僖宗皇帝李儇在興元知道了李煴、朱存的死訊，非常高興，他封邠州都將王行瑜為靜難軍節度使，扈蹕都頭李茂貞為武定節度使，扈蹕都頭楊守忠為金商節度使，右衛大將軍顧彥朗為東川節度使，金商節度使楊守亮為山南西道節度使。百官都向僖宗祝賀朝廷取得的對朱存和李煴另立中央戰鬥的勝利。不久李煴和朱玫的人頭送到了興元，參與謀叛的官員也都被押送到行在，李儇的意思是要把他們都殺了，多虧時為宰相的杜讓能勸解，說這些人是被逼迫才順從了朱玫，才保住了大部分官員，隻殺了偽宰相蕭遘、鄭昌圖、裴澈等人。其實蕭遘也是冤枉的，隻不過李儇忌恨他在鳳翔不奉詔，所以也殺了他。
這場大亂都是大太監田令孜惹得禍，僖宗決心要懲罰他了。僖宗下令削掉田令孜的官爵，把他流放到端州去，可這時田令孜已經回四川依附了陳敬瑄，根本不理朝廷對他的處置。
戰爭既然取得了勝利，李儇自然希望回長安。公元887年三月份，李儇的車駕開始踏上回鑾的路途。節度使李昌符怕僖宗回到長安，雖然不至於治罪於他，但也不會重用他。於是就上表說長安的宮室沒有修繕好，請僖宗暫住鳳翔，僖宗隻好停在鳳翔等待。
光啟三年（公元887年），二月，秦宗權與朱溫已經打過幾次仗，但沒得到便宜。他很惱火，覺得自己的軍隊人馬比朱溫多十倍，竟然消滅不了朱溫，攻不下汴州，決定發全部人馬攻打汴州。朱溫也為自己的人馬不夠抵禦秦宗權而發愁，他派都指揮使朱珍為淄州（屬平盧軍現淄博淄川）刺史，到淄、青各州募兵，說定夏初回汴州。
朱珍果然不負朱溫的重托，到了淄州以後不久就招募到壹萬多兵馬，隨即統兵西歸。路上偏將張仁遇對朱珍說：“如有犯軍令者，請允許我先殺後再報。”朱珍怒道：“偏將能自專殺我兵士嗎？”立刻傳令斬首張仁遇，號令全軍。朱珍又帶領軍隊襲擊了青州，繳獲了不少馬匹，甲胄，四月份回到大梁。
朱珍帶兵回歸，使朱溫大喜。這時秦宗權正發兵攻打汴州，他派手下大將張晊屯北郊，秦賢屯板橋，各統幾萬精兵，沿汴州城二十餘裏，紮下三十個大寨，圍攻汴州。朱溫對手下將帥說：“敵兵立足未穩，不知道我們有了援兵。以為我們兵少隻能固守，我們宜出其不意，先攻擊他們。”當晚就出兵攻擊秦賢大寨，秦賢沒有準備，被殺得大敗。朱溫軍連拔四寨，殺蔡軍一萬餘人，得勝回軍。朱溫雖然取得了這次戰鬥的勝利，感覺要想打敗秦宗權人馬還是不夠，於是又派出牙將郭言到河陽、陝、虢招募士兵，不久郭言也招募到壹萬多新兵，梁兵力量增強了不少。