朝遼東連失撫順、清河兩座邊疆鎮。隕將喪師損辱國威，敗報繼傳來舉朝震駭不已。藏身於紫禁城宮殿深處的神宗，似乎識到努爾哈赤絕非尋邊匪盜寇。這個女真叛首的終極目標乃是要染大王朝的江山稷。本不以下為念的神宗終於坐不住了。神宗旨，朝廷下了狠心，決“大張撻伐、犁庭掃穴、進攻後金、一舉滅之”。時朝腐敗生內危機伏，為能蕩後金，朝仍舊竭其所能地積極籌備項宜。
其一、委將帥。朝罷免遼東巡撫李維翰，曾擊破蒙古抄花部的遼東巡撫楊鎬擔遼東經略，坐鎮調度揮征剿。同時選調一批聲聞內的驍猛悍將參與番征剿州。包括：曾數度大敗蒙古部族威震邊陲的虎將山關總兵杜鬆；於抗擊緬甸、入朝抗倭、定楊應龍之亂中屢立戰功的勇將遼陽總兵劉綎。又遣調王宣、趙夢麟等個總兵參戰。
其二、調集兵馬。由於軍餉缺乏、將官腐敗以嚴的吃空餉現。導致朝駐紮遼東的兵士多有逃亡，軍隊數量嚴不足。除去城駐防守備，能用於機動作戰的兵力已有限，也就兩萬人左右。故而朝從邊鎮征調宿將銳卒萬千；從浙江征發為善戰的步兵千（其身是著名的戚家軍）；從川、福、山東、陝、隸等地擇選精兵兩萬；又調永順、靖、石州等處土司兵千。須這從全國地征調而來的八萬多軍，可都是朝當時為精悍勁旅。再算上參與征剿的遼東軍，朝總集結大約十二萬軍隊，號稱十萬。依朝要，朝鮮出兵一萬三千，葉赫出兵一萬配合軍征剿後金。
其三、籌集糧餉。遼東本就糧餉不足，軍隊一欠餉欠，難以障這大規模的征剿。張居輔時萬曆朝國庫何其充盈，而今竟至窘迫到沒錢打仗的地步，真是令人唏噓不已。戶部能籌措到征剿所需款項一半，當時宮中尚有積蓄是皇帝私房錢。愛財如的神宗堅決不許動用內帑。於是萬曆十年（元1618年）月，朝為籌措遼東軍餉而加派田賦，是為遼餉，計二多萬兩白銀。由開了加征遼餉的河，打這時起遼餉連年不斷加派，到崇禎末年時已增至萬兩之巨。沉的遼餉加了底層姓負擔，也不斷激化朝會階級矛盾，同時更加速了朝衰落和滅亡。暫且拋去這後話不，單說征剿後金，朝還征集大量民夫遼東運輸糧秣以障大軍征討之需。學統計集結於遼東的軍若算上差役民夫，其總數確實能有十多萬，這樣來軍號稱十萬也非虛數。
其、金賞格。神宗對努爾哈赤是如痛恨，以至於一項貪婪吝嗇的朱翊鈞在《擒奴賞格》中發出了高價賞格，獎買努爾哈赤一幹人等項上人頭。《神宗實錄》記載，兵部刊印榜文，“有能擒斬奴兒哈赤，賞銀一萬兩，升都揮襲；擒斬奴酋八大總，賞銀二千兩，升揮使襲；擒斬奴酋十二親、伯叔弟侄，賞銀一千兩，升揮同襲；擒斬奴酋中軍鋒暨領兵大頭目，賞銀兩，升揮僉襲；擒斬奴酋親信領兵中用小頭目，賞銀兩，升千戶襲”。從懸賞榜文中殺氣騰騰又凶戾暴狠的字裏行間，擺了朝誓要將努爾哈赤闔家滿門，連同後金權文武勳貴們斬盡殺絕。考慮到萬曆三大征，軍在定寧夏哱拜、播州楊應龍叛亂後都是一番血腥屠戮。可而如若戰後金戰敗了。等待努爾哈赤的，可就不僅僅是身死族滅這簡單，將是徹頭徹尾的亡國滅種。生的後金權以剛成的滿洲民族同體，時已走到生死存亡的危急關頭。