為了此番進剿明朝很早便開始緊羅密地調兵遣將。成化三年(公1467)五月，明朝命左都禦史李秉提督軍務，武靖伯趙輔配靖虜將軍印充總兵官往遼東調兵。月，又命“都督僉事王瑛充副總兵官，都督僉事王銓充遊擊將軍，都揮使黃欽協同遊擊，統兵赴遼東，會總兵趙輔等，征剿建州虜寇”。待將董山一行人等拘捕，月，五萬明軍分兵三大舉進攻建州女，史稱“成化之役”。李秉、趙輔率中軍自撫順出發經薄刀山、鯰魚嶺，過五嶺渡蘇子河至建州左衛居地。總兵官韓斌率右軍從鴉鶻關、喜昌口進發，過鳳凰城、摩天嶺至婆豬江經連山關攻建州居地。都督僉事武忠率左軍從鐵嶺進逼女居地。同時朝鮮奉詔派精兵萬餘由主帥弼率領，過鴨綠江分道撲向建州衛所在地婆豬江兩岸與吾爾府等處。
這是一場毫無懸念的戰爭。明軍以泰山壓頂之勢洶洶殺來，而與之對陣的建州女既無招架之功也無還手之力，正的人為刀俎我為魚肉唯有人宰割。又因此前建州女“恃為惡”肆意殺戮劫掠，以至“自開原以及遼陽餘裏，數萬餘家，率殘破”，如此斑斑劣跡徹底激怒了明朝。加之戰前明軍已定下“犁庭掃穴”目標，待明軍殺至自然是痛下殺手。
曆時一個月的血腥圍剿間明軍施暴手尤為凶殘，史稱“建州月屠”。建州女遭到滅頂之災損失極為慘重，明軍焚毀屯寨達四五座，滿眼望去遍地死者相枕處處斷瓦殘垣。作為明軍重點擊目標，建州女中勢力最的建州左衛老營付之一炬蘆舍無存，部眾也殺得屍橫遍野。明將趙輔在《平夷賦自序》中，曾詳盡而又洋洋得意地描繪其征剿建州女的赫赫武功，“盡虜酋之所有，罔一夷而見逃。剖其心而碎其腦，粉其骨而塗其膏，壯就戮，老稚盡俘”，以及明軍掃蕩時，“搜天門與地角，刮底而揚濤。甫及旬日之內，虜境以之蕭條”。以上兩行記載區區不過數十字，可字裏行間卻盡是明軍令人發的種種暴行。麵對明軍無情而又殘酷的殺戮，許多建州女部民僥幸逃進山老藏匿方躲過一劫。
幹出凶殘殺戮暴行的不止明朝，參戰的朝鮮軍也沒少參與。史載，朝鮮軍所過之處亦是焚燒村寨搗蕩屯落，遇青壯而殺逢老幼捕俘。建州衛首領李滿住父子守的山寨就是朝鮮將領魚有詔領兵攻破的。李滿住中箭負傷後魚有詔所殺，其子李古納哈也死於亂軍戰之中。朝鮮軍牟足勁一番瘋狂殺戮，李滿柱部下及族人不是殺就是擒。平定李滿住父子守的山寨，魚有詔命令軍士於寨中大樹上刮皮刻寫，“×年×月，朝鮮主將康純、大將魚有詔等滅建州衛兀彌府諸寨，搗落屯落而還”字跡。隨後魚有詔押解俘獲的建州人畜撤返朝鮮。
在古代社會，弱勢方遭到勢方無情屠滅是很正常的事。像蒙古屠滅夏、明朝屠滅僰人（又稱都掌蠻）、朝屠滅準噶爾等等這樣的子不凡幾。其實此番進剿建州女之初，明憲宗下達的命令為“搗其巢穴，絕其種”，也就是要把建州女徹底屠滅。當時建州女殘餘部眾零星散落於各處本沒有何反抗能力，明軍隻要繼續進剿便可輕易將其徹底殲滅、斬盡殺絕。對明朝而言，屠滅建州女實在是易如反掌的事兒。但最終明朝並沒有把事絕仍舊給這些建州殘眾留了一條生。其原因，絕不是明憲宗宅心仁厚不肯痛下毒手，而是出於製衡女的戰略考量明朝要建州女繼續存在。否則一旦建州女銷亡，女、野人女必會占建州故地而代之，東地區女各部態勢也將重新洗牌。明朝或將麵對一個比建州女難應付的對手。為維係三大女彼此鼎立的格局，為維係明朝在東地區統，明憲宗於長遠考慮最終了建州女一馬，建州女這從屠刀下撿條命。