夢藍穿越時空來到這個時代。
同年，消滅掉蚩尤的玄辰雨和薑夢藍乘坐伏羲製造的時間機器離開，回到屬於自己的時代。
1965年，還是青年的玄雲尚和葉秋（玄辰雨的爺爺奶奶）發現了一塊白色女媧神石。
1967年，葉秋誕下一子，就是體內有白色女媧神石的玄奕
1987年，玄雲尚和玄奕在王石村後山祖祠堂發現了昏迷的梅馨。
1988年，薑林在昆侖山遇到狐香和狐玉。
1990年，主角玄辰雨誕生。
1991年，玄奕和梅馨為了救治先天陽虧之體和沒有心髒的玄辰雨，而盜取了王石村內供奉的紅色女媧神石，並將其融入玄辰雨胸口內心髒部位。
同年，帶人追上他們的玄雲尚被風尊控製的玄辰雨大伯玄鴻暗算身亡，風尊現身。
同年，為了保護玄奕和玄辰雨，梅馨意圖與風尊同歸於盡，但是失敗魂魄破碎。一片魂魄和海倫與斬邪內附著的夭夭魂魄融合成新個體。
同年，回到王石村的葉秋和玄奕，發現風尊控製玄鴻屍體，冒充玄鴻而將兩人通緝。無奈之下二人隻好開始不斷躲避王石村的追捕。
1996年，五歲的薑夢藍和母親狐玉在後山被惡鬼襲擊，狐玉身死。薑夢藍也留下了寒毒的病根。
2008年，主角被風尊派遣的靈卒找到，而知道了自己的不同尋常。
同年，在四聖使幫助下，玄奕奪回了屬於自己的族長之位。
同年，在醫院內玄辰雨在快被林佳兒魂魄掐死的時候第一次邂逅薑夢藍。
同年，玄辰雨，玄辰賢，玄辰武三人碰到尋找女媧神石碎片的安倍英明和安倍香織兄妹以及認識了持有一塊女媧神石碎片的禦鬼師東方軒。
同年，玄辰雨與薑夢藍定親
同年，玄辰雨被安倍英明和安倍香織抓往日本，並且目睹了百鬼之王酒吞童子的複生。
同年，玄辰雨認識了草雛神社的啞巴巫女千雪，和可愛的小琉璃，以及大宮司。
同年，酒吞童子被陰陽師首領安倍直輝殺死，並且向暗算玄辰雨。
同年，複仇而來的東方軒和追殺玄辰雨的陰陽師同歸於盡，玄辰雨被千雪所救，隨後喜歡上她。
同年，玄奕帶人前來，殺死了安倍家族的陰陽師
同年，玄辰雨和薑夢藍被百慕大海底實驗室的紮爾西斯和莫費裏奧所俘獲。
同年，兩人帶著薑夢藍的克隆體紫柔逃出了百慕大海底實驗室。
同年，薑夢藍和紫柔被科學教頭目控製，要挾玄辰雨為其帶出一個‘潘多拉盒子’
同年，玄辰雨發現那個科學教頭目其實早就是個死人，而被風尊控製。最後在歐洲驅魔人聯盟幫助下消滅了釋放出的屍洞和風尊。
同年，玄奕複活梅馨失敗
同年，玄辰雨和薑夢藍千萬昆侖山，尋找能去冥府之界的翳影枝，以便能夠找到梅馨魂魄。隨後在昆侖山認識了薑夢藍的姨媽狐香以及其女兒狐青青。
同年，得到翳影枝的兩人去冥府之界從東界王手裏救出了梅馨魂魄，而在回去的時候時空錯亂，進入了五千年前炎黃大戰蚩尤的時間。