漢族地主階級在農民起義的過程中，一部分人始終對蒙元效忠，堅決與農民為敵，他們要“竭忠以報國家”。另一部分人則不願做蒙古人的奴才，結寨自保，觀變待機，但這些人實際上與元統治者也是站在一起的。也有一小部分人參加了農民軍，這是由於漢族地主與蒙古統治者之間還存在著尖銳民族茅盾，有的人則是迫於農民軍的威力而被迫抗元。雖然地主階級很少主動參與抗元鬥爭，但在中國東部經濟繁榮的地方，仍然有些富人勇敢地站出來了。
與紅巾軍起義同時發生的，有至正八年（1348年）浙東方國珍和至正十三年（1353年）泰州張士誠的起義。他們作為元末的資產階級，所領導的反元鬥爭，也都在一定程度上牽製了元朝的軍力，壯大了紅巾軍的聲勢。
方國珍身材高大，麵色黝黑，體白如瓠，力賽奔馬。世代以行船海上販鹽為業，兄弟五人，以此為生。元朝末年，統治者對百姓的壓迫和管製十分惡劣。加上當時災害多，民不聊生。陶宗儀輯有浙東民謠曰：“天高皇帝遠，民少相公多；一日三遍打，不反待如何”；台州也有“洋嶼青，出海精”的謠諺，“洋嶼”，就是洋嶼山；“海精”指方國珍。
元至正八年（1348年），有一個名叫蔡亂頭的人，在海上打劫財物，官府派兵追捕他。方國珍的仇家便告發他通寇，方國珍殺死仇家，與其兄方國璋、其弟方國瑛、方國瑉逃亡海上，自稱珍王，建立大越證權，聚集數千人，搶劫過往船隻，阻塞海路。方國珍首義反元，比劉福通、徐壽輝等起義早兩三年，比郭子興（後來朱元璋加入）起義早四年。
元至正九年（1349年），江浙行省參政朵兒隻班率軍征討，兵敗，被方國珍所捉。方國珍仰慕梁山好漢宋江，準備接受大元的招安。方國珍迫使朵兒隻班請命於元朝，授他為定海尉。
至正十年（1350）五月，方國珍不受元廷節製，四出劫奪，不久方國珍又發動叛亂，攻克溫州。
至正十一（1351）年二月，元朝以孛羅帖木兒為江浙行省左丞，督軍前往征討，不幸兵敗被捉。孛羅帖木兒為方國珍上書朝廷求情，元朝隻得派大司農達識帖木兒再次招降了他。
至正十二年（1352）初，徐州芝麻李起兵，元朝招募水師防守長江，方國珍心中疑懼，重新反叛元朝，誘殺台州路總管達魯花赤泰不華，逃亡入海。
至正十三年（1353）正月，方國珍率舟2000餘艘，登岸掠溫州。台州官吏派人潛至京城，賄賂朝中權貴，允許他投降，授為徽州路治中，方國珍嫌官階不夠，拒不聽命，率軍攻陷台州，焚燒蘇之太倉。隨後元朝多次派大軍領兵征討方國珍，但元兵入海遇國珍兵皆潰而歸。
至正十六年（1356）三月，元朝又以海道運糧漕運萬戶兼防禦海道運糧萬戶之職招降他，方國珍這才投降，並接受招安。當時張士誠在高郵之戰取得勝利，元廷為之不安。元軍在統一蒙古帝國的過程中，沿用遼金的行省製，每占一地設一行省，當時的行省是軍事行動需要的臨時機構，代中央行使職權，元朝自元世祖忽必烈起就開始在中國推廣行省製，這是秦朝郡縣製的發展，也是我國政治製度的一大變革，為明、清所承襲。元朝把北京定為大都，把河北、內蒙、山西、山東的部分地區劃歸中書省直接管轄，在全國設嶺北、遼陽、陝西、甘肅、四川、雲南、河南、湖廣、江浙、江西十個行中書省，每個行省設平章政事一人，掌管省內軍政大權，另設行省左右丞相、行省參知政事等職，行省下設路、府、州、縣四級。
至正十七年八月，元廷升方國珍為江浙行省參知政事、兼海道運糧萬戶，命其率兵討伐張士誠。不久授方國珍為江浙行省左丞，派兵進攻張士誠。張士誠派遣將領在昆山抵禦，方國珍七戰七捷。未幾，張士誠對元朝投降，元廷才命方國珍罷兵，元授方國珍江浙行省平章政事。張士誠降元後成為江浙行省太尉，此時達識帖木兒是江浙行省丞相，方國珍為江浙行省平章，方、張雖然在同一個領導班子裏，但彼此互相猜疑。