熊廷弼守遼為朝立下殊功一，而就是這樣一為國嘔心瀝血日夜操勞的忠勇之士，卻不幸遭到朝廷裏日益猖獗為禍的黨爭迫害。萬曆十八年（元1620年）月二十一，亡清興曆史轉折主要負責人昏庸的神宗朱翊鈞終於死了。神宗長子朱洛繼皇帝，是為宗泰昌帝。誰都沒到朱洛福薄淺登不到一個月，就服用紅丸丹藥而突暴斃，這便是“紅丸案”。宗死後十歲長子朱校繼，是為熹宗啟帝。宗後妃李選侍貪戀權勢，為能把持朝權與太監魏忠賢密謀挾持朱校。而李選侍的圖謀引起朝臣們竭力對。後以都給中楊漣、禦史左鬥為首的朝臣，經過不懈鬥爭迫使李選侍出熹宗，李選侍也遷移出乾清宮，而這方圍繞朝權的激烈爭奪也稱為“移宮案”。“紅丸案”、“移宮案”連同萬曆年間的“梃擊案”，稱為宮三大案（末三大案）。
隨著宮三大案陸續發生，朝越發動蕩難安，而導致動蕩源就是愈演愈烈的朝廷黨爭。末黨爭本始於萬曆朝，當時，以江士大夫為主的東林黨與浙黨、楚黨、齊黨等派惡鬥不休。熹宗朱校登後東林黨憑借擁立之功勢力大漲，不成榮登大寶的熹宗不理朝，整日木匠。著皇權旁落熹宗乳母客氏和宦官魏忠賢趁機勾搭起來，大肆攫權把持了朝。用《史》話講，“內大權一歸忠賢”。客魏集團的篡權奪引發東林黨人嚴不滿，他們旋將攻擊矛頭客魏二人。客氏生性“淫而狠”，魏忠賢也是“猜忍陰毒”之人，二人都不是善茬又怎會輕易服軟，拱手讓權給東林黨哪。於是客魏二人拉攏一幫人馬組了自己的勢力集團。曾經落敗於東林黨的浙黨、楚黨等派趁機紛紛投靠客魏二人，這便是末曆史上臭名昭著的閹黨集團。為爭奪朝權，閹黨、東林黨之間互攻訐不止惡鬥不休，把朝廷折騰得是烏煙瘴氣不說，國家更是糜爛不堪。已搖搖欲墜的朝在這無休止的混亂中愈發乏術，加速滅亡終點衝下去。
朝混亂連黨爭惡鬥的影響快波到遼東線，首當衝的就是熊廷弼。熊廷弼有膽有識實在是當時一難得軍人才，而人無完人熊廷弼也有性格缺點，“性剛負氣，謾罵，不為人下，物以故不甚附”，如暴躁脾氣自會得罪多人。再加上他從不徇私納賄也不曲逢迎朝廷權貴，自就成為朝廷黨爭中攻訐的對。曾與熊廷弼結有仇隙的朝中小人劉國縉和姚宗文拉幫結夥，借口努爾哈赤試探進攻遼沈時軍走死逃亡餘人，大肆汙蔑傾陷熊廷弼。熊廷弼多上疏自辨，同時朝廷中多有識之士也為熊廷弼陳論理。兵科給中朱童蒙膽言，“臣入遼時，士民垂泣而，謂數十萬生靈皆廷弼一人所留，罪何可輕議？獨是廷弼深，蒲河之役，敵攻沈陽，策馬趨救，何壯也”。
怎奈在劉國縉、姚宗文黨羽幫凶的竭力詬病和複攻劾下，熊廷弼終未能逃脫惡鬥的暗算排擠下台。朝右僉都禦史袁應泰替熊廷弼為遼東經略。心而論，袁應泰為人號稱毅精敏也確實是個忠君愛民的官，地方職時績頗佳口碑。可惜他不擅長軍旅之。雖如要袁應泰能到蕭規曹隨，延續熊廷弼既有確策略，遼東局勢還是不至於失控的。而，書生氣的袁應泰不認同熊廷弼以往策略方法。到後袁應泰按照自己心不切實際地亂一（《史》記載，“應泰曆官精敏毅，用兵非所長，規畫頗疏。廷弼在邊，持法嚴，部伍整肅，應泰以寬矯之，多所更易”）。熊廷弼費盡心血慘淡經營方才得的項成，轉瞬間便隨之付諸東。遼東局勢快再度惡化起來。
朝愚蠢地罷免熊廷弼之舉無異於自毀長城。當時後金災依舊十分嚴，史稱，“赤地千裏，年荒米貴，石米兩”。於後金糧食奇缺，數以千計的女真人迫丐東乞。麵對嚴峻災，努爾哈赤急需過戰爭去擄掠所必需的物資來度過災荒，進而維護會穩定。另一方麵，後金在滅亡葉赫部初步招撫內喀爾喀蒙古後，軍實力又得到進一步發，兵力擴至十萬。以上兩點影響，努爾哈赤早就遼河域興兵。全熊廷弼經略有方，努爾哈赤出於謹慎才未敢輕舉妄動，足足隱忍了一年多。得遼東經略易人努爾哈赤叫一個喜出望，在努爾哈赤眼中區區一個書呆子袁應泰本就不是他對手。經過精心準備，得償所願的努爾哈赤終於遼陽、沈陽兩座鎮發起大舉進攻。啟元年（元1621年）二月二十一日，努爾哈赤親率大軍兵分八進攻遼陽、沈陽門戶奉集堡，拉開遼沈大戰序幕。