再說後金對遼東漢人暴動的彈壓。麵對遼東漢人風起雲湧的抵抗浪潮，努爾哈赤堅決以鐵腕手段殘酷鎮壓。再上種，遼東漢人一度風起雲湧的抵抗運動終還是失敗了。在與後金軍殊死抗爭中，英勇不屈的遼東漢人仍舊演繹出一幕幕可歌可泣的英雄跡。
遼陽城內住有生員一家共計父子六人，拒不剃發自必死遂橫下一心鋌而走險。父子六人來到遼陽門，猛間持刀砍未曾防備的後金官兵，“持刀突而出，斃帥，諸子持梃（棍棒）共擊殺二十餘人”。發生太過突以致於後金當局尚未應過勁兒來，遼陽城的老姓便已乘大出逃，六人結隊方朝開拔。仍於驚愕中茫不已的後金官兵也沒有派人追趕。東山、鐵山礦工暴動，後金派武爾古岱和李永芳等率兵三千人往鎮壓。英勇的礦工們麵對敵寧死不屈，“數萬人盡遭李永芳毒手”另有“萬餘人奔入朝鮮”。蓋州鐵山礦工和遼屯軍力對敵幾打敗來進剿的後金軍，後金軍戰死以千計。後來努爾哈赤調遣“魚皮達子萬餘人”來增援，又經長圍困才鎮壓了礦工暴動。鎮江武裝暴動間，東江鎮毛文龍部還成功擒獲後金守城遊擊佟養真子佟豐年等賊黨六十人。岫岩千名漢人乘木船八艘、獨木船十艘，逆岫岩河而上猛烈炮擊後金處哨所，後來寡不敵眾全部戰死。複州暴動中，複州守將單藎忠“聚遼人數萬（一說萬），盡赴長山島”，誓死不肯不後金投降，遭後金軍鎮壓後複州再暴動結局仍歸於舊敗。出於報複後金軍複州男子全部殺，妻子、兒女、牛馬也擄掠一空。遼數萬漢人守十三山同樣拒不“剃發”降順。努爾哈赤派兵圍攻數不克，李永芳率軍仰攻卻遭“山頂飛石打下”。在後金軍長圍困下十三山起義也終為後金軍撲滅，除少數渡海逃入覺華島有二人得以逃入關內。
眼見後金權占領區持續不斷的抗爭浪潮折騰得疲於應付。英勇不屈的遼東漢人終於努爾哈赤徹底激怒了。為息遼東動亂努爾哈赤凶殘決定，何膽敢抗後金權，何膽敢抗自己，以何含有可能危險和隱患的漢人要不計手段地予以徹底消滅鏟除。於是冷殘凶暴的大屠殺開始了，一場血雨腥風快便席卷了整個遼東大地。努爾哈赤是下令殺“無穀之人”，無以為生成隱患。後又下令殺獨身的“棍”，無牽掛鋌而走險。著再殺有錢的富戶，有（財產）可為亂。再後來努爾哈赤又令殺“紳衿”（士紳文人），為這文士、生員現出烈抗識。包括皇太極在內的多貝勒大臣認為，文士、儒生是國理的得力幫手，也是後金權日後發所不可缺的要組成。可是汗不可違，貝勒額真便再不願也得將府內包衣奴才中的諸生“盡皆撥出”。時屠儒酷烈皇太極之痛心不已，無奈歎息“至，賢良諸生幾殺絕”。
殺到這份兒上了可努爾哈赤還是不滿，他又令諸貝勒總兵官以下，備禦以上官將帶領士卒自己轄屬村莊甄。何懷疑為不可靠，不值得存留的漢人一律要處死。將遵令“分而行，逢村堡，下馬而殺”。曆經多番“不論貧富，均皆誅戮，順之，不免於死”的殘酷屠戮草剃，遼東淪陷區漢人聚居地上殺空。曾經遼東大地，“田人富穀，澤人富鮮，山人富材，海人富貨，(略)家給人足，鄙廩庾皆滿，貨賄羨斥”。這場血雨腥風呼嘯過後，落得個到處哀鴻遍野遍地滿目瘡痍，仿佛人間末世般恐怖景。
努爾哈赤對漢人的異凶殘暴戾，是他頗具爭議的人生中大敗筆，學術界對抱有共識容不得何人抵賴。不過對於遼東大屠殺中漢人死難數目，學術界還是頗有爭議的。爭議的焦點在於末遼東到底有多少人口？學張士尊、魏剛認為末遼東人口約為十萬。學葛劍雄、曹樹則認為末遼東人口應為三萬。十萬說認為，刨逃入關內漢人，遭後金屠戮的漢人約二十萬以上。三萬說認為，總計約有二十萬遼東漢人脫離後金占領區得以返朝。留於遼東的漢人中大死難，遇難人數約三十餘萬。少數僥幸下來的遼東漢人要亡於朝鮮、蒙古，要如李永芳、範文般苟於後金。無論采信哪一種說法，遼東大屠殺雖說慘烈卻遠沒有達到，網絡極端民粹鼓吹的所謂滿清殺遼東三萬漢人度。